فرزاد غفوری؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ آرش جوانمرد؛ سید رضا میرائی آشتیانی
چکیده
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای ...
بیشتر
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در حفظ باروری به‌ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده‌های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، 4538 ژن استخراج شد که در مجموع 1466 ژن تفاوت بیانی معنی‌داری نشان دادند (P<0.000001, Fold change<0.5). سپس با مقایسه ژنهای مربوطه در میان پروفایل‌های ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و 13 چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز 13 چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM1، NXPE2، NT5DC3، COL4A3، COL12A1، ALPK3، ADAMDEC1، SERPINA14، S100A9، PI16، OAS1X، MSTN، MASP1، CD83، CA2، C2، C5، JSP.1 و SAA3 مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه‌نویسی این ژن‌ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل‌و‌نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می‌باشند. پژوهش حاضر می‌‌تواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.
رضا فرجی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مصطفی صادقی؛ رضا میرایی آشتیانی؛ حمید رضا مژگانی
چکیده
یکی از اصلیترین چالشهایی که این روزها گله‌داران، صاحبان سگها و یا مراکز آموزش و پرورش سگهای کار را تهدید میکند مربوط به بیماری پاروویروس (CPV) سگسانان است. این ویروس در طی سال‌ها از زمان شناسایی تا کنون به انواع و سویه‌های متعددی انشقاق یافته که در نتیجه تغییرات ژنتیکی و آمینو اسیدی، تابع آن بوده و موجب شده طیف وسیعی ...
بیشتر
یکی از اصلیترین چالشهایی که این روزها گله‌داران، صاحبان سگها و یا مراکز آموزش و پرورش سگهای کار را تهدید میکند مربوط به بیماری پاروویروس (CPV) سگسانان است. این ویروس در طی سال‌ها از زمان شناسایی تا کنون به انواع و سویه‌های متعددی انشقاق یافته که در نتیجه تغییرات ژنتیکی و آمینو اسیدی، تابع آن بوده و موجب شده طیف وسیعی از خانواده گوشتخواران را در سراسر جهان تهدید کند. بهترین راه مبارزه با تبعات این بیماری واکسیناسیون می‌باشد. لذا با توجه به عدم وجود مطالعات کافی از نحوه پراکنش و شیوع سویه‌های مختلف این ویروس که ممکن است از علل برجسته خطای واکسن و درگیری بالای سگهای کشور با این ویروس باشد در این تحقیق با مطالعه مولکولی و مقایسه فیلوژنتیکی سویه‌های ایرانی نسبت به سایر سویه‌های شایع جهان دریافتیم که سویه غالب شایع در کشور از نوع CPV-2a بوده و با شیوع 24 درصدی و ضمن اختلاف ژنتیکی در چندین نقطه از ژن VP2 با دیگر سویهها احتمالاً شاهد انتشار سویه جدیدی از این ویروس در کشور هستیم. درضمن بر اساس درخت فیلوژنی رسم شده مشخص شد که ایزولههای ایرانی آن سویه اختلاف توپولوژیکی نسبتاً زیادی نسبت به سویه‌های منشأ واکسنهای تجاری رایج دارند که فرض اولیه این تحقیق را حمایت میکند.
محمد رضا منصوریان؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مهدی سرگلزائی
چکیده
ارزیابی‌های دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزش‌های اصلاحی پیش‌بینی‌شده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسب‌ترین جمعیت مرجع برای پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامه‌های اصلاح‌نژاد گاو شیری هلشتاین ایران می‌باشد. ابتدا با استفاده از شبیه‌سازی ژنوم و مطابق با روند اصلاح‌نژاد ...
بیشتر
ارزیابی‌های دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزش‌های اصلاحی پیش‌بینی‌شده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسب‌ترین جمعیت مرجع برای پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامه‌های اصلاح‌نژاد گاو شیری هلشتاین ایران می‌باشد. ابتدا با استفاده از شبیه‌سازی ژنوم و مطابق با روند اصلاح‌نژاد گاو شیری در ایران (هسته اصلاح‌نژادی باز با تبادل ژنی بین هسته و جمعیت تجاری) جمعیتهای مورد نیاز شبیه‌سازی شدند. دو سطح وراثت‌پذیری متوسط (3/0) و پایین (05/0) به‌طور مستقل در نظر گرفته شد. در تمام مراحل، فرایند شبیه‌سازی 10 بار تکرار شد و نتایج مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه، گاوهای ماده جهت تعیین ژنوتیپ، بر اساس چهار سناریوی انتخاب تصادفی، افراد دو کران بالا و پایین توزیع ارزش فنوتیپی، افراد با بالاترین ارزش فنوتیپی و افراد با بالاترین ارزش اصلاحی در تعداد مختلف انتخاب و به جمعیت مرجع افزوده شدند. با روش تک‌مرحله‌ای بهترین پیش‌بینی نااُریب خطی (Single Step BLUP)، برای افراد جمعیت آزمون ارزش اصلاحی ژنومی پیش‌بینی شد. برای تمام سناریوهای گفته‌شده، صحت و ضریب نااُریبی پیش‌بینی ارزش اصلاحی برآورد شد. نتایج نشان داد زمانی که حیوانات ماده با بیشترین و کمترین ارزش فنوتیپی (سناریوی دوم تعیین ماده‌ها) انتخاب شدند، نسبت به سایر سناریوها، صحت پیش‌بینی ارزش اصلاحی بیشتر بود. تعیین ماده‌ها با ارزش فنوتیپی بالا (سناریوی سوم انتخاب ماده‌ها)، کمترین اُریبی را به بار آورد. استفاده از نرهای وارداتی دارای ژنوتیپ و استفاده از آنها به تنهایی به عنوان جمعیت مرجع، کمترین صحت و بیشترین اُریبی را نشان داد. ترکیب نرها با ماده‌ها نسبت به سناریوهای صرفاً نرها یا صرفاً ماده‌ها، افزایش صحت و کاهش اُریبی را به همراه داشت، بنابراین با احتساب هزینه‌های اقتصادی، تعیین ژنوتیپ، استفاده از گاوهای ماده در جمعیت مرجع (2000 رأس گاو ماده ژنوتیپ شده)، مطابق با سناریوی دوم انتخاب ماده‌ها، بهترین راهبرد پیشنهادی جهت تشکیل جمعیت مرجع و ارزیابی ژنومی با کمترین هزینه، در ایران می‌باشد.
مونا خلقی؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مهدی رنجبر؛ محسن لطفی
چکیده
این پژوهش به‌منظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورت‌گرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استانهای کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین به‌صورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا ...
بیشتر
این پژوهش به‌منظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورت‌گرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استانهای کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین به‌صورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا تیتر آنتی‌بادی و آنتی‌ژن اندازهگیری شد. همچنین به‌منظور اطمینان از حضور و تعیین تیپ ویروسها، تمامی نمونههای مثبت از طریق تکنیک مولکولی RT-PCR مورد سنجش قرار گرفتند. سپس دستورالعملهای کنترل BVD این واحدهای صنعتی بزرگ بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد میزان الایزا Ab-/Ag-،Ab+/Ag-،Ab-/Ag+ و Ab+/Ag+ به‌ترتیب 2/10، 8/78، 2/7 و 8/3 درصد بوده است. شیوع آلودگی آنتی‌بادی و آنتی‌ژن در مجموع سه گاوداری به‌ترتیب حدود 80 و 11 درصد گزارش شد که از این میان حدود 8/2 درصد حیوانات، عفونی مولد(PI) بودند و تفاوت معنی‌داری بین سه گاوداری مشاهده نشد. همچنین نتایج RT-PCR نشان داد همه نمونههای مثبت از نوع تیپ 1 ویروس بوده و تیپ 2 در این پژوهش گزارش نشد. نتایج این تحقیق با توجه به شیوع بالای بیماری نشان میدهد، پروتکلهای به‌کاررفته جهت کنترل این بیماری از کارایی مناسب برخوردار نبودهاند. بنابراین به‌نظر میرسد مهمترین اقدام جهت مبارزه جدی با این بیماری علاوه بر اعمال اصول امنیت زیستی، استفاده از سیاستهای منسجم کلان مدیریتی در سطح ملی خواهد بود.
فرزاد غفوری؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ سید رضا میرائی آشتیانی
چکیده
امروزه انتخاب ژنتیکی برای افزایش رشد و تولید پروتئین حیوانی با کیفیت بالا در جوجههای گوشتی (Gallus gallus domesticus)، معمولاً منجر به افزایش وزن بیش از حد خواهد شد که نتیجۀ آن تأثیر منفی بر راندمان مصرف خوراک و کیفیت لاشه مانند افزایش چربی محوطه بطنی میشود. هدف این مطالعه استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت چربی دو دسته جوجههای ...
بیشتر
امروزه انتخاب ژنتیکی برای افزایش رشد و تولید پروتئین حیوانی با کیفیت بالا در جوجههای گوشتی (Gallus gallus domesticus)، معمولاً منجر به افزایش وزن بیش از حد خواهد شد که نتیجۀ آن تأثیر منفی بر راندمان مصرف خوراک و کیفیت لاشه مانند افزایش چربی محوطه بطنی میشود. هدف این مطالعه استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت چربی دو دسته جوجههای گوشتی با چربی زیاد و کم در محوطۀ بطنی، به‌منظور شناسایی ژنهای مؤثر در متابولیسم و ذخیره چربی می‌باشد. در تجزیه داده‌های ریزآرایه و RNA-seq برای بیان تفاوت ژنی به‌ترتیب 2914 و 1867 ژن استخراج شد که در مجموع با مقایسه ژنهای شناسایی‌شده که تفاوت بیانی معنی‌داری داشتند (000001/0P<)، 1835 ژن شناسایی شد. سپس با مقایسه تعداد ژن مربوطه در میان پروفایل‌های ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک مرتبط شامل THBS1، COLEC12، ANXA7، RGS19، TMEM258 و HTR7L بودند که در فرآیند اصلی مسیرهای کنترل سنتز، متابولیسم و ذخیره چربی و مسیر سیگنالینگ غدد درونریز فعال شده توسط آدیپوکینها دارای نقش می‌باشند. تجزیه و تحلیل ترانسکریپتوم مرتبط با ذخیره چربی محوطه بطنی می‌‌تواند بیانکننده نقش آن به‌عنوان یک اندام متابولیک و درونریز در جوجههای گوشتی باشد.
مینا سلیم پور؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد حسین بنابازی
چکیده
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلاً با استفاده ...
بیشتر
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلاً با استفاده از فناوری توالییابی نسل جدید به‌صورت داده‌های RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناختهشده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه بیان متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژنهای متفاوت بیانشده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژنهای متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به‌ویژه مسیرهای مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگهای خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیمهای خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آنها موجب شدهاند.
مهدیه یوسفی دارستانی؛ سیدرضا میرائی آشتیانی؛ مصطفی صادقی
چکیده
با توجه به اهمیت حفظ تنوع در نژادهای بومی و شناسایی ذخایر ژنتیکی کشور، تنوع ژنتیکی جمعیت گاومیش آذری با استفاده از ده نشانگر ریزماهوارهای (BoLA-DRB3، BM1818، BM1824، CSSM033، CSSM047، ILSTS017، ILSTS033، ILSTS058، ILSTS061 و ILSTS089) بررسی شد. شمار 70 نمونه مو از گاومیشهای آذری در سه منطقۀ شمالغربی کشور (استانهای اردبیل، آذربایجانشرقی و آذربایجانغربی) ...
بیشتر
با توجه به اهمیت حفظ تنوع در نژادهای بومی و شناسایی ذخایر ژنتیکی کشور، تنوع ژنتیکی جمعیت گاومیش آذری با استفاده از ده نشانگر ریزماهوارهای (BoLA-DRB3، BM1818، BM1824، CSSM033، CSSM047، ILSTS017، ILSTS033، ILSTS058، ILSTS061 و ILSTS089) بررسی شد. شمار 70 نمونه مو از گاومیشهای آذری در سه منطقۀ شمالغربی کشور (استانهای اردبیل، آذربایجانشرقی و آذربایجانغربی) گردآوری شد. استخراج DNA ژنگانی (ژنومی) بهروش استخراج نمکی تغییریافته انجام و واکنشهای زنجیرهای پلیمراز برای همۀ آغازگرها بهینه شد. نتایج نشان داد، در این جمعیت، همۀ جایگاهها چندشکلی بالایی داشته و افزون بر این بهاستثنای جایگاه BoLA-DRB3، انحراف معنی‌داری از تعادل هاردی- واینبرگ نشان دادند (001/0p<). میانگین شمار آللهای مشاهدهشده و مورد انتظار به‌ترتیب برابر با 90/5 و 72/4 بود. افزون بر این میانگین ناخالصی (هتروزیگوسیتی) مشاهدهشده و مورد انتظار، محتوی اطلاعات چندشکلی و شاخص شانون، به‌ترتیب برابر با 87/0، 75/0، 71/0 و 57/1 بود. بنابراین، با توجه به این نتایج، تنوع ژنتیکی بالایی در جمعیت گاومیش آذری وجود دارد.
ابوالفضل بهرامی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ مصطفی صادقی؛ علی نجفی
چکیده
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد ...
بیشتر
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد تا قطر بالای 10 میلی‌متر دارد تا آماده برای تخمکریزی شود و پس از این مرحله یاختههای گرانولوزا تغییر کرده و تبدیل به تودۀ یاختههای ویژهای بنام جسم زرد میشوند. برای درک بهتر اساس مولکولی رشد فولیکولی و بلوغ یاختههای گرانولوزا، پروفایل ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزا از کوچک (<5mm) تا بزرگ (>10mm) با استفاده از روش دادهکاوی بررسی شد. درمجموع با مقایسۀ ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزای بزرگ و کوچک درمجموع 283 ژن شناسایی شدند. با بازسازی شبکه و تجزیۀ آن موفق به شناسایی آثار متقابل آنها و درنهایت با استفاده از ابزارهای مختلف درزمینۀ پیدا کردن ماژولهای مهم و عملکردی، شش ماژول شناسایی شد که مهمترین ژنهای مرتبط شامل αTNF، NR1H4، LHCGR، FSHR، PTHLH، LHB، CAD، HSD3B1، CYP17A1، DICE1، MCE1، COX و آروماتاز بودند. این مشاهده‌ها توصیه میکند که شش ماژول شناسایی‌شده در بررسی می‌توانند به‌عنوان نشانگرهایی برای مرحلۀ نهایی تمایز فولیکول و آغاز مرگ یاخته باشند.
هما سلیمانی؛ رسول واعظ ترشیزی؛ مرادپاشا اسکندری نسب؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ محمد حسین شهیر
چکیده
در این بررسی از اطلاعات مربوط به 37300 رکورد وزن تخم‌مرغ و 1540 رکورد وزن سفیده، وزن زرده، وزن پوسته، استحکام پوسته، ضخامت پوسته و واحد هاو مرغ‌های بومی مازندران برای برآورد فراسنجه‌های ژنتیکی ویژگی‌های کیفی تخم‌مرغ استفاده شد. رکوردهای وزن تخم‌مرغ در طی سال‌های 1371 تا 1385 و دیگر رکوردها در سال 1385 از تخم‌مرغ‌های 3 روز متوالی 769 مرغ گرد‌آوری‌شده ...
بیشتر
در این بررسی از اطلاعات مربوط به 37300 رکورد وزن تخم‌مرغ و 1540 رکورد وزن سفیده، وزن زرده، وزن پوسته، استحکام پوسته، ضخامت پوسته و واحد هاو مرغ‌های بومی مازندران برای برآورد فراسنجه‌های ژنتیکی ویژگی‌های کیفی تخم‌مرغ استفاده شد. رکوردهای وزن تخم‌مرغ در طی سال‌های 1371 تا 1385 و دیگر رکوردها در سال 1385 از تخم‌مرغ‌های 3 روز متوالی 769 مرغ گرد‌آوری‌شده بود. برآوردها با روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و مدل حیوان چند صفتی انجام گرفت. وراثت‌پذیری وزن تخم‌مرغ، وزن سفیده، وزن زرده، وزن پوسته، استحکام پوسته، ضخامت پوسته و واحد هاو به ترتیب 471/0، 747/0، 334/0، 595/0، 218/0، 465/0 و 532/0 برآورد شدند. همبستگی ژنتیکی افزایشی واحد هاو با وزن سفیدۀ مثبت (11/0) و با دیگر ویژگی‌های منفی ولی کم برآورد شد. وزن تخم‌مرغ با ویژگی‌های وزن زرده (45/0)، وزن آلبومین (95/0)، وزن پوسته (73/0) و ضخامت پوسته (39/0) همبستگی ژنتیکی افزایشی مثبت و بالا داشت. دامنۀ تغییر همبستگی‌های ژنتیکی افزایشی دیگر ویژگی‌ها از 04/0 (بین وزن سفیده و استحکام پوسته) تا 81/0 (بین وزن پوسته و ضخامت پوسته) بود. این برآوردها برای همبستگی‌های فنوتیپی از 13/0- (بین وزن زرده و واحد هاو) تا 95/0 (بین وزن تخم‌مرغ و وزن سفیده) متغیر بود. این نتایج نشان داد که با انتخاب بر پایۀ وزن تخم‌مرغ میتوان وزن زرده، وزن آلبومین و کیفیت پوسته را افزایش داد.
هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت الله رحیمی میانجی
چکیده
هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با ...
بیشتر
هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله و 86 گوسالۀ هلشتاین بودند. همۀ حیوانات در هنگام آزمایش همسن و همۀ تلیسهها غیر آبستن بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3 روش توالییابی مستقیم استفاده شد. با استفاده از رویۀ REML و مدلهای خطی مختلط همراهی همردیف‌های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی ارزیابی شد. افزون بر تأثیر ژن BoLA-DRB3، عاملهای ثابت گروه ژنتیکی و جنس و عامل تصادفی پدر نیز در مدل گنجانده شد. در این پژوهش، 27 همردیف برای ژن BoLA-DRB3 دیده شد. نتایج نشان داد همردیف‌های DRB3*0101 و DRB3*0902 با شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس همراهی دارند (05/0P<). یافتههای این پژوهش می‌‌تواند برای شناخت سازوکار زیستشناختی (بیولوژیکی) پاسخ ایمنی میزبان علیه استافیلوکوکوس آرئوس سودمند باشد.
معصومه ناصرخیل؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ مصطفی صادقی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ دکهوان لی
چکیده
دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز1 (DGAT1) آنزیم کلیدی در ساخت (سنتز) تری گلیسیرید است. ایجاد یک جهش جایگزینی باعث تبدیل گوانین به آدنین و منجر به جایگزینی لیزین با آلانین در آنزیم میشود که در گاو تأثیری بزرگ بر شیر و ترکیب‌های آن دارد. در این تحقیق، چندشکلی در ناحیۀ اگزون 3 تا اگزون 17 ژن DGAT1 در سه تودۀ بومی گاومیشهای ایران بررسی شد. استخراج ...
بیشتر
دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز1 (DGAT1) آنزیم کلیدی در ساخت (سنتز) تری گلیسیرید است. ایجاد یک جهش جایگزینی باعث تبدیل گوانین به آدنین و منجر به جایگزینی لیزین با آلانین در آنزیم میشود که در گاو تأثیری بزرگ بر شیر و ترکیب‌های آن دارد. در این تحقیق، چندشکلی در ناحیۀ اگزون 3 تا اگزون 17 ژن DGAT1 در سه تودۀ بومی گاومیشهای ایران بررسی شد. استخراج DNA از پیاز مو با استفاده از کیت استخراج DNA از 200 رأس گاومیش (خوزستانی، شمالی و آذری) انجام گرفت و قطعههای موردنظر از روش واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) افزایش شدند. تعیین ژنوتیپ با روش توالییابی مستقیم انجام شد و با نرم‌افزار BioEdit تجزیه‌وتحلیل صورت گرفت. تجزیۀ توالییابی در موقعیتهای نوکلئوتیدی g.6097A>G، g.7036C>T، g.7338G>A، g.7710C>T،g.8087C>T ،g.8259G>A ،g.8275G>A و g.8426C>T چندشکلیهای گزارش نشده‌ای (جدیدی) را در ژن DGAT1 در مقایسه با توالی موجود در بانک ژن (DQ886485) درون جمعیت گاومیشها نشان داده است. در مقایسه با گاومیش هندی 3 جهش در ناحیۀ اگزونی نشان داده شد که یکی از آنها جهش نامترادف بود. یک جهش درجشدگی 22 نوکلئوتیدی در اینترون 10 مشاهده شد. این نتایج گویای تنوع در توالی ژنتیکی قطعۀ بررسی‌شده در جمعیت گاومیشهای ایران است و از این تنوع میتوان در بررسی‌های ژنتیکی و اصلاح نژادی بهره جست.
نعمت هدایت ایوریق؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ صابر محمد مقصودی
چکیده
شتر گونه‌ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت‌ترین شرایط آب‌وهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید میکند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاه‌های مهمی که اثر آن در سایر گونه‌ها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ ...
بیشتر
شتر گونه‌ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت‌ترین شرایط آب‌وهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید میکند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاه‌های مهمی که اثر آن در سایر گونه‌ها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ هورمون رشد است که در تحقیق حاضر بررسی شده است. در پژوهش حاضر از 25 نمونه شتر دوکوهانه (ایستگاه جهادآباد) و 50 نمونه شتر تککوهانۀ مناطق مختلف، به ترتیب 15، 20، 15 نمونه از ایستگاه یزد، ایستگاه طرود و شترهای تککوهانۀ سمنان جهت تکثیر ژن هورمون رشد با استفاده از پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. با مطالعۀ توالییابی نمونههایی از هر گروه ژنتیکی پس از همردیفی آنها در 7 جایگاه از این ژن جهش مشاهده گردید که 2 جهش به تغییر اسیدآمینه در ساختار پروتئین هورمون رشد منجر میشدند. آنالیز فاصلۀ ژنتیکی این جایگاه نشان داد که فاصلۀ ژنتیکی بین شتر تککوهانه و دوکوهانه بیشترین بود. در جمعیتهای تککوهانه نیز دو جمعیت یزد و سمنان دارای بیشترین فاصله بودند و جمعیت طرود فاصلۀ کمتری با هر دو جمعیت یادشده داشت.
جواد رحمانی نیا؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ حسین مرادی شهربابک
چکیده
رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالییابی چندشکلیهای تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در ...
بیشتر
رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالییابی چندشکلیهای تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جوامع شبیه‌سازی‌شده و کشف خردهجوامع موجود استفاده شد. هدف از بهکاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچگونه آگاهی از اطلاعات شجرهای افراد بود. در شبیه‌سازی انجامگرفته بدین منظور پس از ویرایش دادهها، 29209 نشانگر اتوزومی از 159 دام، تجزیه‌وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهتها و تفاوتها بهخوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خردهجوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند. مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرضهای پیشین در آن است؛ بنابراین به محقق این امکان را میدهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه‌وتحلیل کند.
صابر محمد مقصودی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ محمد حسین بنابازی
چکیده
در مطالعات سال‌های اخیر، ارتباط بین چندشکلی ناحیۀ پروموتور (حذف و درج 23 جفت بازی) و اینترون 1 (حذف و درج 12 جفت بازی) ژن PRNP (ژن کدکنندۀ پروتئین پریون) و حساسیت به جنون گاوی اثبات شده است. درج این جایگاهها مقاومت به جنون گاوی کلاسیک را در گاوها افزایش میدهد، در حالی‌که حذف این جایگاهها باعث حساسیت بیشتر به جنون گاوی میشود. در ...
بیشتر
در مطالعات سال‌های اخیر، ارتباط بین چندشکلی ناحیۀ پروموتور (حذف و درج 23 جفت بازی) و اینترون 1 (حذف و درج 12 جفت بازی) ژن PRNP (ژن کدکنندۀ پروتئین پریون) و حساسیت به جنون گاوی اثبات شده است. درج این جایگاهها مقاومت به جنون گاوی کلاسیک را در گاوها افزایش میدهد، در حالی‌که حذف این جایگاهها باعث حساسیت بیشتر به جنون گاوی میشود. در این مطالعه فراوانی‌های آللی، ژنوتیپی، و هاپلوتیپی چندشکلیهای ناحیۀ پروموتور و ناحیۀ اینترون 1 ژن PRNP در 3 نژاد هلشتاین ایران (50=n)، گلپایگانی (62=n)، و سیستانی (60=n) برآورد شد. استحصال DNA به روش استخراج نمکی تغییر‌شکل‌یافته انجام شد. ژنهای مورد نظر با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر، و جایگاه‌های ذکرشده روی ژل پلیآکریلآمید تعیین ژنوتیپ شدند. داده‌های آللی به روش دقیق فیشر و داده‌های ژنوتیپی و هاپلوتیپی به روش مربع کای آزمون شدند. نتایج این تحقیق نشان داد هر 3 نژاد برای هر کدام از جایگاهها به‌صورت مستقل در تعادل هاردی-واینبرگ بودند. فراوانی‌های آللی و ژنوتیپی هاپلوتیپی پلیمورفیسم حذف و درج 12 جفت بازی و 23 جفت بازی بین نژادهای مطالعه‌شده و گاوهای سالم و مبتلای آلمانی مقایسه شد. براساس یافتههای این تحقیق این نتیجه حاصل شد که گاوهای گلپایگانی، از گاوهای سالم و مبتلای آلمانی مقاومت بیشتری در برابر جنون گاوی دارند.
محمد صاحب هنر؛ محمد مرادی شهربابک؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ دورین جی. گریک
چکیده
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به ...
بیشتر
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم متوسط حاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیتهای آزمون بر مبنای تراشه‌ای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرد دو‌مرحله‌ای، ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین به‌طور مستقیم از تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سه‌مرحله‌ای، ابتدا ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین از تراشۀ تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپ تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشن تحت تأثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشۀ SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.
هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت اله رحیمی میانجی
چکیده
در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده ...
بیشتر
در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده هلشتاین و 46 گوساله¬ی (R1) حاصل از آمیزش حیوانات ماده هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله بودند. حیوانات در هنگام آزمایش هم¬سن و غیر آبستن (تلیسه¬ها) بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3، روش توالی¬یابی مستقیم استفاده شد، و برای تعیین توالی اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR از اطلاعات توالی اسیدهای آمینه¬ی ملکول¬BoLA-DR، ارایه شده در آخرین کارگاه آموزشی BoLA استفاده شد. از یک مدل خطی مختلط برای ارزیابی اثر اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR بر صفات مورد مطالعه، استفاده شد. نتایج نشان داد اسیدهای آمینه موجود در جایگاه 28ام ملکولBoLA-DR بر شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس تاثیر دارد(P < 0.05).
