پویش ژنوم برخی صفات تولیدمثلی گاو هلشتاین ایران

صادقی, مصطفی; مداحی, نرگس; نجاتی جوارمی, اردشیر; میرائی آشتیانی, سید رضا; جلیل سرقلعه, علی

doi:10.22059/ijas.2023.359774.653947

پویش ژنوم برخی صفات تولیدمثلی گاو هلشتاین ایران

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، دانشگاه تهران، تهران، ایران

10.22059/ijas.2023.359774.653947

چکیده

هدف از انجام این تحقیق شناسایی نشانگرهای تک نوکلئوتیدی موثر بر برخی صفات تولیدمثلی در گاوهای شیری هلشتاین ابران است. برای این منظور از نمونه مو 150 راس گاو که بین سال‌های 1390-1392 در یکی از گاوداری های شرکت فردوس پارس متولد شده بودند، جهت تعیین ژنوتیپ با تراشه حاوی SNP 30108 استفاده شد. بعد از انجام مراحل کنترل کیفیت داده‌ها با استفاده از روش تجزیه واریانس حداقل مربعات با استفاده از رویه GLM، آنالیز GWAS انجام گردید. نتایج آنالیز نشان داد 2 تغییر تک نوکلئوتیدی با صفت فاصله زایش تا آبستنی و 12 تغییر تک نوکلئوتیدی با صفت فاصله بین اولین و آخرین تلقیح ارتباط معنی‌داری (pValue<0.04) داشتند، در صفت روزهای باز 11 و برای صفت تعداد تلقیح به ازای آبستنی نیز 5 تغییر تک نوکلئوتیدی معنی‌دار (pValue<0.04) وجود داشت. بررسی ها بعد از مکان یابی ژنها تعدادیQTL و ژن‌های مختلفی را شناسایی کرد که بر صفات مورد بررسی اثرگذار یا کنترل کننده بودند. از جمله این ژن‌ها می‌توان به ژن NUF2 در کروموزوم 3 که بر تکامل سلول تخم، ژن ANAPC1 در کروموزوم 11 که بر جنبانی اسپرم، ژن PITX2 در کروموزوم 6 که بر تولید شیر، ژن ELOVL6 در کروموزوم 6 که بر افزایش وزن بدن، موثر است اشاره نمود. به طور کلی می‌توان نتیجه گرفت که کروموزوم 3، 6 و 11 دارای تغییرات تک نوکلئوتیدی هستند که در ارتباط قوی تری با صفات تولیدمثلی بوده و در حاشیه همین تغییرات تک نوکلئوتیدی، QTL و ژن هایی یافت شد که مرتبط با صفات تولید مثلی بوده اند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

ژنتیک و اصلاح نژاد دام

عنوان مقاله [English]

Genome-Wide Association Studies for Selected Reproductive traits in Iranian Holstein cattle

نویسندگان [English]

mostafa sadeghi
narges maddahi
Ardeshir Nejati-Javaremi
S Reza Miraei-Ashtiani
Ali Jalil Sarghale

Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran , University of Tehran, Tehran, Iran

چکیده [English]

The aim of this study was to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNP) associated with selected reproductive traits in Holstein dairy cattle. The interval between calving and the first insemination, days open, the interval between the first and last insemination, and the number of inseminations per pregnancy were analyzed. For this purpose, the hair samples of 150 cattle, born between 2012-2014 in one of the cattle farms of Ferdous Pars company, were used for genotyping based on 30108 SNPs chip. The data were analyzed using the least square variance analysis method using the GLM. GWAS analysis was performed after controlling the quality of the data. The results identified that 2 and 12 SNPs had a significant correlation with calving to insemination interval and interval between first to last insemination traits(p<0.04), respectively. In addition, 11 SNPs and 5 SNPs showed significant correlation for days open and the number of insemination per conception traits (p<0.04), respectively. In the Post-GWAS stage, some Quantitative Trait Loci (QTL) and various genes were identified that affected or controlled the trait. Out of the related NUF2 gene on chromosome 3 affects the development of the oocyte, ANAPC1 gene on chromosome 11, which affects sperm motility, PITX2 gene in chromosome 6, affects milk production and ELOVL6 gene on chromosome 6 affects body weight., it can be concluded that chromosomes 3, 6 and 11 have SNPs that are more strongly related to reproductive traits.

کلیدواژه‌ها [English]