فراتحلیل (متا-آنالیز) داده‌های بیان ژن بافت پستان آلوده‌شده با باکتری اشریشیاکلی در گاوهای شیری

سمیه شریفی؛ عباس پاکدل؛ اسماعیل ابراهیمی

دوره 48، شماره 3 ، آذر 1396، ، صفحه 343-352

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.232123.653524

چکیده
  تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها می‌تواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر می‌شود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ...  بیشتر

شناسایی یک چندشکلی جدید در راه‌انداز ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) در بلدرچین ژاپنی به روش PCR-SSCP

هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 303-312

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59035

چکیده
  ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونه­های مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...  بیشتر

برازش مدل‌های آماری به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی در بزهای مهابادی

عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل

دوره 45، شماره 2 ، مرداد 1393، ، صفحه 173-184

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51820

چکیده
   به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده ...  بیشتر

تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه‌یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری

محمد صاحب هنر؛ محمد مرادی شهربابک؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ دورین جی. گریک

دوره 45، شماره 1 ، اردیبهشت 1393، ، صفحه 9-15

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51744

چکیده
  در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به ...  بیشتر

اثر انتخاب واگرا برای وزن بدن بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی در بلدرچین ژاپنی

راحله صادقی؛ عباس پاکدل؛ محمد مرادی شهر بابک

دوره 44، شماره 4 ، دی 1392، ، صفحه 313-320

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.50374

چکیده
  در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهار‌هفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده ...  بیشتر

بررسی رابطه¬ی ژن TLR4 با ورم پستان بالینی در گاو¬های هلشتاین ایران

معصومه باقری؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی

دوره 44، شماره 2 ، مرداد 1392، ، صفحه 141-148

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.35563

چکیده
  ژنToll-Like Receptor 4(TLR4)  به عنوان یک گیرنده­ی سطح سلولی که در پاسخ­های ایمنی ذاتی موثر است، سبب شناسایی لیپو پلی ساکاریدهای باکتری­های گرم منفی می­شود. نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با پاسخ­های ایمنی در طول بروز ورم پستان می­تواند در انتخاب گاوها کمک کند. هدف از مطالعه حاضر تعیین رابطه­ی ژن  TLR4با ورم پستان بالینی بود. 270 فرد بر اساس ...  بیشتر

توابع ریاضی توصیف کننده ی منحنی تولید تخم مرغ یک لاین مادری تجاری گوشتی

عباس صفری علیقیارلو؛ رسول واعظ ترشیزی؛ عباس پاکدل

دوره 43، شماره 4 ، اسفند 1391، ، صفحه 505-512

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.30271

چکیده
  در تحقیق حاضر، تابع مناسب برای توصیف منحنی تولید تخم مرغ خط مادری در یک لاین تجاری گوشتی، با برازش توابع گامای ناقص(وود)، گامای ناقص تصحیح شده، تابع جزء به جزء، تابع جزء به جزء تصحیح شده، تابع رگرسیون چند جمله ای علی و شفر و تابع لجستیک غیرخطی تعیین شد. پارامترهای هر تابع با استفاده از رویه غیر خطی و روش تکرار گوس- نیوتن نرم افزارآماریSAS ...  بیشتر

اندازه‌گیری عمق چربی زیر پوستی و عضله راسته بوسیله اولتراسوند برای تخمین ترکیبات لاشه در گوسفند مغانی

سیدمهدی حسینی وردنجانی؛ سیدرضا میرائی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک

دوره 43، شماره 4 ، اسفند 1391، ، صفحه 53-520

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.30272

چکیده
  در این تحقیق برای بررسی امکان تخمین ترکیبات لاشه با استفاده از اولتراسوند از 38 راس بره‌ی نر مغانی استفاده شد. عمق چربی زیر پوستی (USFT)، عمق (ULMD) و مساحت عضله راسته (ULMA) در ناحیه بین دنده 12 و 13 روی حیوان زنده با استفاده از دستگاه اولتراسوند مجهز به پروپ 8 مگا هرتز اندازه‌گیری و سپس بره‌ها کشتار شدند. لاشه‌ها به مدت 24 ساعت در دمای 4 درجه سانتیگراد ...  بیشتر

بررسی اثر انتخاب انفرادی و خانوادگی بر افزایش وزن بدن و سینه در بلدرچین ژاپنی

مجید خالداری؛ عباس پاکدل؛ حسن مهربانی یگانه؛ اردشیر نجاتی جوارمی

دوره 43، شماره 4 ، اسفند 1391، ، صفحه 531-537

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.30274

چکیده
  این مطالعه به منظور بررسی اثر انتخاب کوتاه مدت بر صفات مرتبط با رشد شامل وزن بدن و وزن سینه در سن 4 هفتگی در بلدرچین ژاپنی انجام شد. برای این منظور یک لاین بر اساس ارزشهای اصلاحی برای وزن بدن (لاین 1) و لاین دیگر بر اساس میانگین رکوردهای خانوادگی برای وزن سینه (لاین 2) به طور تصادفی از یک جمعیت پایه انتخاب شدند. در لاین 1 در هر نسل 39 پرنده ...  بیشتر

بررسی وجود QTLهای مرتبط با صفات وزن بدن تا سن 28 روزگی در نواحی کاندیدا از ژنوم در بلدرچین ژاپنی

الهام رضوان نژاد؛ عباس پاکدل؛ سیدرضا میرائی آشتیانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ محمد مهدی یعقوبی

دوره 43، شماره 3 ، آذر 1391، ، صفحه 423-430

https://doi.org/10.22059/ijas.2012.29349

چکیده
  وزن بدن از جمله صفات مهم اقتصادی و در عین حال پیچیده در طیور است که انتخاب به کمک نشانگر1(MAS) می تواند در بهبود آن نقش قابل توجهی داشته باشد. هدف از مطالعه حاضر تعیین جایگاههای صفات کمی2(QTL) مرتبط با وزن بدن در سنین مختلف با استفاده از طرح ناتنی می باشد. 220 بلدرچین ژاپنی برای 6 نشانگر ریز ماهواره با قدرت اطلاع دهندگی بالا بر روی کروموزومهای ...  بیشتر

مقایسه بین ‌BayesC و GBLUP در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در توزیع‌های متفاوت واریانس ژن‌های عمده اثر

مسعود شیرعلی؛ سیدرضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ کریس هیلی؛ ریکاردو پونگ ونوگ

دوره 43، شماره 2 ، شهریور 1391، ، صفحه 261-268

https://doi.org/10.22059/ijas.2012.28534

چکیده
  ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد و توزیع‌های مختلف واریانس ژن‌های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن‌های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه‌سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزش‌های اصلاحی ژنومی برآورد ...  بیشتر

برآورد پارامترهای ژنتیکی رکوردهای روزآزمون تولید شیر در گاوهای هلشتاین ایران

محمد رزم کبیر؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی

دوره 42، شماره 2 ، مهر 1390، ، صفحه 171-178

چکیده
  در این پژوهش از اطلاعات مربوط به دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران که از سال 1375 تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده شد. اطلاعات مورد استفاده شامل 872125 رکورد روزآزمون مربوط به 95816 حیوان در 59 گله بود. برآورد مؤلفه‌های (کو) واریانس و پارامترهای ژنتیکی با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و روش نمونه‌گیری گیبس انجام ...  بیشتر

اثر سخت‌زایی بر تولیدشیر، باروری و برآورد ضرایب اقتصادی جزء مستقیم و مادری سخت‌زایی

حیدر قیاسی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ عباس پاکدل؛ حسن مهربانی یگانه

دوره 42، شماره 1 ، تیر 1390، ، صفحه 57-64

چکیده
  به منظور برآورد اثر سخت‌زایی بر تولید شیر، باروری و ضرایب اقتصادی جزء مادری و مستقیم سخت‌زایی، داده‌های اقتصادی و عملکردی 10 گله گاو شیری هلشتاین و رکوردهای تولید شیر و سخت‌زایی جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی استفاده گردید. در این مطالعه سخت‌زایی به 3 گروه تقسیم بندی شد. گروه 1: زایش بدون کمک، گروه 2: نیاز ...  بیشتر

تأثیر برازش مدل‌های مختلف حیوانی بر برآورد پارامترهای ژنتیکی وزن جوجه یک روزه

ابوالقاسم سراج؛ رسول واعظ ترشیزی؛ عباس پاکدل

دوره 41، شماره 4 ، اسفند 1389، ، صفحه 363-371

چکیده
  در تحقیق حاضر، اثر عوامل مادری مؤثر بر وزن یک‌روزگی جوجه‌های دو خط پدری و مادری یک لاین تجاری گوشتی آرین و مرغان بومی مازندران، به همراه تأثیر برازش اثر متقابل پدر- نسل بر برآورد پارامترهای ژنتیکی حاصل از مدل‌های با آثار مادری، مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و مدل‎های حیوان مختلف با استفاده از ...  بیشتر

بررسی شاخص سلامت پستان و مقایسه استراتژی‌های مختلف انتخاب جهت گنجاندن اطلاعات این صفت در برنامه‌های اصلاحی گاوهای هلشتاین ایران

مریم صفدری شاهرودی؛ عباس پاکدل؛ سید رضا میرایی آشتیانی

دوره 41، شماره 4 ، اسفند 1389، ، صفحه 381-390

چکیده
  پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی مربوط به صفات تولیدی، ساختار پستان و تعداد سلول‌های بدنی (somatic cell count) برای گاوهای هلشتاین ایران برآورد گردید. رکوردهای ماهیانه تعداد سلول‌های بدنی (SCC) در ابتدا تبدیل به امتیاز سلول‌های بدنی(SCS) شد و پس از آن سنجه میانگین دوره شیردهی این صفت (LSCS) با تصحیح برای حجم شیر محاسبه گردید. با استفاده از این برآوردها ...  بیشتر

برازش مدل‌های غیرخطی برای توصیف امتیاز سلول‌های بدنی شیر دوره‌های مختلف شیردهی گاوهای هلشتاین ایران

عباس پاکدل؛ مرضیه حیدری تبار؛ اردشیر نجاتی جوارمی

دوره 41، شماره 2 ، شهریور 1389

چکیده
  هدف از انجام این تحقیق، بررسی قابلیت مدل‌های غیرخطی مختلط برای توصیف منحنی امتیاز سلول‌های بدنی موجود در شیر گاوهای هلشتاین ایران در دوره‌های مختلف شیردهی و مقایسه برازش 4 مدل غیرخطی و دو مدل خطی برای این داده‌ها می‌باشد. بدین منظور از 445077 رکورد امتیاز سلول‌های بدنی روزانه حاصل از 69124 راس گاو هلشتیان در دوره‌های اول تا چهارم شیردهی ...  بیشتر

برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات تیپ، تولید شیر و روزهای باز در گاوهای هلشتاین ایران

محمدرضا بختیاری زاده؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ احمد مقیمی

دوره 40، شماره 4 ، اسفند 1388

چکیده
  هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای ژنتیکی 13 صفت تیپ، تولید شیر و روزهای باز در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. 16502 رکورد (صفات تیپ)، 16557 رکورد (تولید شیر) و 11631 رکورد (روزهای باز) مربوط به زایش اول بودند که به ترتیب از 1530، 1566 و 2000 گروه گله- سال- فصل زایش که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. نرم‌افزار SAS و رویه ...  بیشتر