8954856055505db

مقایسه بین ‌BayesC و GBLUP در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در توزیع‌های متفاوت واریانس ژن‌های عمده اثر

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری دانشگاه تهران

2 استاد دانشگاه تهران

3 دانشیار دانشگاه تهران

4 پژوهشگاه رازلین و مرکز سلطنتی مطالعات دامپزشکی، دانشگاه ادینبرو.

5 بخش ژنتیک انسانی مرکز مطالعات پزشکی، پژوهشگاه ژنتیک و درمانهای مولکولی مرکز مطالعات پزشکی، دانشگاه ادینبرو.

چکیده

ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد و توزیع‌های مختلف واریانس ژن‌های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن‌های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه‌سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزش‌های اصلاحی ژنومی برآورد شده به وسیله BayesC و GBLUP نشان داد که ارزش‌های اصلاحی ژنومی برآورد شده و ارزش‌های اصلاحی واقعی در جمعیت مرجع در تمامی صفات، همبستگی بسیار بالایی (80/0

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Comparison between Bayesc and GBLUP in Estimating Genomic Breeding Values under Different QTL Variance Distributions

نویسندگان [English]

  • Masoud Shirali 1
  • Seyed Reza Miraei-Ashtiani 2
  • Abbas Pakdel 3
  • Chris Haley 4
  • Ricardo Pong-Wong 5
چکیده [English]

A genome consisted of 1000 biallelic single nucleotide polymorphisems (SNPs) on one chromosome with 100 CM length was simulated and different QTL variance distributions (Uniform, Normal and Gamma) and various numbers of QTL (5, 10 and 20) were considered as simulation assumptions and consecutively 9 various traits were generated. The comparison between GEBVs obtained from BayesC and GBLUP showed that GEBVs and true breeding values were largely correlated (r > 0.80) in training population for all traits. Comparing accuracies of GEBVs showed that both BayesC and GBLUP methods performed similarly, except in traits with 5 QTLs BayesC performed significantly better (P < 0.05). The accuracies of estimations using BayesC indicated that this method performed better under scenarios with low number of QTL and gamma variance distribution in trait of interest. However, GBLUP presented accurate estimations in all traits; and number of QTL and QTL variance distributions had no impact on accuracies of GBLUP estimations. These results can be due to assumed genetics model in trait of interest in each method.

کلیدواژه‌ها [English]

  • BayesC
  • Breeding value
  • GBLUP
  • Number of QTL
  • QTL variance distribution