رعنا پدر؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ احمد آیت اللهی مهرجردی؛ حجت اسداله پور نعنایی؛ حامد خراتی کوپایی
چکیده
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. ...
بیشتر
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالییابی کل ژنوم نمونه‌های مرغ گینه‌ای به صورتPaired-End با طول خوانش 125 جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش‌های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ‌ها با طول‌های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ‌ها در گروه‌های جداگانه‌ای قرار می‌گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می‌تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ‌های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه‌های بهنژادی ارایه نماید.
مهرنسا جمال پور؛ محمد دادپسند؛ هادی آتشی؛ علی نیازی؛ حامد خراتی کوپایی؛ سید محمد رضا هاشمی
چکیده
این پژوهش بهمنظور بررسی فیلوژنی و بیوانفورماتیکی جهش تک‌نوکلئوتیدی در ناحیه 5`UTR ژن نوروپپتید وای (Neuropeptide Y=NPY) و ارتباط آن با صفات تولید تخممرغ و وزن بدن در مرغان بومی استان فارس، انجام گرفت. از 200 قطعه مرغ بومی ایستگاه پرورش و اصلاحنژاد مرغ بومی استان فارس خونگیری انجام شد. استخراج DNA با روش نمکی انجام شد. جهش تک‌نوکلئوتیدی ...
بیشتر
این پژوهش بهمنظور بررسی فیلوژنی و بیوانفورماتیکی جهش تک‌نوکلئوتیدی در ناحیه 5`UTR ژن نوروپپتید وای (Neuropeptide Y=NPY) و ارتباط آن با صفات تولید تخممرغ و وزن بدن در مرغان بومی استان فارس، انجام گرفت. از 200 قطعه مرغ بومی ایستگاه پرورش و اصلاحنژاد مرغ بومی استان فارس خونگیری انجام شد. استخراج DNA با روش نمکی انجام شد. جهش تک‌نوکلئوتیدی ژن NPY با تکنیک PCR-RFLP شناسایی شد. فراوانی آللهای A و B بهترتیب 46/0 و 54/0 برآورد شد و جمعیت مورد مطالعه در تعادل هاردی-واینبرگ نبود. واکاوی آماری نشان داد که، بین چندریختی نوروپپتید وای و صفات مورد مطالعه (شمار تخممرغ، اولین سن تخمگذاری، وزن تخممرغ در 84 هفتگی و وزن بدن در 12 هفتگی) ارتباط معنیداری وجود ندارد. همچنین، واکاوی فیلوژنی نشان داد که ناحیه توالییابیشده ژن NPY مرغ بومی فارس با اطلاعات توالیهای EU447658.1 و EU447659.1 دارای بیشترین شباهت است. نکته قابل توجه در واکاوی فیلوژنی، وجود ژن NPY از گونه بلدرچین بود که می‌تواند نشان دهنده نقش کلیدی این ژن در تنظیم فرآیندهای فیزیولوژیک محسوب گردد.
