فرزاد غفوری؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ آرش جوانمرد؛ سید رضا میرائی آشتیانی
چکیده
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای ...
بیشتر
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در حفظ باروری به‌ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده‌های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، 4538 ژن استخراج شد که در مجموع 1466 ژن تفاوت بیانی معنی‌داری نشان دادند (P<0.000001, Fold change<0.5). سپس با مقایسه ژنهای مربوطه در میان پروفایل‌های ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و 13 چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز 13 چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM1، NXPE2، NT5DC3، COL4A3، COL12A1، ALPK3، ADAMDEC1، SERPINA14، S100A9، PI16، OAS1X، MSTN، MASP1، CD83، CA2، C2، C5، JSP.1 و SAA3 مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه‌نویسی این ژن‌ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل‌و‌نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می‌باشند. پژوهش حاضر می‌‌تواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.
محمدرضا عطاری؛ حسین مرادی شهربابک؛ غلامعلی نهضتی؛ محمد حسین بنابازی؛ محمدرضا هاشمی
چکیده
این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژنهای شاخص در تمایز و تکامل ملکه، نر و کارگر با مقایسه تفریقی آنها در سن 5 لاروی یا همان سن تمایز انجام شد. لذا ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 15 نمونه از زنبور عسل نژاد ایتالیایی (A. m. ligustica) شامل 5 زنبور نر، 5 کارگر و 5 ملکه از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع زنبور ...
بیشتر
این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژنهای شاخص در تمایز و تکامل ملکه، نر و کارگر با مقایسه تفریقی آنها در سن 5 لاروی یا همان سن تمایز انجام شد. لذا ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 15 نمونه از زنبور عسل نژاد ایتالیایی (A. m. ligustica) شامل 5 زنبور نر، 5 کارگر و 5 ملکه از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع زنبور عسل نسخه Amel_4.5 مرتب شد. سپس آنالیز بیان افتراقی ژن صورت گرفت و در نهایت 15962 ژن و 31297 ایزوفرم بر روی ترانسکریپتوم این نمونه‌ها مشخص شد و نهایتاً 465 ژن با بیان متفاوت بین تیمارهای نر و ملکه، 495 ژن بین تیمارهای کارگر و ملکه و 764 ژن بین تیمارهای نر و کارگر بود (000005/0p<)، (0001/0p<) و بیشترین تفاوت بیان ژنی بین تیمارهای کارگر و نر، ژنهای GB45614 و GB42053 با لگاریتم 2 fold change به‌ترتیب با مقادیر 10- و 5/11 به‌دست آمدند و در مقایسه تیمارهای نر و ملکه ژنهای GB45614 و GB48020 به‌ترتیب با مقادیر 7/11 و 8/11 و در مقایسه تیمارهای ملکه و کارگر ژنهای GB43508 و GB42053 به‌ترتیب با مقادیر 6/6 و 9- با بیشترین تفاوت بیان ژنی مشاهده شدند. آنالیز ماهیت ژن (GO) و مسیرهایی که در آنها درگیر هستند نشان داد، که بررسی دقیقی و جامعی بر روی تعداد زیادی از این ژن‌ها انجام نشده است، ولی تعداد زیادی از این ژنهای شاخص در مقایسه تیمارهای: ملکه و نر مرتبط با اجزای ساختاری و جدایی‌ناپذیر غشا، پردازش متابولیکی کیتین، بازدارنده‌های تریپسین، فعالیت گیرنده گاسترین، باندشونده با هورمون جوانی، پاسخ‌های دفاعی نسبت به باکتری‌ها، پروتئین‌های کوتیکول شفیره هستند درصورتی‌که در مقایسه ژنهای شاخص متمایز در تیمارهای ملکه و کارگر مرتبط با مسیرهای متابولیکی، متابولیسم داروها و سایر آنزیمها، متابولیسم لیپیدها، باندشونده با نوکلئیک اسید، انتقال‌دهنده کلسترول داخل سلولی، پردازش‌های متابولیکی کیتین، بیوسنتز یوبیکینون و سایر ترپنوئید کینون‌ها و ژنهای متمایز در مقایسه کارگر و نر مرتبط ا اجزای ساختاری و جدایی‌ناپذیری از غشای متابولیسم و انتقال آمینو اسیدها، باند شونده با یون کلسیم، باندشونده با فلز یون، انتقال‌دهنده کلسترول کیتین درون سلول، متابولیسم بودند.
مینا سلیم پور؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد حسین بنابازی
چکیده
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلاً با استفاده ...
بیشتر
این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونهای از هریک از جمعیتهای گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانشها قبلاً با استفاده از فناوری توالییابی نسل جدید بهصورت داده‌های RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناختهشده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه بیان متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژنهای متفاوت بیانشده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژنهای متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به‌ویژه مسیرهای مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگهای خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیمهای خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آنها موجب شدهاند.
ابوالفضل بهرامی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ مصطفی صادقی؛ علی نجفی
چکیده
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد ...
بیشتر
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد تا قطر بالای 10 میلی‌متر دارد تا آماده برای تخمکریزی شود و پس از این مرحله یاختههای گرانولوزا تغییر کرده و تبدیل به تودۀ یاختههای ویژهای بنام جسم زرد میشوند. برای درک بهتر اساس مولکولی رشد فولیکولی و بلوغ یاختههای گرانولوزا، پروفایل ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزا از کوچک (<5mm) تا بزرگ (>10mm) با استفاده از روش دادهکاوی بررسی شد. درمجموع با مقایسۀ ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزای بزرگ و کوچک درمجموع 283 ژن شناسایی شدند. با بازسازی شبکه و تجزیۀ آن موفق به شناسایی آثار متقابل آنها و درنهایت با استفاده از ابزارهای مختلف درزمینۀ پیدا کردن ماژولهای مهم و عملکردی، شش ماژول شناسایی شد که مهم‌ترین ژنهای مرتبط شامل αTNF، NR1H4، LHCGR، FSHR، PTHLH، LHB، CAD، HSD3B1، CYP17A1، DICE1، MCE1، COX و آروماتاز بودند. این مشاهده‌ها توصیه میکند که شش ماژول شناسایی‌شده در بررسی می‌توانند به‌عنوان نشانگرهایی برای مرحلۀ نهایی تمایز فولیکول و آغاز مرگ یاخته باشند.
