بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت اسب کرد ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره

اعلا امجدی, مطهره; مهربانی یگانه, حسن; صادقی, مصطفی

doi:10.22059/ijas.2017.237799.653544

بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت اسب کرد ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

¹ دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

² دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

10.22059/ijas.2017.237799.653544

چکیده

در این تحقیق با استفاده از شش نشانگر ریزماهواره (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02, ASB23) تنوع ژنتیکی درون جمعیت 52 نمونه اسب کرد اصیل که از استانهای کردستان، کرمانشاه، ایلام، آذربایجان غربی، اصفهان، کرمان و همدان به‌طور تصادفی نمونه‌گیری شده‌اند، بررسی شد. از نمونۀ خونهای گرفته‌شده DNA به روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) برای افزونش قطعه‌های شش جایگاه ریزماهواره با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی به‌صورت استاندارد انجام شد. آنگاه محصولات PCRشش جایگاه روی ژل اکریل آمید 8 درصد، الکتروفورز و رنگ‌آمیزی شد. جایگاهها در جمعیت مورد بررسی، چندشکلی بالایی را نشان دادند. شمار آللهای مشاهده‌شده و آللهای مؤثر و میزان ناخالصی (هتروزیگوسیتی) مورد انتظار و مشاهده‌شده و شاخص شانون برای همۀ جایگاهها محاسبه شد. نتایج این تحقیق نشان داد، شمار آللهای شش جایگاه مورد بررسی، از 4 تا 10 آلل متغیر بودند. بیشترین آلل در جایگاه HMS07 (ده آلل) و کمترین آلل در جایگاه HMS02 (چهار آلل) مشاهده شد. با توجه به نتایج مشاهده‌شده، جایگاههای ریزماهوارۀ مورد استفاده چندشکلی بالایی در جمعیت اسب کرد داشتند و می‌توان از چندشکلی بالای آن‌ها در بررسی‌های بعدی، به‌ویژه در بررسی‌های ژنتیک جمعیت استفاده کرد. آللها و دامنههای آللی جدید در اسب کرد، گویای تفاوت ساختاری جمعیتی آن‌ها با دیگر نژادهای اسب مورد بررسی در تحقیقات دیگر مانند اسب ترکمن و عرب است.

کلیدواژه‌ها

20.1001.1.20084773.1396.48.3.3.5

عنوان مقاله [English]

Study of Genetic variation in Iranian Kurdish horse using microsatellite marker

نویسندگان [English]

Motahareh Ala Amjadi ¹
Hassan Mehrabani yegahneh ²
Mostafa Sadeghi ²

¹ M. Sc. Student, University College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran

² Associat Professor, University College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran

چکیده [English]

In this research genetic variation using 6 microsatellite loci (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02, ASB23) was studied in Iranian Kurdish horse population .Whole blood samples were randomly collected from 52 horses in Kurdistan, Kermanshah, Elam, Western Azerbaijan, Esfahan, Kerman and Hamadan regions. DNA was extracted from blood samples. Polymerase chain reaction (PCR) was used for amplification of 6 microsatellite loci using pairs of standard specific primers. Then, the PCR products assessed with 8% silver-staining acrylamide gel and electrophoresed. All microsatellites loci were polymorphic. The number of alleles observed and expected hetrozygosities were calculated with Shannon Index. The largest and smallest number of alleles were observed in HMS07 locus (10 alleles) and HMS02 (4 alleles) respectively. Our results confirmed the high efficiency of microsatellite markers for assessing population structure in Iranian native horses.

کلیدواژه‌ها [English]

Kurdish horse
microsatellite markers
polymorphisms

مراجع

Azor, P., Valera, M., Gómez, M. D., Goyache, F. & Molina, A. (2007).Genetic characterization of the Spanish Trotter horse breed using microsatellite markers. Journal of Genetics and Molecular Biology, 30(1), 37-42.
Barker, J. S. F., Moore, S. S., Hetzel, D. J. S., Evans, D. & Byrne, K. (1997). Genetic diversity of Asian water buffalo (Bubalus bubalis): microsatellite variation and a comparison with protein‐coding loci. Animal genetics, 28(2), 103-115.
Behara, A. M. P., Colling, D. T., Cothran, E. G. & Gibson, J. P. (1998). Genetic relationships between horse breeds based on microsatellite data: applications for livestock conservation. In: Proceedings of the 6^th world congress on genetics applied to livestock production, Armidale, Australia (28, 119-126).
Emil, G. S., Eduard, C., Mariana, R., Anca, D., Dumitru, T. C. & Marieta, C. (2005). Microsatellites Variations in Romanian Thoroughbred and Arabian horse Populations. In: Proceedings of the Balkan scientific conference of biology, 21^st of May 2005, Bulgaria, pp. 202–209.
FAO. (2011). Molecular genetic characterization of animal genetic resources. FAO Animal production and Health Guidelienes. No.9.Rome.
Frankham, R. (1994). Conservation of genetic diversity for animals. 5th world congress on genetics Applied to livestock production, University of Guelph, Ontario, Canada 21, 385-392.
Javanmiri, E., RostamZade, J. & Rashidi, A. (2010). Evaluation of genetic variation of Kurdish horse using microsatellite markers. M.Sc .thesis. Faculty of Agriculture of Kurdistan University, Iran. (in Farsi)
Jemmali, B., Haddad, M. M. , Barhoumi , N., Tounsi, S., Lasfer, F., Trabelsi , A., & Ezzaouia, M. H. (2017). Genetic diversity in Tunisian horse breeds. Archiv fuer Tierzucht, 60(2), 153.
Khanshour, A., Conant, E., Juras, R. & Cothran, E. G. (2013). Microsatellite analysis of genetic diversity and population structure of Arabian horse populations. Journal of Heredity, 104(3), 386-398.
Kusza, S., Priskin, K., Ivankovic, A., Jedrzejewska, B., Podgorski, T., Jávor, A. & Mihók, S. (2013). Genetic characterization and population bottleneck in the Hucul horse based on microsatellite and mitochondrial data. Biological Journal of the Linnean Society, 109(1), 54-65.
Lee, S. Y. & Cho, G. J. (2006). Parentage testing of Thoroughbred horse in Korea using microsatellite DNA typing. Journal of veterinary science, 7(1), 63-67.
Max Mallowan. (1985). Cyrus the Great. in Ilya Gershevitch , William Bayne Fisher, J. A. Boyle, The Cambridge History of Iran 2, Cambridge University Press, ISBN 0521200911 p. 417.
Ministry of jihad Agriculture, Agricultural research and education organization, Animal science research institute Iran’s country: Report on farm animal genetic resources, Retrieved July, 2004. From: http://www.maj.ir/Portal/Home/Default.aspx?CategoryID=c5c8bb7b-ad9f-43dd-8502-cbb9e37fa2ce
Moravcikova, N., Kasarda, R., Kukuckova, V., Vostry, L. & Kadleclk, O. (2016). Genetic diversity of old Kladruber and Nonius horse populations through Microsatellite variation analysis. Acta Agriculture Slovenia, 5, 46.
15. Nei, M. 1978. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 89(3), 583-590.
Orians, G. H. (1990). The Preservation and valuation of biological resources. University of Washington Press.
Shahsavarani, H. & Rahimi-Mianji, G. (2010). Analysis of genetic diversity and estimation of inbreeding coefficient within Caspian horse population using microsatellite markers. African Journal of Biotechnology, 9(3).
Silva, A. C. M., Paiva, S. R., Albuquerque, M. S. M., Egito, A. A., Santos, S. A., Lima, F. C., ... & McManus, C. M. (2012). Genetic variability in local Brazilian horse lines using microsatellite markers. Genetics and Molecular Research, 11(2), 881-890.
Vahdani Manaf, M. A., Mashayekhi, M. R., Hasanpour, A., Ayubi, M. R. (2017). Evaluation of the genetic diversity of Iranian Kurdish horses. Journal of Animal science researches (Agricultural Science), 27(1), 95-102. (in Farsi)