8954856055505db

مطالعة ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران با استفاده از توالی D-loop ژنوم میتوکندری

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد تربیت مدرس

2 استادیار دانشگاه تربیت مدرس

3 دانشیار دانشگاه تربیت مدرس

چکیده

در این مطالعه، به منظور آگاهی از ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران در مقایسه با نمونه‌های خارجی، نمونه‌های خون از 95 رأس اسب از جمعیت‌های متعدد نقاط مختلف کشور و 114 توالی D-loop میتوکندری از بانک اطلاعات ژنوم بدست آمد. DNA کلیة نمونه‌های بومی با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیة D-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعة 247 جفت بازی ناحیة D-loop ژنوم میتوکندری در نمونه‌های فوق، 44 هاپلوتیپ به همراه 39 جایگاه متغیر مشخص شد. در درخت فیلوژنی ترسیم شده برای این هاپلوتیپ‌ها به همراه توالی‌های بدست آمده از بانک اطلاعات ژنوم شش هاپلوگروه (A تا F) تشخیص داده شد. مقدار تنوع نوکلئوتیدی کل برای اسب‌های بومی ایران 009/0±028/0 بدست آمد. مقادیر شاخص تثبیت با استفاده از روش Kimura-2 parameter دارای دامنه‌ای بین 001/0- الی 172/0 بودند. آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که برخی از این جمعیت‌ها، بخصوص نمونه‌های اسب سیستانی، با سایر جمعیت‌های مورد مطالعه و همچنین با توالی‌های بدست آمده از بانک اطلاعات ژنوم قرابت ژنتیکی دارند (05/0>P). بین دو جمعیت عرب و ترکمن بدلیل عدم کنترل تلاقی‌های این دو جمعیت تفاوت معنی‌دار مشاهده نشد (05/0P >). دو جمعیت اسب کرد و اسبچة خزر با سایر جمعیت‌های مورد مطالعه و با توالی‌های بدست آمده از بانک اطلاعات ژنوم تفاوت معنی‌دار نشان دادند (05/0>P). به طورکلی نتایج بدست آمده در این مطالعه نشان دهندة تنوع ژنتیکی بالا و وجود شباهت ژنتیکی در برخی از جمعیت‌های مورد مطالعه می‌باشند. با توجه به این نتایج لزوم وجود کنترل تلاقی‌های جمعیت‌ها و کنترل تولید نتاج در جمعیت‌های اسب بومی کشور احساس می‌شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

A Study of the Genetic Structure of Iranian Native Horses Using Mitochondrial DNA Sequence

نویسندگان [English]

  • misagh moridi 1
  • ali akbar masoudi 2
  • rasoul vaez torshizi 3
چکیده [English]

To finding out the genetic structure of Iranian native horses, as animal blood samples were obtained from diverse areas of Iran, in addition, 114 sequences of equine D-loop region were obtained from GenBank. Total DNA of the samples were extracted through salting out procedure and utilized as template for amplification and sequencing of the D-loop region of mtDNA. Sequence analysis of the 247-bp D-loop region of mtDNA in all samples revealed a total of 44 haplotypes with 39 polymorphic sites. Six haplogroups (A–F) were identified in the phylogenic tree drowned for these haplotypes and sequences from GenBank. Total nucleotide diversity was obtained with in the range of 0.028 ± 0.009 in Iranian native horses. Fixation index values, employing Kimura-2 parameter method ranged from -0.001 to 0.172. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) identified that some of these populations, especially Sistani horses, bear a genetic similarity with other populations and also with sequences from the GenBank (P > 0.05). Arab and Turkman horse populations displayed non-significant difference (P > 0.05), which may reflect the uncontrolled crossing between these two breeds. Caspian and Kurd horse populations showed significant differences with other populations and sequences from the GenBank (P > 0.05). The results of the current study indicate a high genetic diversity and as well as genetic similarity in some populations. According to the dateained results it is necessary to control the crosses between the animals populations and the production of progenies in Iranian native horses.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Genetic diversity
  • genetic structure
  • Haplotype
  • Iranian native horses