رضا خلخالی ایوریق؛ نعمت هدایت ایوریق؛ حسن حافظیان؛ ایوب فرهادی؛ محمدرضا بختیاری زاده
چکیده
مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی تنوع تعداد کپی و بررسی اثرات آنها بر ژن‌های شترهای تک‌کوهانه با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کامل ژنومی دو نفر شتر ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. توالی‌یابی کامل ژنوم نمونه‌های یزدی و طرودی، به ترتیب حدود 456 و 8/418 میلیون خوانش با اندازه 100 جفت‌بازی تولید کرد. پس از هم‌ردیفی خوانش‌های پالایش ...
بیشتر
مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی تنوع تعداد کپی و بررسی اثرات آنها بر ژن‌های شترهای تک‌کوهانه با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کامل ژنومی دو نفر شتر ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. توالی‌یابی کامل ژنوم نمونه‌های یزدی و طرودی، به ترتیب حدود 456 و 8/418 میلیون خوانش با اندازه 100 جفت‌بازی تولید کرد. پس از هم‌ردیفی خوانش‌های پالایش شده در ژنوم مرجع (شماره دسترسی در NCBI: GCA_000767585.1)، از الگوریتم مبتنی بر عمق خوانش، برای شناسایی تنوع تعداد کپیها استفاده شد. تنوع تعداد کپی شناساییشده برای نمونه‌های موردمطالعه برابر با 831 برای شتر یزدی و 312 برای شتر طرودی بود. نزدیک به 60 درصد (606 ژن برای شتر یزدی و 288 ژن برای شتر طرودی) از تنوعات شناساییشده، با ژنها دارای تداخل بودند و ما بقی در نواحی خارج ژنی قرار داشتند. نتایج بهدستآمده نشان داد که ژن‌های مهمی از جمله ژن‌های دخیل در عملکرد سیستم ایمنی و مرگ سلولی برنامهریزیشده دارای تنوع تعداد کپی هستند. همچنین دو ژن مهم OOEP و WWC3 که در عملکرد تولیدمثلی پستانداران نقش دارند، در نمونه‌های مورد مطالعه دارای تنوع تعداد کپی بودند.
آزاده بوستان؛ الهام رضوان نژاد؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ نعمت هدایت ایوریق؛ رضا سید شریفی
چکیده
یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت ...
بیشتر
یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف‌ترین حیوانات انتخاب شده بودند (راهبرد3) مقایسه شد. برای برآورد اثرات نشانگرها از مدل بهترین پیش‌بینی نااریب خطی استفاده شد. نتایج نشان داد که به کار بردن تنها حیوانات برتر به‌عنوان جمعیت مرجع می‌تواند باعث کاهش درستی ارزیابی ژنگانی شود. اگر نسبت حیوانات در گروه مرجع کم باشد (به‌طور مثال 10درصد)، تفاوت بین راهبرد1 و دیگر راهبرد‌ها بیشتر از شرایطی است که این نسبت زیاد باشد (به‌طور مثال 50درصد). به‌عنوان‌مثال در شرایطی که 10درصد حیوانات نسل چهارم (نسل پیش از گروه تأیید) به‌عنوان جمعیت مرجع استفاده شدند، درستی ارزش‌های اصلاحی برآوردی راهبرد3، 34/0 بیشتر از راهبرد1 بود ولی تفاوت این دو راهبرد هنگامی‌که 50درصد حیوانات در جمعیت مرجع بودند، تنها 04/0 بود. نتایج نشان داد افزون بر حیوانات برتر که ارزش اصلاحی برآوردی سنتی با درستی بالا دارند، تعیین ژنوتیپ شماری از حیواناتی که از نظر ژنتیکی برتر نیستند و قرار گرفتن آنها در جمعیت مرجع، می‌تواند باعث افزایش درستی ارزیابی ژنگانی شود.
نعمت هدایت ایوریق؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ صابر محمد مقصودی
چکیده
شتر گونه‌ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت‌ترین شرایط آب‌وهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید می‌کند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاه‌های مهمی که اثر آن در سایر گونه‌ها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ ...
بیشتر
شتر گونه‌ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت‌ترین شرایط آب‌وهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید می‌کند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاه‌های مهمی که اثر آن در سایر گونه‌ها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ هورمون رشد است که در تحقیق حاضر بررسی شده است. در پژوهش حاضر از 25 نمونه شتر دوکوهانه (ایستگاه جهادآباد) و 50 نمونه شتر تککوهانۀ مناطق مختلف، به ترتیب 15، 20، 15 نمونه از ایستگاه یزد، ایستگاه طرود و شترهای تککوهانۀ سمنان جهت تکثیر ژن هورمون رشد با استفاده از پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. با مطالعۀ توالی‌یابی نمونههایی از هر گروه ژنتیکی پس از هم‌ردیفی آنها در 7 جایگاه از این ژن جهش مشاهده گردید که 2 جهش به تغییر اسیدآمینه در ساختار پروتئین هورمون رشد منجر میشدند. آنالیز فاصلۀ ژنتیکی این جایگاه نشان داد که فاصلۀ ژنتیکی بین شتر تک‌کوهانه و دوکوهانه بیشترین بود. در جمعیتهای تک‌کوهانه نیز دو جمعیت یزد و سمنان دارای بیشترین فاصله بودند و جمعیت طرود فاصلۀ کمتری با هر دو جمعیت یادشده داشت.
