الگوی هموزیگوسیتی، هتروزیگوسیتی و همخونی ژنومی در جمعیت گوسفندان حساس و مقاوم به گندیدگی سم

مقالات آماده انتشار

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

گروه علوم دامی، دانشکده علوم دام و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران

چکیده

در مطالعه حاضر، ضریب همخونی ژنومی بر اساس الگوی هموزیگوسیتی در مناطق ژنومی گوسفندان حساس و مقاوم به گندیدگی سم برآورد شد. برای این منظور، از گوسفندان آلپاین سوئیس ) 154 رأس حیوان سالم در مقابل 76 رأس حیوان بیمار شدید) که با تراشه SNP 600K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. ضریب همخونی ژنومی از 03/0 تا 13/0، با میانگین 09/0 برای کل ژنوم متغیر بود. بیشترین درصد ضریب همخونی ژنومی مربوط به کروموزوم 2 (5/85 درصد در 65 شمارش) و 1 (3/84 درصد در 129 شمارش) و کمترین درصد آن مربوط به کروموزوم 8 (65/0 درصد در 1 شمارش) بود. در جمعیت سالم 68959 الگوی هموزیگوسیتی و 731026 الگوی هتروزیگوسیتی و در جمعیت بیمار 34569 الگوی هموزیگوسیتی و 364125 الگوی هتروزیگوسیتی شناسایی شد. با استفاده از الگوی هموزیگوسیتی، بالاترین درصد مشاهدات جمعیت سالم (79/98 درصد) مربوط به دسته 0-6 مگا جفت‌باز و کمترین درصد مشاهدات (01/0 درصد) مربوط به دسته بیش از 48 مگا جفت‌باز بود. همچنین بالاترین درصد مشاهدات جمعیت بیمار مربوط به دسته 0-6 مگا جفت‌باز بود (81/98 درصد) و کمترین درصد مشاهدات مربوط به دسته 24-48 مگا جفت‌باز (01/0 درصد) بود. برای هتروزیگوسیتی، بالاترین درصد مشاهدات جمعیت سالم مربوط به دسته0-6 مگا جفت‌باز (99/99 درصد) و کمترین درصد مشاهدات مربوط به دسته 6-12 مگا جفت‌باز بود؛ در جمعیت بیمار، کمترین درصد مشاهدات در دسته 6-12 مگا جفت‌باز و 24-48 مگا جفت‌باز بود. در مجموع، جمعیت سالم، همخونی قدیمی‌تر، تعداد الگوی هموزیگوسیتی و هتروزیگوسیتی و همچنین میانگین طول الگوی هتروزیگوسیتی بیشتری نسبت به جمعیت بیمار داشت.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

The pattern of runs of homozygosity, heterozygosity and genomic inbreeding in the population of sensitive and resistant sheep to footrot

نویسندگان [English]

  • Fatemeh Ebrahimi
  • Mohsen Gholizadeh
  • Ayoub Farhadi
Department of Animal Science, Faculty of Animal Science and Fisheries, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Sari-Iran
چکیده [English]

In this study, the genomic inbreeding coefficient based on runs of homozygosity (FROH) in the genomic regions of sheep sensitive and resistant to footrot was estimated. Swiss Alpine sheep data genotyped with Ovine SNP 600K BeadChip in a case-control study (154 healthy controls versus 76 severe cases) were used. FROH estimates ranged from 0.03 to 0.13, with a mean of 0.09. The highest FROH percentage was related to chromosome 2 (85.5%) and 1 (84.3%). The lowest FROH percentage was related to chromosome 8 (0.65%). 68959 runs of homozygosity (ROH) and 731026 runs of heterozygosity (ROHet) were detected in the healthy population and, 34569 ROH and 364125 ROHet in the case population. Using ROH, the highest percentage of observations of the healthy population was related to the 0-6 Mbp class (98.79%), and the lowest percentage of observations related to the class more than 48 Mbp (0.01%). The highest percentage of observations of the case population was related to Mbp 0-6 class (98.81%), and the lowest percentage of observations was related to 24-48 Mbp class. For ROHet, the highest percentage of observations of the healthy population was related to 0-6 Mbp class (99.99%), and the lowest percentage of observations was related to 6-12 Mbp class; for the case population, the lowest percentage was related to 6-12 Mbp and Mbp 24-48 classes. Totally, the healthy population had more number of homozygosity and heterozygosity pattern as well as the average length of heterozygosity pattern and a more ancient inbreeding than the case population.

کلیدواژه‌ها [English]

  • runs of homozygosity
  • runs of heterozygosity
  • genomic inbreeding coefficient
  • Alpine sheep
علوم دامی ایران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده
انتشار آنلاین از تاریخ 20 تیر 1403

فایل ها

سابقه مقاله

  • تاریخ دریافت: 05 اسفند 1402
  • تاریخ بازنگری: 24 خرداد 1403
  • تاریخ پذیرش: 26 خرداد 1403

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار