مهدی فرضی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد باقر زندی باغچه مریم
چکیده
به منظور شناسایی نشانههای انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 رأس گاو بومی (شامل 63 رأس سرابی، 44 رأس نجدی و 46 رأس تالشی) و 60 رأس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونهها از تراشههای Illumina Bead Chip 40K (برای نژادهای بومی) وIllumina Bead Chip 770K ...
بیشتر
به منظور شناسایی نشانههای انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 رأس گاو بومی (شامل 63 رأس سرابی، 44 رأس نجدی و 46 رأس تالشی) و 60 رأس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونهها از تراشههای Illumina Bead Chip 40K (برای نژادهای بومی) وIllumina Bead Chip 770K (برای نژاد هلشتاین و برهمن) استفاده شده بود. اطلاعات ژنومی نژادهای خارجی از پایگاه داده WIDDE استخراج گردید. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت دادهها، برای شناسایی نشانههای انتخاب از روش آماری hapFLK با نرمافزار hapFLK v1.4 استفاده شد و با در نظر گرفتن 1/0درصد بالای ارزش hapFLK، نشانههای انتخاب روی کرموزوم 25 با استفاده از ابزار Ensmble Biomart شناسایی شدند که شامل 57 ژن بودند. سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER عملکرد بیولوژیکی کلی ژنها بررسی شده و QTLهای موجود در ناحیه مورد انتخاب با استفاده از پایگاه داده Animalgenome استخراج شدند و ژنها با تحقیقات دیگر نیز مقایسه شدند. نتایج حاصل نشان داد این ژنها با مسیرهای بیولوژیکی مختلف مانند فعالیت وابسته به ATP، اتصال، فعالیت کاتالیزوری، فعالیت آداپتور مولکولی، تنظیمکننده عملکرد مولکولی، فعالیت مبدل مولکولی، فعالیت تنظیمکننده رونویسی و فعالیت انتقالی در ارتباط بودند. QTLهای گزارش شده در این نواحی نیز با صفات قد و ارتفاع جدوگاه، میزان شیر و محتویات شیر، میزان آهن عضلانی، صفات مربوط به وزن بدن و آسانزایی ارتباط داشتند.
رستم پهلوان؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ رستم عبداللهی آرپناهی
چکیده
در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورمپستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طولعمر تولیدی و افزایش هزینهها، سبب تحمیل زیانهای اقتصادی جدی به این صنعت شدهاست. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلولهای بدنی بهعنوان یکی از شاخصهای ارزیابی ...
بیشتر
در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورمپستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طولعمر تولیدی و افزایش هزینهها، سبب تحمیل زیانهای اقتصادی جدی به این صنعت شدهاست. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلولهای بدنی بهعنوان یکی از شاخصهای ارزیابی کیفیت شیر و معیاری غیرمستقیم از بیماری ورمپستان، انجام شدهاست. برای بررسی ارتباط و شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پیوستگی سراسری ژنوم یکمرحلهای با دادههای ژنومی 1938 راس گاو نر استفاده شد. نتایج براساس واریانس ژنتیکی افزایشی پنجرههای 5/1 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شده است. پنجرههایی که بیش از 1% واریانس را کنترل میکنند بهعنوان نواحی ژنومی اصلی و جهت یافتن ژنهای کاندیدا استفاده شدند. تعداد 11 پنجره ژنومی اصلی روی 9 کروموزوم اتوزوم، حاوی 94 ژن کاندیدا حدود 20% واریانس ژنتیکی معیار سلولهای بدنی را توصیف میکردند. بیشترین واریانس مربوط به پنجرهای روی کروموزوم 14 (85/3%) بود. تعداد 6 پنجره اصلی روی 6 کروموزوم شامل 89 ژن کاندیدا، مرتبط با تولیدشیر بودند. این پنجرهها 8/8% واریانس و مهمترین پنجره روی کروموزوم 10، حدود 08/2% واریانس را کنترل مینمودند. درخصوص مقدار چربی و پروتئین شیر، بهترتیب تعداد 9 منطقه روی 7 کروموزوم، حدود 6/15% و 9 پنجره روی 8 کروموزوم، حدود 6/10% از واریانس را توصیف میکردند. نتایج نشان داد که 4 ناحیه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. یافتههای این تحقیق میتواند بهعنوان منبع اطلاعاتی مهمی در ارزیابیهای ژنومی صفات تولید شیر و تعداد سلولهای بدنی باشد.
میلاد رضایی سینکی؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ محمد مرادی شهربابک
چکیده
تنش گرمایی در طیور تأثیر بهسزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیمکنندگی آنها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری میباشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجههای گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و ...
بیشتر
تنش گرمایی در طیور تأثیر بهسزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیمکنندگی آنها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری میباشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجههای گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و بدون تنش گرمایی (شاهد)، بررسی شد. در تجزیه، دادههای ریزآرایه تعداد 1000 ژن استخراج و پس از حذف ژنهای تکراری و خارج از سطح معنیداری در بیان (01/0P<)، تعداد 709 ژن شناسایی شد. با بهرهگیری از سایت String و آنالیز ژنها در نرمافزار Cytoscape، تعداد 115 ژن در چهار ماژول عملکردی شناسایی شد که در مسیرهای زیستی اسپلایسوزوم، یوبیکویتین واسطهگر پروتئولیز، بیوژنز ریبوزوم، پردازش پروتئین در شبکه آندوپلاسمی، اتوفاژی-حیوانی و مسیرهای سیگنالینگ سیستم ایمنی ذاتی، MAPK Pathway و پیری سلولی دخیل بودند. نتایج این پژوهش نشان میدهد که تنش گرمایی در طیور نقش مهمی در عملکرد رشد، سیستم ایمنی و سایر مکانیسمهای بیولوژیکی دارد. شناسایی ژنهای مؤثر در تنش گرمایی همچون PTEN و HSPها در پرندگان و بررسی دادههای ریزآرایه، میتواند افق جدیدی را در درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی پیش روی ما قرار دهد.
مونا خلقی؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مهدی رنجبر؛ محسن لطفی
چکیده
این پژوهش بهمنظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورتگرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استانهای کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین بهصورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا ...
بیشتر
این پژوهش بهمنظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورتگرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استانهای کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین بهصورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا تیتر آنتیبادی و آنتیژن اندازهگیری شد. همچنین بهمنظور اطمینان از حضور و تعیین تیپ ویروسها، تمامی نمونههای مثبت از طریق تکنیک مولکولی RT-PCR مورد سنجش قرار گرفتند. سپس دستورالعملهای کنترل BVD این واحدهای صنعتی بزرگ بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد میزان الایزا Ab-/Ag-،Ab+/Ag-،Ab-/Ag+ و Ab+/Ag+ بهترتیب 2/10، 8/78، 2/7 و 8/3 درصد بوده است. شیوع آلودگی آنتیبادی و آنتیژن در مجموع سه گاوداری بهترتیب حدود 80 و 11 درصد گزارش شد که از این میان حدود 8/2 درصد حیوانات، عفونی مولد(PI) بودند و تفاوت معنیداری بین سه گاوداری مشاهده نشد. همچنین نتایج RT-PCR نشان داد همه نمونههای مثبت از نوع تیپ 1 ویروس بوده و تیپ 2 در این پژوهش گزارش نشد. نتایج این تحقیق با توجه به شیوع بالای بیماری نشان میدهد، پروتکلهای بهکاررفته جهت کنترل این بیماری از کارایی مناسب برخوردار نبودهاند. بنابراین بهنظر میرسد مهمترین اقدام جهت مبارزه جدی با این بیماری علاوه بر اعمال اصول امنیت زیستی، استفاده از سیاستهای منسجم کلان مدیریتی در سطح ملی خواهد بود.
مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا
چکیده
به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیتهای گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونهگیری بهعمل آمد. نمونهها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل ...
بیشتر
به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیتهای گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونهگیری بهعمل آمد. نمونهها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل حاضر با استفاده از نرمافزار (V2)NeEstimator و بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی، محاسبه گردید. نتایج بهدست آمده برای نسل حاضر نشان میدهد که اندازه مؤثر جمعیتهای آذری و خوزستانی نسبتاً بالا است و این جمعیتها از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار ندارند. ولی شیب بالای کاهش اندازه جمعیت برای این جمعیتها نگرانکننده است و بایستی جهت حفظ اندازه مؤثر جمعیت مطلوب و تنوع قابل قبول برای این جمعیتها برنامهریزی صورت گیرد. همچنین نتایج بهدستآمده برای جمعیت مازندرانی نشان میدهد این جمعیت از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار دارد. بنابراین بایستی اندازه مؤثر جمعیت به دقت کنترل گردد و نیز با اقتصادیکردن تولید و طراحی تلاقیهای مناسب از افزایش همخونی و انقراض ژنتیکی این جمعیت جلوگیری کرده و جمعیت را حفاظت ژنتیکی کرد.
حجت اله موسی پور؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک؛ مهدی ساعتچی
چکیده
افزایش هوموزیگوسیتی حاصل از آمیزش حیوانات خویشاوند، بهعنوان یکی از چالشهای فرا روی صنعت پرورش گاو شیری میباشد که توجه زیادی را به خود جلب کرده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی هوموزیگوسیتی بر مبنای جایگاههای SNP و ROH در دامهای پر تولید و کم تولید هلشتاین انجام شده است. در این مطالعه، برای تعیین حیوانات کاندیدا برای ...
بیشتر
افزایش هوموزیگوسیتی حاصل از آمیزش حیوانات خویشاوند، بهعنوان یکی از چالشهای فرا روی صنعت پرورش گاو شیری میباشد که توجه زیادی را به خود جلب کرده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی هوموزیگوسیتی بر مبنای جایگاههای SNP و ROH در دامهای پر تولید و کم تولید هلشتاین انجام شده است. در این مطالعه، برای تعیین حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ از دو رویکرد تابعیت تصادفی و شاخص شجرهای استفاده شد. برای این منظور، نمونهگیری از 150 رأس گاو شیری (75 دام با ارزش اصلاحی بالا و 75 دام با ارزش اصلاحی پایین برای صفت تولید شیر) انجام شد. یک روش بهینه به منظور انتخاب حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ، از طریق تلفیق برآوردهای حاصل از تابعیت تصادفی و شاخص شجرهای ارائه گردید. ارزشهای اصلاحی ژنومی برای دو گروه نشان داد که تاکید بر افزایش سطح تولید در دامهای پر تولید، اثر منفی بر روی صفات مرتبط با باروری (55/0- = DPR) و طولعمر تولیدی (1/0=PL) داشته است. همچنین، میزان هوموزیگوسیتی بر مبنای ROH دامنهای از تغییرات را برای کروموزومهای مختلف در دامهای با سطح تولید بالا و پایین نشان داد که ممکن است با تفاوت در سطح تولید این دو گروه و پراکنش غیر یکنواخت ژنهای مؤثر بر میزان تولید بر روی کروموزومهای مختلف در ارتباط باشد.
مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا
چکیده
بهمنظور یافتن نشانههای انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانهای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونهها بهوسیله آرایههای ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر ...
بیشتر
بهمنظور یافتن نشانههای انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانهای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونهها بهوسیله آرایههای ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بودند، بهعنوان نشانههای انتخاب شناسایی شدند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطقژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 105 ژن و 28 QTL شناسایی شد. از مجموع 105 ژن شناسایی شده در مناطق ژنومی تحت انتخاب، 27 ژن مربوط به گیرندههای بویایی بودند. همچنین یکسری از ژنهای شناسایی شده در رشد و توسعه بافتهای بدنی، مرگومیر سلولی، سیستم ایمنی بدن و توسعه بافتهای پستانی نقش دارند. بررسیها همچنین نشان داد که QTLهای شناسایی شده در این مطالعه عمدتاً با صفات مربوط به رشد از قبیل وزن بدن در تولد، شیرگیری و بلوغ، چربی زیرپوستی، تولید گوشت لخم و وزن لاشه ارتباط دارد. QTLهای مرتبط با تولید شیر، فقط با کیفیت شیر و تعداد سلولهای شیر ارتباط دارند. در هر صورت، توصیه میشود جهت شناسایی نقش دقیق این ژنها و QTLها بایستی مطالعات ارتباطی انجام گیرد.
علی جلیل سرقلعه؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مهدی ساعتچی
چکیده
در سیستم تولیدی نشخوارکنندگان، هر حیوان روزانه 500-250 لیتر متان تولید میکند بهطوریکه تخمین زده شده است میزان مشارکت نشخوراکنندگان در گرمای جهان معادل با 10-8 درصد در طول 100-50 سال آینده میباشد. هدف از این تحقیق بررسی مقدار همبستگی میزان متان (پیشبینیشده از طریق اسیدهای چرب فرار) با صفات تولید شیر، اجزای متشکل آن و ارزشهای ...
بیشتر
در سیستم تولیدی نشخوارکنندگان، هر حیوان روزانه 500-250 لیتر متان تولید میکند بهطوریکه تخمین زده شده است میزان مشارکت نشخوراکنندگان در گرمای جهان معادل با 10-8 درصد در طول 100-50 سال آینده میباشد. هدف از این تحقیق بررسی مقدار همبستگی میزان متان (پیشبینیشده از طریق اسیدهای چرب فرار) با صفات تولید شیر، اجزای متشکل آن و ارزشهای اصلاحی این صفات در گاوهای هلشتاین ایران میباشد. در این راستا مایع شکمبه از دو زیر جمعیت 75 راسی به روش لوله مری جمعآوری گردید (زیر جمعیتها از نظر ارزش اصلاحی تولید شیر با یکدیگر متفاوت بودند). آنالیز دادهها در محیط R.3.3.0 انجام شد. نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد که مقدار متان پیشبینیشده بهازای یک واحد شیر و چربی در دو زیر جمعیت تفاوت بسیار معنیداری با یکدیگر دارند (0001/0P <). همچنین در این پژوهش مشخص گردید که ارزش اصلاحی صفات مرتبط با تولید و ترکیب شیر با میزان متان تولید شده بهازای یک واحد محصول دارای همبستگی منفی ضعیف تا متوسط میباشند (05/0P <). بیشترین مقدار همبستگی میان تولید روزانه چربی با میزان متان تولیدی بهازای یک کیلوگرم چربی (79/0-) و تولید روزانه شیر با میزان متان تولیدی بهازای یک گیلوگرم شیر (62/0-) بود. این نتایج نشان میدهد که احتمالا میزان متان تولیدی را میتوان بهطور غیر مستقیم و از طریق صفات که دارای همبستگی بالا با این انتشار متان هستند (مانند تولید روزانه چربی یا شیر) در هر نسل کاهش داد.
محمد حسین فلاحی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی
چکیده
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تکجوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوانهای مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، ...
بیشتر
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تکجوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوانهای مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادههای نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141 SNP برای تجزیهوتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تکجورها و اندازۀ مؤثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصلۀ بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصلۀ 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 بهدست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصلۀ میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونههای تجزیهشده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوکهای تکجوری خوشهبندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش میدهند.اندازۀ مؤثر جمعیت با استفاده از آمارۀ (r2) محاسبه شد. اندازۀ مؤثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.
مرتضی ستائی مختاری؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ گیلرمه جی ام روزا
چکیده
در این پژوهش با استفاده از دادههای گردآوریشدۀ مربوط به صفات گوسالهزایی شامل سختزایی، وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی در نخستین زایش 29950 رأس گاو هلشتاین ایران که در سالهای 1383 تا 1393 در 131 گلۀ تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی کشور گردآوریشده بودند، ساختار علّی بین صفات گوسالهزایی با استفاده از الگوریتم جستجوی ...
بیشتر
در این پژوهش با استفاده از دادههای گردآوریشدۀ مربوط به صفات گوسالهزایی شامل سختزایی، وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی در نخستین زایش 29950 رأس گاو هلشتاین ایران که در سالهای 1383 تا 1393 در 131 گلۀ تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی کشور گردآوریشده بودند، ساختار علّی بین صفات گوسالهزایی با استفاده از الگوریتم جستجوی IC بررسی شد. در ساختار علّی شناساییشده ضریبهای ساختاری مربوط به تأثیر علّی صفات وزن تولّد گوساله (002/0±060/0) و طول دورۀ آبستنی (002/0±007/0) بر صفت سختزایی معنیدار بودند. تأثیر طول دورۀ آبستنی بر وزن تولّد گوساله (005/0±219/0) معنیدار بود. با در نظر گرفتن این ساختار علّی یک مدل سه صفتی یکسویه مبتنی بر مدلهای معادلههای ساختاری تدوین و با استفاده از معیار انحراف اطلاعات (DIC) و قابلیت پیشبینی (ارزیابیشده با معیارهای میانگین مربعات خطا و همبستگی بین مقادیر پیشبینیشده و مشاهدهشده) با مدل سه صفتی استاندارد متناظر مقایسه شد. نتایج نشان دادند، صفت سختزایی تحت تأثیر علّی وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی گاو قرار دارد و مدل سه صفتی یکطرفه نسبت به مدل سه صفتی استاندارد برتری دارد و در نظر گرفتن رابطههای علّی یادشده در ارزیابی ژنتیکی صفات گوسالهزایی اهمیت دارد.
زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهر بابک؛ محمد مرادی شهر بابک
چکیده
اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دامها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آنها بسیار ارزشمند است. دادههای ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیشهای ایران روشهای تجزیهوتحلیل ...
بیشتر
اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دامها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آنها بسیار ارزشمند است. دادههای ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیشهای ایران روشهای تجزیهوتحلیل مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیهوتحلیل جداسازی مؤلفههای اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خونگیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشههای اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج بهدستآمده از تجزیة مؤلفههای اصلی و تجزیة جداسازی مؤلفههای اصلی، جداسازی سه نژاد را بهخوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیتهای مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینة خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگهداشتن شمار مؤلفة اصلی بهینه برای تجزیهوتحلیل تشخیصی، 50 مؤلفة اول MSE کمتری نسبت به مؤلفههای دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال عضویت افراد جمعیتها را با درستی 100 درصد پیشبینی کرد ولی روش PCA قادر به ارزیابی گروهها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیتها DAPC مناسبتر از PCA عمل میکند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروهها و کاهش واریانس درون گروهها و همچنین ارائة تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و میتواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایهبندی جمعیتی در بررسیهای ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.
سمیه بارانی؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد حسین مرادی؛ محسن قلی زاده؛ مجید خان سفید
چکیده
شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیتهای مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسیهای انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم میکند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری ...
بیشتر
شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیتهای مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسیهای انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم میکند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خونگیری به عمل آمد و با استفاده از آرایههای Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازهگیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصلههای کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل بهترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزومهای اتوزوم هر نژاد، کروموزومهای 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایینتری در بررسیهای ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عاملهای مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسیهای انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایههایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.
هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت الله رحیمی میانجی
چکیده
هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با ...
بیشتر
هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله و 86 گوسالۀ هلشتاین بودند. همۀ حیوانات در هنگام آزمایش همسن و همۀ تلیسهها غیر آبستن بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3 روش توالییابی مستقیم استفاده شد. با استفاده از رویۀ REML و مدلهای خطی مختلط همراهی همردیفهای ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی ارزیابی شد. افزون بر تأثیر ژن BoLA-DRB3، عاملهای ثابت گروه ژنتیکی و جنس و عامل تصادفی پدر نیز در مدل گنجانده شد. در این پژوهش، 27 همردیف برای ژن BoLA-DRB3 دیده شد. نتایج نشان داد همردیفهای DRB3*0101 و DRB3*0902 با شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس همراهی دارند (05/0P<). یافتههای این پژوهش میتواند برای شناخت سازوکار زیستشناختی (بیولوژیکی) پاسخ ایمنی میزبان علیه استافیلوکوکوس آرئوس سودمند باشد.
زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ عباس رأفت؛ جلیل شجاع
چکیده
هدف این تحقیق گروهبندی گاومیشهای استانهای آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بومجور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بومجور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بومجور شمالی و آذری نمونهگیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا ...
بیشتر
هدف این تحقیق گروهبندی گاومیشهای استانهای آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بومجور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بومجور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بومجور شمالی و آذری نمونهگیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا تعیین ژنوتیپ شد. برای پیشبینی عملکرد روش ماشین بردار پشتیبان برای گروهبندی افراد، دو روش متریک اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصۀ عملکرد سامانۀ (AUC) اعمال شد. نتایج آزمون اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی برای گروهبندی افراد چهار منطقه به ترتیب 92 و 96 درصد بود که گویای این است که باوجود نزدیک بودن افراد گلههای مختلف و سخت بودن جداسازی این افراد، روش ماشین بردار پشتیبان با درستی بالایی، توانایی اختصاص دادن افراد به گلههای مربوط به خود را دارد. نتایج آزمونهای اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصه عملکرد سامانه برای دو بومجور به ترتیب برابر 96 و 98 درصد بود که نشاندهندۀ قابلیت جداسازی بهتر دو بومجور است. روش یادگیری ماشین با توجه به این موارد و با پیشبینیهایی که برای گروهبندی هر فرد انجام میدهد میتواند در کنترل کیفیت و کاربردهای ژنتیکی کارآمد باشد.
هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه
چکیده
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. بهمنظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی بهعنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...
بیشتر
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. بهمنظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی بهعنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم f2)) ایجاد شد. رکوردهای مربوط به وزن بدن در سنین مختلف در نسل دوّم ثبت و ارتباط بین چندشکلی بخشی از جایگاه راهانداز (پروموتور) ژن IGF1 و این رکوردها بررسی شد. با استفاده از روش PCR-SSCP یک چندشکلی تک نوکلئوتیدیG 15 → '> a در ناحیة موردنظر ژن IGF1 در 472 قطعه بلدرچین در سه نسل تشخیص داده شد. فراوانی ژنوتیپهای AA، AG و GG به ترتیب 05/0، 62/0 و 33/0 و فراوانی همردیف (آلل)های ژنی A و G به ترتیب 36/0 و 64/0 محاسبه شد. وزن بدن در سن 1 تا 5 هفتگی و زمان کشتار و همچنین میانگین افزایش وزن روزانه از هفتۀ اول تا چهارم پرورش در ژنوتیپ AA، کمتر از ژنوتیپ AG و GG بود و این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. میانگین افزایش وزن روزانة مادهها در ژنوتیپ AG بیشتر از نرها بود (001/0P<). نتایج ارائهشده در این نوشتار در مقایسه با گزارشهای دیگر در مرغ، نشاندهندۀ یک چندشکلی جدید در ناحیۀ راهانداز ژن IGF1 در بلدرچین بود، اما ارتباط آن با صفات مرتبط با وزن بدن و نرخ رشد ازلحاظ آماری معنیدار نبود.
رضا فرجی؛ مصطفی صادقی؛ محمد مرادی شهربابک
چکیده
این پژوهش با هدف مطالعۀ چندشکلی ژن ACACA و ارتباط آن با صفات شیر در بزهای نژاد مهابادی انجام گرفت. به این منظور برای 150 رأس بز شیری نژاد مهابادی، خونگیری و استخراج DNA از خون به روش نمکی بهینهیافته صورت گرفت. قطعۀ اینترون 44 ژن ACACA، به کمک واکنشهای زنجیرهای پلیمراز تکثیر شد. برای بررسی چندشکلی قطعات تکثیرشده، از روش چندشکلی فضایی تکرشتهای ...
بیشتر
این پژوهش با هدف مطالعۀ چندشکلی ژن ACACA و ارتباط آن با صفات شیر در بزهای نژاد مهابادی انجام گرفت. به این منظور برای 150 رأس بز شیری نژاد مهابادی، خونگیری و استخراج DNA از خون به روش نمکی بهینهیافته صورت گرفت. قطعۀ اینترون 44 ژن ACACA، به کمک واکنشهای زنجیرهای پلیمراز تکثیر شد. برای بررسی چندشکلی قطعات تکثیرشده، از روش چندشکلی فضایی تکرشتهای DNA (SSCP) استفاده شد. در نهایت هفت الگوی متفاوت به دست آمد که با همردیفی و مقایسۀ توالیها با یکدیگر و با توالی ژن ACACA بز با شمارۀ دسترسی NC_022311، در مجموع هفت جهش در جمعیت بز مهابادی در موقعیتهای 154503(تغییر باز T به G)، 154518(تغییر باز G به A)، 154577(تغییر باز G به A)، 154640(تغییر باز T به C)، 154712(تغییر باز C به A)، 154928(تغییر باز T به C)، 154956(تغییر باز C به T) مشاهده شد. ارتباط هر SNP با صفات تولید شیر (مقدار تولید، درصد چربی و پروتئین و تعداد سلولهای بدنی) با نرمافزار SAS 9.1 بررسی شد و نتایج حاکی از اثر معنادار SNP دوم (05/0P=)، سوم (05/0P=) و پنجم (01/0>P) بر تولید شیر و SNP اول (017/0P=)، ششم (017/0P=) و هفتم (01/0>P) بر درصد چربی شیر بود.
نعمت هدایت ایوریق؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ صابر محمد مقصودی
چکیده
شتر گونهای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سختترین شرایط آبوهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید میکند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاههای مهمی که اثر آن در سایر گونهها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ ...
بیشتر
شتر گونهای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سختترین شرایط آبوهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید میکند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاههای مهمی که اثر آن در سایر گونهها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ هورمون رشد است که در تحقیق حاضر بررسی شده است. در پژوهش حاضر از 25 نمونه شتر دوکوهانه (ایستگاه جهادآباد) و 50 نمونه شتر تککوهانۀ مناطق مختلف، به ترتیب 15، 20، 15 نمونه از ایستگاه یزد، ایستگاه طرود و شترهای تککوهانۀ سمنان جهت تکثیر ژن هورمون رشد با استفاده از پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. با مطالعۀ توالییابی نمونههایی از هر گروه ژنتیکی پس از همردیفی آنها در 7 جایگاه از این ژن جهش مشاهده گردید که 2 جهش به تغییر اسیدآمینه در ساختار پروتئین هورمون رشد منجر میشدند. آنالیز فاصلۀ ژنتیکی این جایگاه نشان داد که فاصلۀ ژنتیکی بین شتر تککوهانه و دوکوهانه بیشترین بود. در جمعیتهای تککوهانه نیز دو جمعیت یزد و سمنان دارای بیشترین فاصله بودند و جمعیت طرود فاصلۀ کمتری با هر دو جمعیت یادشده داشت.
عباس رضایی؛ غلامعلی نهضتی پاقلعه؛ محمد مرادی شهربابک؛ مهدی گنج خانلو
چکیده
این پژوهش به منظور ارزیابی تأثیرات تغذیهای مواد خوراکی تخمیرشده به عنوان جانشین گرده، با استفاده ازجیرههای غذایی مختلف و در قالب طرح کاملاً تصادفی در 6 تیمار با 7 تکرار وبه مدت 50 روز در صحرا روی زنبورعسل (Apis mellifera) در منطقۀ کرج انجام گرفت. کلنیها از نظر عسل، جمعیت و ملکۀ خواهری همسن یکسانسازی شدند. تیمارهای آزمایشی عبارتند از: ...
بیشتر
این پژوهش به منظور ارزیابی تأثیرات تغذیهای مواد خوراکی تخمیرشده به عنوان جانشین گرده، با استفاده ازجیرههای غذایی مختلف و در قالب طرح کاملاً تصادفی در 6 تیمار با 7 تکرار وبه مدت 50 روز در صحرا روی زنبورعسل (Apis mellifera) در منطقۀ کرج انجام گرفت. کلنیها از نظر عسل، جمعیت و ملکۀ خواهری همسن یکسانسازی شدند. تیمارهای آزمایشی عبارتند از: 1. گلوتن ذرت تخمیرشده، 2. گلوتن ذرت معمولی، 3. سویای تخمیرشده، 4. سویای معمولی، 5. گردۀ مخلوط، 6. شربتشکر 50درصد قند (بدون پروتئین)؛ البته تیمارهای گرده و شربتشکر بهعنوان شاهد در نظر گرفته شدند. مواد استفادهشده در جیرهها شامل گلوتن ذرت، سویا، روغن سویا، شکر و عسل است. تمام جیرهها در سطح 4000 کیلوکالری انرژی و 20 درصد پروتئین موازنه شدند. نتایج از وجود اختلاف معنادار در مقدار خوراک مصرفی حاکی بود (05/0P<) و به ترتیب تیمارهای گلوتن تخمیرشده، گرده، سویای تخمیرشده، گلوتن ذرت معمولی و سویای معمولی بیشترین تا کمترین مصرف خوراک را بهصورت میانگین در کل آزمایش داشتند. در مقایسۀ میانگین پرورش نوزاد نیز بین تیمارها اختلاف معناداری مشاهده شد (05/0P<). تیمار گلوتن تخمیری و سویای معمولی بهترتیب بیشترین و کمترین پرورش نوزاد را داشتند. در مقایسۀ میانگین پروتئین بدن و رشد جمعیت بین تیمارها هیچ اختلاف معناداری مشاهده نشد (05/0P>). نتایج این پژوهش حاکی است که تخمیرکردن منابع پروتئینی بر افزایش مصرف غذا و پرورش نوزادان تأثیرات مثبت دارد.
مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جان ویلیامز
چکیده
شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بودهاند، از بحثبرانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، بهخصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیشهای خوزستانی و مازندرانی هدف انتخابهای طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانهای شامل جمعیتهای ...
بیشتر
شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بودهاند، از بحثبرانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، بهخصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیشهای خوزستانی و مازندرانی هدف انتخابهای طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانهای شامل جمعیتهای خوزستانی (121 رأس) و مازندرانی (27 رأس)، به وسیلة آرایههای ژنومیکی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانههای انتخاب از برآوردگر نااُریب FST (θ) استفاده شد. در مجموع 23 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بود، بهعنوان نشانههای انتخاب شناسایی شده و مورد بررسیهای بیشتر قرار گرفتند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخابشده با مناطق ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 64 ژن و 27 QTL شناسایی شد. تعدادی از این ژنها در مطالعات قبلی نیز بهعنوان نشانههای انتخاب گزارش شدهاند. برخی از این ژنها احتمالاً در مسیرهای بیولوژیکی که با اهلیشدن حیوانات (توسعة مغز و عملکردهای رفتاری، پیگماسیون و آداپتهشدن به محیط زندگی و شرایط جغرافیایی) و تولید شیر مرتبط میباشند، درگیرند. بررسیها همچنین نشان داد که QTLهای شناساییشده در این تحقیق با صفات مهم اقتصادی از جمله صفات مرتبط با راندمان تبدیل غذایی، وزن بدن، چربی زیرپوستی، افزایش وزن روزانه، تیپ، تردی گوشت، ترکیبات شیر، اتصالات پستانی، اندازة گوساله و گوسالهزایی آسان ارتباط دارند. به هرحال جهت شناسایی نقش دقیق این ژنها و QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام گیرد.
عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل
چکیده
بهمنظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدلهای آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که بهصورت روزانه از 123 بز در طی سالهای 1391-1392 جمعآوری شده ...
بیشتر
بهمنظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدلهای آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که بهصورت روزانه از 123 بز در طی سالهای 1391-1392 جمعآوری شده بودند، استفاده شد. بهمنظور انتخاب بهترین مدل از معیارهای ضریب تبین، آمارۀ دوربینـواتسون، انحراف معیار ماندهها، و معیار اطلاع آکایک استفاده شد. در بین توابع استفادهشده در مطالعۀ حاضر، تفاوتی در برازش منحنی تولید شیر و مقدار ترکیبات آن وجود نداشت. لیکن توابع علی و شفر و نارشین تاکمای 1 در برازش منحنی درصد چربی و SNF و همچنین، توابع چندجملهای معکوس و گمپرتز در برازش منحنی درصد پروتئین و لاکتوز، در مقایسه با توابع دیگر نتیجۀ بهتری داشتند (ضریب تبین بالا و انحراف استاندارد ماندهها پایین). با توجه به نتایج تحقیق حاضر، طی دورۀ شیردهی، وزن بدن بزهای موجود در این تحقیق، روند کاهشی داشت. در بزهای بررسیشده، میانگین تولید روزانه، 1 کیلوگرم در روز، زمان رسیدن به اوج تولید شیر، 22 روز پس از زایش، مقدار تولید در زمان اوج تولید، 22/1 کیلوگرم در روز، کل تولید شیر در یک دورۀ 120روزه، 120 کیلوگرم، و تداوم شیردهی، 59/5 برآورد شد.
محمد صاحب هنر؛ محمد مرادی شهربابک؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ دورین جی. گریک
چکیده
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیهسازیشده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشهای متراکم حاوی 75000 SNP به ...
بیشتر
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیهسازیشده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشهای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشهای با تراکم متوسط حاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیتهای آزمون بر مبنای تراشهای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرد دومرحلهای، ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین بهطور مستقیم از تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سهمرحلهای، ابتدا ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین از تراشۀ تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپ تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشن تحت تأثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشۀ SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.
حامد رضایی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ مهدی بایری یار
چکیده
در این پژوهش از رکوردهای زندهمانی 9700 رأس بره، حاصل از 735 رأس قوچ و 8082 رأس میش گلۀ ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغانی طی سالهای 1365 تا 1390 استفاده گردید. توزیع فراوانی علل حذف و تابع توزیع زندهمانی برهها تا یکسالگی با برنامۀ SAS(2000) برآورد شد. نتایج بیانگر حذف 81/49 درصد از کل برهها تا یکسالگی بنا به دلایلی همچون بیماری، ...
بیشتر
در این پژوهش از رکوردهای زندهمانی 9700 رأس بره، حاصل از 735 رأس قوچ و 8082 رأس میش گلۀ ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغانی طی سالهای 1365 تا 1390 استفاده گردید. توزیع فراوانی علل حذف و تابع توزیع زندهمانی برهها تا یکسالگی با برنامۀ SAS(2000) برآورد شد. نتایج بیانگر حذف 81/49 درصد از کل برهها تا یکسالگی بنا به دلایلی همچون بیماری، عدم خلوص نژادی، و مانند اینها، از گله است. میزان تلفات طی بازۀ زمانی از تولد تا یکسالگی 81/20 درصد برآورد شد که بهترتیب 03/8 درصد در سهماهۀ اول عمربرهها، 5/7 درصد سهماهۀ دوم، 43/4 درصد سهماهۀ سوم، و 85/0 درصد در سهماهۀ چهارم زندگی برهها اتفاق افتاده است. زندهمانی تجمعی برهها بر مبنای این درصد میزان مرگومیر، از تولد تا یکسالگی 19/79 درصد برآورد شد. رگرسیون میزان زندهمانی برهها از تولد تا یکسالگی بیانگر کاهش 77/1 درصد ماهانه از زندهمانی برههای این نژاد است. بیشترین مرگومیر برهها بهترتیب مربوط به ماههای اول، پنجم، دوم، چهارم، ششم، و نهم از عمر برهها بوده است. میزان تلفات در سهماهۀ اول و دوم زندگی برهها در مقایسه با سهماهۀ سوم و چهارم زندگی به دلایل بارندگی و سرمای زیاد مناطق قشلاقی بالاتر است.
راحله صادقی؛ عباس پاکدل؛ محمد مرادی شهر بابک
چکیده
در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهارهفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاینهای انتخابشده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل بهطور متوسط بهترتیب 7 و 3 روز افزایش داده ...
بیشتر
در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهارهفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاینهای انتخابشده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل بهطور متوسط بهترتیب 7 و 3 روز افزایش داده است (05/0P≥). اگرچه تفاوت بین لاینهای انتخابشده برای سن بلوغ جنسی در هر دو جهت معنیدار نبود، در مقایسه با لاین کنترل، تفاوت معنیداری مشاهده شد (05/0P≥). متوسط وزن بلوغ جنسی در لاین HW بیشتر از لاین C و LW بود (05/0P≥). همچنین وزن بلوغ جنسی و متوسط وزن تخم در مراحل گوناگون تولیدی در لاین HW در مقایسه با لاین کنترل بالاتر بود (05/0P≥)، این درحالی است که درصد تخمگذاری در زمان بلوغ جنسی در لاین LW در مقایسه با لاین کنترل بیشتر بود (05/0P≥). تعداد تخم تولیدی نیز در لاین LW از لاین کنترل وHW بالاتر بود، بهنحوی که این اختلاف با لاین HW معنیدار (05/0P≥)، ولی با لاین کنترل این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. بیشترین درصد تخمگذاری در هر سه لاین بین ساعات 3 تا 6 بعدازظهر و اوج تولید تخم نیز در ماه دوم پرورش مشاهده شد. باتوجه به نتایج این تحقیق میتوان گفت انتخاب واگرا برای وزن بدن به تغییرات همبستهای برای صفات تولیدمثلی میانجامد. ازاینرو، توصیه میشود حتماً در برنامههای انتخاب، به صفات تولیدمثلی نیز توجه شود.
هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت اله رحیمی میانجی
چکیده
در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده ...
بیشتر
در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده هلشتاین و 46 گوساله¬ی (R1) حاصل از آمیزش حیوانات ماده هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله بودند. حیوانات در هنگام آزمایش هم¬سن و غیر آبستن (تلیسه¬ها) بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3، روش توالی¬یابی مستقیم استفاده شد، و برای تعیین توالی اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR از اطلاعات توالی اسیدهای آمینه¬ی ملکول¬BoLA-DR، ارایه شده در آخرین کارگاه آموزشی BoLA استفاده شد. از یک مدل خطی مختلط برای ارزیابی اثر اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR بر صفات مورد مطالعه، استفاده شد. نتایج نشان داد اسیدهای آمینه موجود در جایگاه 28ام ملکولBoLA-DR بر شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس تاثیر دارد(P < 0.05).
محسن عالی؛ حسین مرادی شهر بابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ مصطفی صادقی
چکیده
کالپاستاتین به عنوان ژن کاندیدای مؤثر بر بازده رشد و صفات کیفی گوشت مطرح است.در مطالعه حاضر از تعداد 74 رأس گوسفند نژاد لری-بختیاری و 40 رأس آمیخته زل-آتابای به ترتیب از کشتارگاه های صنعتی شهرستان های شهرکرد و گرگان خون گیری و اندازه گیری صفات لاشه به عمل آمد.پس از استخراج DNA، واکنش های زنجیره ای پلیمرازجهت تکثیر قطعه 254 جفت بازی دربرگیرنده ...
بیشتر
کالپاستاتین به عنوان ژن کاندیدای مؤثر بر بازده رشد و صفات کیفی گوشت مطرح است.در مطالعه حاضر از تعداد 74 رأس گوسفند نژاد لری-بختیاری و 40 رأس آمیخته زل-آتابای به ترتیب از کشتارگاه های صنعتی شهرستان های شهرکرد و گرگان خون گیری و اندازه گیری صفات لاشه به عمل آمد.پس از استخراج DNA، واکنش های زنجیره ای پلیمرازجهت تکثیر قطعه 254 جفت بازی دربرگیرنده تمام اگزون 6 ژن کالپاستاتین انجام گرفت. برای تعیین ژنوتیپ محصولات PCR، از روش SSCP و رنگ آمیزی با نیترات نقره استفاده شد که طی آن، 14 الگوی ژنوتیپیِ AA، BB، AB، AC، AD، BE، AF، AG، AH، AI، JJ، AJ، BK و ALبه ترتیب با فراوانی 035/0، 123/0، 105/0، 114/0، 009/0، 053/0، 316/0، 027/0، 017/0، 017/0، 009/0، 105/0، 017/0 و 053/0 در دو نژاد مشاهده شد.ژن کالپاستاتین اثر معنی داری بر صفات وزن زنده قبل از کشتار(001/0P<)، وزن دنبه(001/0P<)،وزن لاشه با دنبه(05/0P<) و درصد وزن دنبه به وزن لاشه(01/0P<) داشت. ژنوتیپ AB ژنوتیپی مطلوب برای مجموع صفـات مورد بررسی، ژنوتیـپ –AJ مطلوب برای صفـات رشـد و ژنـوتیـپ BE اگرچه به لحاظ دنبه ژنوتیپی مطلوب بود (حیوانات با ژنوتیپ BE دارای دنبه کوچک بودند) ولی به همراه ژنوتیپBB، ژنوتیپ هایی نامطلوب برای صفات رشدبودند.