علوم دامی ایران - فهرست مقالات

کاوش ژنومی نشانه‌های انتخاب در نژادهای گاو بومی (سرابی، نجدی و تالشی) و هلشتاین با استفاده از ‏روش ‏hapFLK

مهدی فرضی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد باقر زندی باغچه مریم

دوره 53، شماره 3 ، آذر 1401، ، صفحه 203-209

https://doi.org/10.22059/ijas.2022.341411.653884

چکیده

به منظور شناسایی نشانههای انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 رأس گاو بومی (شامل 63 رأس سرابی، 44 رأس نجدی و 46 رأس تالشی) و 60 رأس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونهها از تراشههای Illumina Bead Chip 40K (برای نژادهای بومی) وIllumina Bead Chip 770K ... بیشتر به منظور شناسایی نشانههای انتخاب بین گاوهای نژادهای بومی با نژاد هلشتاین از اطلاعات ژنومی 153 رأس گاو بومی (شامل 63 رأس سرابی، 44 رأس نجدی و 46 رأس تالشی) و 60 رأس گاو هلشتاین با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهی استفاده شد. جهت تعیین ژنوتیپ نمونهها از تراشههای Illumina Bead Chip 40K (برای نژادهای بومی) وIllumina Bead Chip 770K (برای نژاد هلشتاین و برهمن) استفاده شده بود. اطلاعات ژنومی نژادهای خارجی از پایگاه داده WIDDE استخراج گردید. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت دادهها، برای شناسایی نشانههای انتخاب از روش آماری hapFLK با نرمافزار hapFLK v1.4 استفاده شد و با در نظر گرفتن 1/0درصد بالای ارزش hapFLK، نشانههای انتخاب روی کرموزوم 25 با استفاده از ابزار Ensmble Biomart شناسایی شدند که شامل 57 ژن بودند. سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER عملکرد بیولوژیکی کلی ژنها بررسی شده و QTLهای موجود در ناحیه مورد انتخاب با استفاده از پایگاه داده Animalgenome استخراج شدند و ژنها با تحقیقات دیگر نیز مقایسه شدند. نتایج حاصل نشان داد این ژنها با مسیرهای بیولوژیکی مختلف مانند فعالیت وابسته به ATP، اتصال، فعالیت کاتالیزوری، فعالیت آداپتور مولکولی، تنظیمکننده عملکرد مولکولی، فعالیت مبدل مولکولی، فعالیت تنظیمکننده رونویسی و فعالیت انتقالی در ارتباط بودند. QTLهای گزارش شده در این نواحی نیز با صفات قد و ارتفاع جدوگاه، میزان شیر و محتویات شیر، میزان آهن عضلانی، صفات مربوط به وزن بدن و آسانزایی ارتباط داشتند.

مطالعه پیوستگی سراسری ژنوم با صفات تولید شیر و معیار سلول‌های بدنی گاوهای هلشتاین ایران

رستم پهلوان؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ رستم عبداللهی آرپناهی

دوره 51، شماره 3 ، آذر 1399، ، صفحه 221-229

https://doi.org/10.22059/ijas.2020.308210.653796

چکیده

در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورم‌پستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طول‌عمر تولیدی و افزایش هزینه‌ها، سبب تحمیل زیان‌های اقتصادی جدی به این صنعت شده‌است. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلول‌های بدنی به‌عنوان یکی از شاخص‌های ارزیابی ... بیشتر در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورم‌پستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طول‌عمر تولیدی و افزایش هزینه‌ها، سبب تحمیل زیان‌های اقتصادی جدی به این صنعت شده‌است. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلول‌های بدنی به‌عنوان یکی از شاخص‌های ارزیابی کیفیت شیر و معیاری غیرمستقیم از بیماری ورم‌پستان، انجام شده‌است. برای بررسی ارتباط و شناسایی پنجره‌های ژنومی اصلی، از روش مطالعه پیوستگی سراسری ژنوم یک‌مرحله‌ای با داده‌های ژنومی 1938 راس گاو نر استفاده شد. نتایج براساس واریانس ژنتیکی افزایشی پنجره‌‌های 5/1 مگابازی از SNP‌‌های مجاور ارائه شده است. پنجره‌هایی که بیش از 1% واریانس را کنترل می‌کنند به‌عنوان نواحی ژنومی اصلی و جهت یافتن ژن‌های کاندیدا استفاده شدند. تعداد 11 پنجره ژنومی اصلی روی 9 کروموزوم اتوزوم، حاوی 94 ژن کاندیدا حدود 20% واریانس ژنتیکی معیار سلول‌های بدنی را توصیف می‌کردند. بیشترین واریانس مربوط به پنجره‌ای روی کروموزوم 14 (85/3%) بود. تعداد 6 پنجره اصلی روی 6 کروموزوم شامل 89 ژن کاندیدا، مرتبط با تولیدشیر بودند. این پنجره‌ها 8/8% واریانس و مهم‌ترین پنجره روی کروموزوم 10، حدود 08/2% واریانس را کنترل می‌نمودند. درخصوص مقدار چربی و پروتئین شیر، به‌ترتیب تعداد 9 منطقه روی 7 کروموزوم، حدود 6/15% و 9 پنجره روی 8 کروموزوم، حدود 6/10% از واریانس را توصیف می‌کردند. نتایج نشان داد که 4 ناحیه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. یافته‌های این تحقیق می‌تواند به‌عنوان منبع اطلاعاتی مهمی در ارزیابی‌های ژنومی صفات تولید شیر و تعداد سلول‌های بدنی باشد.

شناسایی ژن‌ها، مسیرهای زیستی و سیگنالینگ مؤثر در تنش گرمایی با استفاده از داده‌های ریزآرایه در ‏طیور

میلاد رضایی سینکی؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ محمد مرادی شهربابک

دوره 51، شماره 3 ، آذر 1399، ، صفحه 243-251

https://doi.org/10.22059/ijas.2020.307066.653793

چکیده

تنش گرمایی در طیور تأثیر به‌سزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیم‌کنندگی آن‌ها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری می‌باشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجه‌های گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و ... بیشتر تنش گرمایی در طیور تأثیر به‌سزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیم‌کنندگی آن‌ها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری می‌باشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجه‌های گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و بدون تنش گرمایی (شاهد)، بررسی شد. در تجزیه، داده‌های ریزآرایه تعداد 1000 ژن استخراج و پس از حذف ژن‌های تکراری و خارج از سطح معنی‌داری در بیان (01/0P<)، تعداد 709 ژن شناسایی شد. با بهره‌گیری از سایت String و آنالیز ژن‌ها در نرم‌افزار Cytoscape، تعداد 115 ژن در چهار ماژول عملکردی شناسایی شد که در مسیرهای زیستی اسپلایسوزوم، یوبیکویتین واسطه‌گر پروتئولیز، بیوژنز ریبوزوم، پردازش پروتئین در شبکه آندوپلاسمی، اتوفاژی-حیوانی و مسیرهای سیگنالینگ سیستم ایمنی ذاتی، MAPK Pathway و پیری سلولی دخیل بودند. نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که تنش گرمایی در طیور نقش مهمی در عملکرد رشد، سیستم ایمنی و سایر مکانیسم‌های بیولوژیکی دارد. شناسایی ژن‌های مؤثر در تنش گرمایی همچون PTEN و HSPها در پرندگان و بررسی داده‌های ریزآرایه، می‌تواند افق جدیدی را در درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی پیش روی ما قرار دهد.

بررسی کارایی استراتژی‌های به‌کاررفته برای کنترل بیماری ‏BVD‏ در نژاد هلشتاین

مونا خلقی؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مهدی رنجبر؛ محسن لطفی

دوره 51، شماره 2 ، مرداد 1399، ، صفحه 163-171

https://doi.org/10.22059/ijas.2020.293619.653757

چکیده

این پژوهش به‌منظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورت‌گرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استان‌های کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین به‌صورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا ... بیشتر این پژوهش به‌منظور بررسی شیوع اسهال ویروسی گاوان (BVD) و نحوه عملکرد اقدامات صورت‌گرفته در جهت کنترل این بیماری طی 50 سال اخیر در برخی از استان‌های کشور جهت مبارزه با این بیماری انجام شد. بدین منظور، از 500 رأس گاو هلشتاین متعلق به سه گاوداری صنعتی بسیار موفق در سه استان تهران، اصفهان و قزوین به‌صورت تصادفی نمونه خون تهیه و با تکنیک الایزا تیتر آنتی‌بادی و آنتی‌ژن اندازهگیری شد. همچنین به‌منظور اطمینان از حضور و تعیین تیپ ویروسها، تمامی نمونههای مثبت از طریق تکنیک مولکولی RT-PCR مورد سنجش قرار گرفتند. سپس دستورالعملهای کنترل BVD این واحدهای صنعتی بزرگ بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد میزان الایزا Ab-/Ag-،Ab+/Ag-،Ab-/Ag+ و Ab+/Ag+ به‌ترتیب 2/10، 8/78، 2/7 و 8/3 درصد بوده است. شیوع آلودگی آنتی‌بادی و آنتی‌ژن در مجموع سه گاوداری به‌ترتیب حدود 80 و 11 درصد گزارش شد که از این میان حدود 8/2 درصد حیوانات، عفونی مولد(PI) بودند و تفاوت معنی‌داری بین سه گاوداری مشاهده نشد. همچنین نتایج RT-PCR نشان داد همه نمونههای مثبت از نوع تیپ 1 ویروس بوده و تیپ 2 در این پژوهش گزارش نشد. نتایج این تحقیق با توجه به شیوع بالای بیماری نشان میدهد، پروتکلهای به‌کاررفته جهت کنترل این بیماری از کارایی مناسب برخوردار نبودهاند. بنابراین به‌نظر میرسد مهمترین اقدام جهت مبارزه جدی با این بیماری علاوه بر اعمال اصول امنیت زیستی، استفاده از سیاستهای منسجم کلان مدیریتی در سطح ملی خواهد بود.

برآورد اندازه مؤثر جمعیت گاومیش‌های آبی ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا

دوره 50، شماره 3 ، آذر 1398، ، صفحه 197-205

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.228198.653513

چکیده

به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیتهای گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونهگیری به‌عمل آمد. نمونهها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل ... بیشتر

مقایسه میزان هوموزیگوسیتی در جایگاه‌های SNP و ROH در گاوهای شیری پر ‌تولید و کم‌ تولید هلشتاین

حجت اله موسی پور؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک؛ مهدی ساعتچی

دوره 50، شماره 3 ، آذر 1398، ، صفحه 249-258

https://doi.org/10.22059/ijas.2018.246333.653587

چکیده

افزایش هوموزیگوسیتی حاصل از آمیزش حیوانات خویشاوند، بهعنوان یکی از چالشهای فرا روی صنعت پرورش گاو شیری میباشد که توجه زیادی را به خود جلب کرده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی هوموزیگوسیتی بر مبنای جایگاههای SNP و ROH در دامهای پر تولید و کم تولید هلشتاین انجام شده است. در این مطالعه، برای تعیین حیوانات کاندیدا برای ... بیشتر افزایش هوموزیگوسیتی حاصل از آمیزش حیوانات خویشاوند، بهعنوان یکی از چالشهای فرا روی صنعت پرورش گاو شیری میباشد که توجه زیادی را به خود جلب کرده است. پژوهش حاضر به منظور بررسی هوموزیگوسیتی بر مبنای جایگاههای SNP و ROH در دامهای پر تولید و کم تولید هلشتاین انجام شده است. در این مطالعه، برای تعیین حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ از دو رویکرد تابعیت تصادفی و شاخص شجرهای استفاده شد. برای این منظور، نمونهگیری از 150 رأس گاو شیری (75 دام با ارزش اصلاحی بالا و 75 دام با ارزش اصلاحی پایین برای صفت تولید شیر) انجام شد. یک روش بهینه به منظور انتخاب حیوانات کاندیدا برای تعیین ژنوتیپ، از طریق تلفیق برآوردهای حاصل از تابعیت تصادفی و شاخص شجرهای ارائه گردید. ارزشهای اصلاحی ژنومی برای دو گروه نشان داد که تاکید بر افزایش سطح تولید در دامهای پر تولید، اثر منفی بر روی صفات مرتبط با باروری (55/0- = DPR) و طولعمر تولیدی (1/0=PL) داشته است. همچنین، میزان هوموزیگوسیتی بر مبنای ROH دامنهای از تغییرات را برای کروموزومهای مختلف در دامهای با سطح تولید بالا و پایین نشان داد که ممکن است با تفاوت در سطح تولید این دو گروه و پراکنش غیر یکنواخت ژنهای مؤثر بر میزان تولید بر روی کروموزومهای مختلف در ارتباط باشد.

جستجوی نشانه‌های انتخاب بین گاومیش‌های آذری و مازندرانی با استفاده از نشانگرهای SNP با تراکم زیاد

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا

دوره 50، شماره 2 ، شهریور 1398، ، صفحه 89-102

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.228562.653514

چکیده

بهمنظور یافتن نشانههای انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانهای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونهها بهوسیله آرایههای ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر ... بیشتر بهمنظور یافتن نشانههای انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانهای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونهها بهوسیله آرایههای ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بودند، بهعنوان نشانههای انتخاب شناسایی شدند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطقژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 105 ژن و 28 QTL شناسایی شد. از مجموع 105 ژن شناسایی شده در مناطق ژنومی تحت انتخاب، 27 ژن مربوط به گیرندههای بویایی بودند. همچنین یکسری از ژنهای شناسایی شده در رشد و توسعه بافتهای بدنی، مرگومیر سلولی، سیستم ایمنی بدن و توسعه بافتهای پستانی نقش دارند. بررسیها همچنین نشان داد که QTLهای شناسایی شده در این مطالعه عمدتاً با صفات مربوط به رشد از قبیل وزن بدن در تولد، شیرگیری و بلوغ، چربی زیرپوستی، تولید گوشت لخم و وزن لاشه ارتباط دارد. QTLهای مرتبط با تولید شیر، فقط با کیفیت شیر و تعداد سلولهای شیر ارتباط دارند. در هر صورت، توصیه میشود جهت شناسایی نقش دقیق این ژنها و QTLها بایستی مطالعات ارتباطی انجام گیرد.

بررسی همبستگی بین تولید و ترکیب شیر و ارزش اصلاحی آن ها با میزان متان پیش بینی شده از طریق اسیدهای چرب فرار در گاوهای هلشتاین ایران

علی جلیل سرقلعه؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مهدی ساعتچی

دوره 50، شماره 1 ، خرداد 1398، ، صفحه 1-10

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.230439.653526

چکیده

در سیستم تولیدی نشخوارکنندگان، هر حیوان روزانه 500-250 لیتر متان تولید میکند به‌طوری‌که تخمین زده شده است میزان مشارکت نشخوراکنندگان در گرمای جهان معادل با 10-8 درصد در طول 100-50 سال آینده میباشد. هدف از این تحقیق بررسی مقدار همبستگی میزان متان (پیشبینیشده از طریق اسیدهای چرب فرار) با صفات تولید شیر، اجزای متشکل آن و ارزشهای ... بیشتر در سیستم تولیدی نشخوارکنندگان، هر حیوان روزانه 500-250 لیتر متان تولید میکند به‌طوری‌که تخمین زده شده است میزان مشارکت نشخوراکنندگان در گرمای جهان معادل با 10-8 درصد در طول 100-50 سال آینده میباشد. هدف از این تحقیق بررسی مقدار همبستگی میزان متان (پیشبینیشده از طریق اسیدهای چرب فرار) با صفات تولید شیر، اجزای متشکل آن و ارزشهای اصلاحی این صفات در گاوهای هلشتاین ایران میباشد. در این راستا مایع شکمبه از دو زیر جمعیت 75 راسی به روش لوله مری جمعآوری گردید (زیر جمعیتها از نظر ارزش اصلاحی تولید شیر با یکدیگر متفاوت بودند). آنالیز دادهها در محیط R.3.3.0 انجام شد. نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد که مقدار متان پیشبینیشده به‌ازای یک واحد شیر و چربی در دو زیر جمعیت تفاوت بسیار معنی‌داری با یکدیگر دارند (0001/0P <). همچنین در این پژوهش مشخص گردید که ارزش اصلاحی صفات مرتبط با تولید و ترکیب شیر با میزان متان تولید شده به‌ازای یک واحد محصول دارای همبستگی منفی ضعیف تا متوسط میباشند (05/0P <). بیشترین مقدار همبستگی میان تولید روزانه چربی با میزان متان تولیدی به‌ازای یک کیلوگرم چربی (79/0-) و تولید روزانه شیر با میزان متان تولیدی به‌ازای یک گیلوگرم شیر (62/0-) بود. این نتایج نشان میدهد که احتمالا میزان متان تولیدی را میتوان به‌طور غیر مستقیم و از طریق صفات که دارای همبستگی بالا با این انتشار متان هستند (مانند تولید روزانه چربی یا شیر) در هر نسل کاهش داد.

بررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تک‌جوری در گاومیش‌های نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشه‌های متراکم نشانگری

محمد حسین فلاحی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی

دوره 49، شماره 2 ، شهریور 1397، ، صفحه 247-255

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.214013.653463

چکیده

هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، ... بیشتر

جستجوی ساختار علّی بین صفات گوساله‌زایی در نخستین زایش گاوهای هلشتاین ایران

مرتضی ستائی مختاری؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ گیلرمه جی ام روزا

دوره 49، شماره 1 ، خرداد 1397، ، صفحه 1-9

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.226874.653505

چکیده

در این پژوهش با استفاده از داده‌های گردآوری‌شدۀ مربوط به صفات گوساله‌زایی شامل سخت‌زایی، وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی در نخستین زایش 29950 رأس گاو هلشتاین ایران که در سال‌های 1383 تا 1393 در 131 گلۀ تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی کشور گردآوری‌شده بودند، ساختار علّی بین صفات گوساله‌زایی با استفاده از الگوریتم جستجوی ... بیشتر در این پژوهش با استفاده از داده‌های گردآوری‌شدۀ مربوط به صفات گوساله‌زایی شامل سخت‌زایی، وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی در نخستین زایش 29950 رأس گاو هلشتاین ایران که در سال‌های 1383 تا 1393 در 131 گلۀ تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد و بهبود تولیدات دامی کشور گردآوری‌شده بودند، ساختار علّی بین صفات گوساله‌زایی با استفاده از الگوریتم جستجوی IC بررسی شد. در ساختار علّی شناسایی‌شده ضریب‌های ساختاری مربوط به تأثیر علّی صفات وزن تولّد گوساله (002/0±060/0) و طول دورۀ آبستنی (002/0±007/0) بر صفت سخت‌زایی معنی‌دار بودند. تأثیر طول دورۀ آبستنی بر وزن تولّد گوساله (005/0±219/0) معنی‌دار بود. با در نظر گرفتن این ساختار علّی یک مدل سه صفتی یک‌سویه مبتنی بر مدل‌های معادله‌های ساختاری تدوین و با استفاده از معیار انحراف اطلاعات (DIC) و قابلیت پیش‌بینی (ارزیابی‌شده با معیارهای میانگین مربعات خطا و همبستگی بین مقادیر پیش‌بینی‌شده و مشاهده‌شده) با مدل سه صفتی استاندارد متناظر مقایسه شد. نتایج نشان دادند، صفت سخت‌زایی تحت تأثیر علّی وزن تولّد گوساله و طول دورۀ آبستنی گاو قرار دارد و مدل سه صفتی یک‌طرفه نسبت به مدل سه صفتی استاندارد برتری دارد و در نظر گرفتن رابطه‌های علّی یادشده در ارزیابی ژنتیکی صفات گوساله‌زایی اهمیت دارد.

مقایسة روش‌های PCA و DAPC در تجزیه‌وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران با تراشه‌های اسنیپ 90k

زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهر بابک؛ محمد مرادی شهر بابک

دوره 48، شماره 2 ، شهریور 1396، ، صفحه 153-161

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.213547.653461

چکیده

اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل ... بیشتر اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و تجزیه‌وتحلیل جداسازی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خون‌گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به‌دست‌آمده از تجزیة مؤلفههای اصلی و تجزیة جداسازی مؤلفههای اصلی، جداسازی سه نژاد را به‌خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت‌های مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینة خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه‌داشتن شمار مؤلفة اصلی بهینه برای تجزیه‌وتحلیل تشخیصی، 50 مؤلفة اول MSE کمتری نسبت به مؤلفههای دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال‌ عضویت افراد جمعیت‌ها را با درستی 100 درصد پیش‌بینی کرد ولی روش PCA قادر به ارزیابی گروه‌ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت‌ها DAPC مناسب‌تر از PCA عمل میکند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروهها و کاهش واریانس درون گروهها و همچنین ارائة تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و میتواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه‌بندی جمعیتی در بررسی‌های ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.

بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

سمیه بارانی؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد حسین مرادی؛ محسن قلی زاده؛ مجید خان سفید

دوره 48، شماره 1 ، خرداد 1396، ، صفحه 11-18

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.221876.653485

چکیده

شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری ... بیشتر شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون‌گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه‌های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه‌گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله‌های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به‌ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم‌های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم‌های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین‌تری در بررسی‌های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل‌های مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی‌های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه‌هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.

همراهی همردیف‌های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاخته‌های تک‌هسته‌ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس

هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت الله رحیمی میانجی

دوره 47، شماره 3 ، آذر 1395، ، صفحه 369-378

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59792

چکیده

هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با ... بیشتر

گروه‌بندی ژنتیکی گاومیش های بومی آذری و شمالی با روش شبکۀ عصبی SVM

زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ عباس رأفت؛ جلیل شجاع

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 279-290

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59033

چکیده

هدف این تحقیق گروه‌بندی گاومیش‌های استانهای آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بوم‌جور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بوم‌جور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بوم‌جور شمالی و آذری نمونه‌گیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا ... بیشتر هدف این تحقیق گروه‌بندی گاومیش‌های استانهای آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بوم‌جور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بوم‌جور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بوم‌جور شمالی و آذری نمونه‌گیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا تعیین ژنوتیپ شد. برای پیش‌بینی عملکرد روش ماشین بردار پشتیبان برای گروه‌بندی افراد، دو روش متریک اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصۀ عملکرد سامانۀ (AUC) اعمال شد. نتایج آزمون اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی برای گروه‌بندی افراد چهار منطقه به ترتیب 92 و 96 درصد بود که گویای این است که باوجود نزدیک بودن افراد گله‌های مختلف و سخت بودن جداسازی این افراد، روش ماشین بردار پشتیبان با درستی بالایی، توانایی اختصاص دادن افراد به گلههای مربوط به خود را دارد. نتایج آزمونهای اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصه عملکرد سامانه برای دو بوم‌جور به ترتیب برابر 96 و 98 درصد بود که نشان‌دهندۀ قابلیت جداسازی بهتر دو بوم‌جور است. روش یادگیری ماشین با توجه به این موارد و با پیش‌بینی‌هایی که برای گروه‌بندی هر فرد انجام میدهد میتواند در کنترل کیفیت و کاربردهای ژنتیکی کارآمد باشد.

شناسایی یک چندشکلی جدید در راه‌انداز ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) در بلدرچین ژاپنی به روش PCR-SSCP

هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 303-312

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59035

چکیده

ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ... بیشتر ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم f2)) ایجاد شد. رکوردهای مربوط به وزن بدن در سنین مختلف در نسل دوّم ثبت و ارتباط بین چندشکلی بخشی از جایگاه راه‌انداز (پروموتور) ژن IGF1 و این رکوردها بررسی شد. با استفاده از روش PCR-SSCP یک چندشکلی تک نوکلئوتیدیG 15 â†’ '> a در ناحیة موردنظر ژن IGF1 در 472 قطعه بلدرچین در سه نسل تشخیص داده شد. فراوانی ژنوتیپهای AA، AG و GG به ترتیب 05/0، 62/0 و 33/0 و فراوانی همردیف (آلل)های ژنی A و G به ترتیب 36/0 و 64/0 محاسبه شد. وزن بدن در سن 1 تا 5 هفتگی و زمان کشتار و همچنین میانگین افزایش وزن روزانه از هفتۀ اول تا چهارم پرورش در ژنوتیپ AA، کمتر از ژنوتیپ AG و GG بود و این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. میانگین افزایش وزن روزانة مادهها در ژنوتیپ AG بیشتر از نرها بود (001/0P<). نتایج ارائه‌شده در این نوشتار در مقایسه با گزارش‌های دیگر در مرغ، نشان‌دهندۀ یک چندشکلی جدید در ناحیۀ راه‌انداز ژن IGF1 در بلدرچین بود، اما ارتباط آن با صفات مرتبط با وزن بدن و نرخ رشد ازلحاظ آماری معنیدار نبود.

مطالعۀ چندشکلی ژن ACACA و ارتباط آن با صفات رشد و تولید شیر در بزهای نژاد مهابادی با روش PCR-SSCP

رضا فرجی؛ مصطفی صادقی؛ محمد مرادی شهربابک

دوره 46، شماره 4 ، دی 1394، ، صفحه 361-369

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.56821

چکیده

این پژوهش با هدف مطالعۀ چندشکلی ژن ACACA و ارتباط آن با صفات شیر در بزهای نژاد مهابادی انجام گرفت. به این منظور برای 150 رأس بز شیری نژاد مهابادی، خون‌گیری و استخراج DNA از خون به روش نمکی بهینه‌یافته صورت گرفت. قطعۀ اینترون 44 ژن ACACA، به کمک واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز تکثیر شد. برای بررسی چندشکلی قطعات تکثیرشده، از روش چندشکلی فضایی تک‌رشته‌ای ... بیشتر

تعیین ویژگی توالی و تنوع ژن هورمون رشد در شترهای دوکوهانه و یک‌کوهانۀ ایران

نعمت هدایت ایوریق؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ صابر محمد مقصودی

دوره 46، شماره 4 ، دی 1394، ، صفحه 399-406

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.56825

چکیده

شتر گونه‌ای بسیار مقاوم در برابر خشکی است که در سخت‌ترین شرایط آب‌وهوایی، محصولاتی مانند شیر و گوشت تولید می‌کند. با توجه به اینکه تعداد شترهای ایران در حال کاهش است، برای حفظ و بهبود تولیدات این ‌گونه، مطالعات کاربردی ژنتیکی ضروری است. یکی از جایگاه‌های مهمی که اثر آن در سایر گونه‌ها روی صفات اقتصادی مشخص شده، جایگاه ژن کدکنندۀ ... بیشتر

تأثیر مواد پروتئینی تخمیرشده بر مقدار خوراک مصرفی، پروتئین لاشه، پرورش‌نوزاد و رشد جمعیت کلنی زنبورعسل اروپایی ( Apis mellifera)

عباس رضایی؛ غلامعلی نهضتی پاقلعه؛ محمد مرادی شهربابک؛ مهدی گنج خانلو

دوره 46، شماره 3 ، مهر 1394، ، صفحه 345-350

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.56428

چکیده

این پژوهش به منظور ارزیابی تأثیرات تغذیه‌ای مواد خوراکی تخمیرشده به عنوان جانشین گرده، با استفاده ازجیره‌های غذایی مختلف و در قالب طرح کاملاً تصادفی در 6 تیمار با 7 تکرار وبه مدت 50 روز در صحرا روی زنبورعسل (Apis mellifera) در منطقۀ کرج انجام گرفت. کلنی‌ها از نظر عسل، جمعیت و ملکۀ خواهری هم‌سن یکسان‌سازی شدند. تیمارهای آزمایشی عبارتند از: ... بیشتر این پژوهش به منظور ارزیابی تأثیرات تغذیه‌ای مواد خوراکی تخمیرشده به عنوان جانشین گرده، با استفاده ازجیره‌های غذایی مختلف و در قالب طرح کاملاً تصادفی در 6 تیمار با 7 تکرار وبه مدت 50 روز در صحرا روی زنبورعسل (Apis mellifera) در منطقۀ کرج انجام گرفت. کلنی‌ها از نظر عسل، جمعیت و ملکۀ خواهری هم‌سن یکسان‌سازی شدند. تیمارهای آزمایشی عبارتند از: 1. گلوتن ذرت تخمیرشده، 2. گلوتن ذرت معمولی، 3. سویای تخمیرشده، 4. سویای معمولی، 5. گردۀ مخلوط، 6. شربت‌شکر 50درصد قند (بدون پروتئین)؛ البته تیمارهای گرده و شربت‌شکر به‌عنوان شاهد در نظر گرفته شدند. مواد استفاده‌شده در جیره‌ها شامل گلوتن ذرت، سویا، روغن سویا، شکر و عسل است. تمام جیره‌ها در سطح 4000 کیلوکالری انرژی و 20 درصد پروتئین موازنه شدند. نتایج از وجود اختلاف معنادار در مقدار خوراک مصرفی حاکی بود (05/0P<) و به ترتیب تیمارهای گلوتن تخمیرشده، گرده، سویای تخمیرشده، گلوتن ذرت معمولی و سویای معمولی بیشترین تا کمترین مصرف خوراک را به‌صورت میانگین در کل آزمایش داشتند. در مقایسۀ میانگین پرورش نوزاد نیز بین تیمارها اختلاف معناداری مشاهده شد (05/0P<). تیمار گلوتن تخمیری و سویای معمولی به‌ترتیب بیشترین و کمترین پرورش نوزاد را داشتند. در مقایسۀ میانگین پروتئین بدن و رشد جمعیت بین تیمارها هیچ اختلاف معناداری مشاهده نشد (05/0P>). نتایج این پژوهش حاکی است که تخمیرکردن منابع پروتئینی بر افزایش مصرف غذا و پرورش نوزادان تأثیرات مثبت دارد.

پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جان ویلیامز

دوره 46، شماره 2 ، تیر 1394، ، صفحه 119-131

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.55643

چکیده

شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بوده‌اند، از بحث‌برانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، به‌خصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی هدف انتخاب‌های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته‌اند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانه‌ای شامل جمعیت‌های ... بیشتر شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بوده‌اند، از بحث‌برانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، به‌خصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی هدف انتخاب‌های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته‌اند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانه‌ای شامل جمعیت‌های خوزستانی (121 رأس) و مازندرانی (27 رأس)، به وسیلة آرایه‌های ژنومیکی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه‌های انتخاب از برآوردگر نااُریب FST (θ) استفاده شد. در مجموع 23 منطقه که نشانگرهای SNP آن‌ها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بود، به‌عنوان نشانه‌های انتخاب شناسایی شده و مورد بررسی‌های بیشتر قرار گرفتند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب‌شده با مناطق ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 64 ژن و 27 QTL شناسایی شد. تعدادی از این ژن‌ها در مطالعات قبلی نیز به‌عنوان نشانه‌های انتخاب گزارش شده‌اند. برخی از این ژن‌ها احتمالاً در مسیرهای بیولوژیکی که با اهلی‌شدن حیوانات (توسعة مغز و عملکردهای رفتاری، پیگماسیون و آداپته‌شدن به محیط زندگی و شرایط جغرافیایی) و تولید شیر مرتبط می‌باشند، درگیرند. بررسی‌ها همچنین نشان داد که QTLهای شناسایی‌شده در این تحقیق با صفات مهم اقتصادی از جمله صفات مرتبط با راندمان تبدیل غذایی، وزن بدن، چربی زیرپوستی، افزایش وزن روزانه، تیپ، تردی گوشت، ترکیبات شیر، اتصالات پستانی، اندازة گوساله و گوساله‌زایی آسان ارتباط دارند. به هرحال جهت شناسایی نقش دقیق این ژن‌ها و QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام گیرد.

برازش مدل‌های آماری به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی در بزهای مهابادی

عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل

دوره 45، شماره 2 ، مرداد 1393، ، صفحه 173-184

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51820

چکیده

به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده ... بیشتر به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده بودند، استفاده شد. به‌منظور انتخاب بهترین مدل از معیار‌های ضریب تبین، آمارۀ دوربین‌ـ‌واتسون، انحراف معیار مانده‌ها، و معیار اطلاع آکایک استفاده شد. در بین توابع استفاده‌شده در مطالعۀ حاضر، تفاوتی در برازش منحنی تولید شیر و مقدار ترکیبات آن وجود نداشت. لیکن توابع علی و شفر و نارشین تاکمای 1 در برازش منحنی درصد چربی و SNF و همچنین، توابع چندجمله‌ای معکوس و گمپرتز در برازش منحنی درصد پروتئین و لاکتوز، در مقایسه با توابع دیگر نتیجۀ بهتری داشتند (ضریب تبین بالا و انحراف استاندارد مانده‌ها پایین). با توجه به نتایج تحقیق حاضر، طی دورۀ شیردهی، وزن بدن بزهای موجود در این تحقیق، روند کاهشی داشت. در بزهای بررسی‌شده، میانگین تولید روزانه، 1 کیلوگرم در روز، زمان رسیدن به اوج تولید شیر، 22 روز پس از زایش، مقدار تولید در زمان اوج تولید، 22/1 کیلوگرم در روز، کل تولید شیر در یک دورۀ 120روزه، 120 کیلوگرم، و تداوم شیردهی، 59/5 برآورد شد.

تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه‌یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری

محمد صاحب هنر؛ محمد مرادی شهربابک؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ دورین جی. گریک

دوره 45، شماره 1 ، اردیبهشت 1393، ، صفحه 9-15

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51744

چکیده

در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به ... بیشتر در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم متوسط حاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیت‌های آزمون بر مبنای تراشه‌ای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرد دو‌مرحله‌ای، ژنوتیپ تراشۀ تراکم‌ پایین به‌طور مستقیم از تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سه‌مرحله‌ای، ابتدا ژنوتیپ تراشۀ تراکم ‌پایین از تراشۀ تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپ تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشن تحت تأثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشۀ SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.

عوامل مرتبط با مرگ‌ومیر از تولد تا یک‌سالگی در بره‌های مغانی

حامد رضایی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ مهدی بایری یار

دوره 45، شماره 1 ، اردیبهشت 1393، ، صفحه 51-58

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51749

چکیده

در این پژوهش از رکوردهای زنده‌‌‌مانی 9700 رأس بره، حاصل از 735 رأس قوچ و 8082 رأس میش گلۀ ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغانی طی سال‌های 1365 تا 1390 استفاده گردید. توزیع فراوانی علل حذف و تابع توزیع زنده‌‌‌مانی بره‌ها تا یک‌سالگی با برنامۀ SAS(2000) برآورد شد. نتایج بیانگر حذف 81/49 درصد از کل بره‌ها تا یک‌سالگی بنا به دلایلی همچون بیماری، ... بیشتر

اثر انتخاب واگرا برای وزن بدن بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی در بلدرچین ژاپنی

راحله صادقی؛ عباس پاکدل؛ محمد مرادی شهر بابک

دوره 44، شماره 4 ، دی 1392، ، صفحه 313-320

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.50374

چکیده

در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهار‌هفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده ... بیشتر در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهار‌هفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده است (05/0P≥). اگرچه تفاوت بین لاین‌های انتخاب‌شده برای سن بلوغ جنسی در هر دو جهت معنی‌دار نبود، در مقایسه با لاین کنترل، تفاوت معنی‏داری مشاهده شد (05/0P≥). متوسط وزن بلوغ جنسی در لاین‏ HW بیشتر از لاین C و LW بود (05/0P≥). همچنین وزن بلوغ جنسی و متوسط وزن تخم در مراحل گوناگون تولیدی در لاین HW در مقایسه با لاین کنترل بالاتر بود (05/0P≥)، این در‌حالی است که درصد تخم‌گذاری در زمان بلوغ جنسی در لاین LW در مقایسه با لاین کنترل بیشتر بود (05/0P≥). تعداد تخم تولیدی نیز در لاین LW از لاین کنترل وHW بالاتر بود، به‌نحوی که این اختلاف با لاین HW معنی‌دار (05/0P≥)، ولی با لاین کنترل این تفاوت از‌‌نظر آماری معنی‌دار نبود. بیشترین درصد تخم‏گذاری در هر سه لاین بین ساعات 3 تا 6 بعداز‌ظهر و اوج تولید تخم نیز در ماه دوم پرورش مشاهده شد. با‌توجه به نتایج این تحقیق می‌توان گفت انتخاب واگرا برای وزن بدن به تغییرات همبسته‏ای برای صفات تولید‌مثلی می‌انجامد. ازاین‌رو، توصیه می‌شود حتماً در برنامه‌های انتخاب، به صفات تولید‌مثلی نیز توجه شود.

رابطه ی اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول های تک هسته ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوسآرئوس

هادی آتشی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسن مهربانی یگانه؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ قدرت اله رحیمی میانجی

دوره 44، شماره 3 ، آذر 1392، ، صفحه 247-254

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.36152

چکیده

در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده ... بیشتر

بررسی چندشکلی اگزون 6 ژن کالپاستاتین به روش PCR-SSCP و ارتباط آن با صفات لاشه در گوسفندان لری-بختیاریو زل-آتابای

محسن عالی؛ حسین مرادی شهر بابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ مصطفی صادقی

دوره 44، شماره 2 ، مرداد 1392، ، صفحه 121-130

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.35561

چکیده

کالپاستاتین به عنوان ژن کاندیدای مؤثر بر بازده رشد و صفات کیفی گوشت مطرح است.در مطالعه حاضر از تعداد 74 رأس گوسفند نژاد لری-بختیاری و 40 رأس آمیخته زل-آتابای به ترتیب از کشتارگاه های صنعتی شهرستان های شهرکرد و گرگان خون گیری و اندازه گیری صفات لاشه به عمل آمد.پس از استخراج DNA، واکنش های زنجیره ای پلیمرازجهت تکثیر قطعه 254 جفت بازی دربرگیرنده ... بیشتر

دوره 53 (1401)

دوره 52 (1400)

دوره 51 (1399)

دوره 50 (1398)

دوره 49 (1397)

دوره 48 (1396)

دوره 47 (1395)

دوره 46 (1394)

دوره 45 (1393)

دوره 44 (1392)

دوره 43 (1391)

دوره 42 (1390)

دوره 41 (1389)

دوره 40 (1388)

دوره 39 (1387)

نویسنده = Mohammad Moradi ShahreBabak

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده

چکیده