دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 Comparison of the absorption kinetics and utilization of crystalline-free and protein-‎bound methionine sources in broilers with single-meal feed consumption مقایسه الگوی جذب و کارآیی منابع متیونین آزاد کریستاله مصنوعی و باند‌شده به پروتئین در مرغ‌های‌ ‏گوشتی با مصرف تک‌وعده‌ای خوراک 1 11 87685 10.22059/ijas.2020.301751.653781 FA مونا زمانی دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران مجتبی زاغری استاد، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0003-4440-3584 فاطمه غازیانی استادیار، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0002-3667-6454 Journal Article 2020 04 28 This experiment was performed to compare the absorption kinetics and utilization of different methionine (Met) sources including synthetic-free crystalline DL-Met (DL-Met), L-methionine (L-Met) and dipeptide (Met-Met) and protein-bound methionine (PB-Met) in broilers with single-meal feed consumption. A total of 100 female Ross 308 broiler chickens were fed in a completely randomized design with five experimental diets (basal, DL-Met2.0, L-Met2.0, Met-Met2.0 and PB-Met2.0) in accordance with compliance to the single-meal broiler breeder from 39 to 60 days of age. During experimental period, 90 grams of pellet feed was given per chicken once a day, which was consumed within 17±2.5 minutes. The results showed that dietary supplementation with PB-Met2.0 caused a significant improvement (P<0.01) in growth performance, compared to the consumption of synthetic amino acids. The maximum blood plasma methionine concentration was observed at 1 hour after consumption of diets containing DL-Met2.0 and Met-Met2.0 and 2 hours after consumption of diets containing PB-Met2.0 and L-Met2.0 (P<0.01). The highest carcass protein content and protein utilization efficiency (P<0.01) and also the lowest excreta nitrogen content (P<0.05) were observed in treatment containing PB-Met2.0. The efficacy of essential amino acids, especially methionine was increased in chickens fed diet containig PB-Met (P<0.01). As a result, it seems that DL-Met and Met-Met have less efficiency in broilers with single-meal feed consumption, due to the lack of absorption synchronization with other amino acids. Therefore, the absorption synchronization of methionine using appropriate sources increases its efficiency. In conclusion, PB-Met is recommended as a preferred source of methionine in diet of broilers with single-meal feed consumption. این آزمایش به‌ منظور مقایسه الگوی جذب و کارآیی منابع مختلف متیونین شامل منابع آزاد کریستاله مصنوعی (دی- ال- متیونین (DL-Met)، ال- متیونین (L-Met) و دی‌پپتید (Met-Met)) و متیونین باند ‌شده به پروتئین (PB-Met) در مرغ‌های ‌گوشتی با مصرف تک‌وعده‌ای خوراک انجام شد. تعداد 100 قطعه جوجه‎ گوشتی ماده سویه راس 308، در قالب طرح کاملاً تصادفی با پنج جیره‎ آزمایشی (پایه، DL-Met2.0، L-Met2.0، Met-Met2.0 و PB-Met2.0) به دلیل مطابقت با رژیم تک وعدهای نیمچههای مادر گوشتی از سن 39 تا 60 روزگی تغذیه شدند. در طی دوره آزمایش، میزان 90 گرم خوراک پلت 1 بار در روز به هر مرغ داده می‌شد که طی مدت 5/2±17 دقیقه مصرف می‌گردید. نتایج نشان دادند که مکمل ‌سازی جیره‌ با متیونین باند ‌شده به پروتئین (PB-Met2.0) موجب بهبود معنی‌دار (01/0P<) عملکرد رشد در مقایسه با مصرف آمینو اسیدهای مصنوعی شد. حداکثر غلظت متیونین پلاسمای خون، 1 ساعت پس از مصرف جیره‌‌های حاوی DL-Met2.0 و Met-Met2.0 و 2 ساعت بعد از مصرف جیره‌های حاوی PB-Met2.0 و L-Met2.0 مشاهده شد (01/0P<). بالا‌ترین میزان پروتئین لاشه و کارآیی پروتئین (01/0P<) و همچنین پایین‌ترین میزان نیتروژن فضولات (05/0P<) در تیمار حاوی PB-Met2.0 مشاهده شد. کارآیی آمینو اسید‌های ضروری خصوصاً متیونین، در مرغ‌های تغذیه ‌شده با جیره حاوی PB-Met افزایش یافت (01/0P<). در نتیجه به ‌نظر می‌رسد که در مرغ‌های ‌گوشتی با مصرف تک‌وعده‌ای خوراک، DL-Met و Met-Met به دلیل عدم همزمانی جذب با سایر آمینو اسیدها، بهرهوری کمتری دارند. بنابراین همزمان ‌سازی جذب آمینو اسید متیونین با استفاده از منابع مناسب، موجب افرایش کارآیی آن می‌شود. در نتیجه PB-Met به‌عنوان منبع ترجیحی مکمل متیونین در جیره مرغ‌های‌ گوشتی با مصرف‌ تک‌وعده‌ای خوراک پیشنهاد می‌شود.

https://ijas.ut.ac.ir/article_87685_74684da7c227be8e70c169b24914549d.pdf

دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 Effect of different sources of magnesium in prepartum diets on energy metabolism, ‎performance and health of Holstein cows اثر منابع مختلف منیزیم در جیره‌های پیش از زایش بر متابولیسم انرژی، عملکرد و سلامت گاوهای ‏هلشتاین 13 22 87686 10.22059/ijas.2021.315586.653843 FA فرود احسان بخش دانشجوی دکتری تغذیه دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران 0000-0001-6301-8628 حمید امانلو استاد، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران 0000-0002-5631-125X محمد حسین شهیر دانشیار، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران 0000-0003-2327-1877 Journal Article 2021 08 24 The aim of this study was to evaluate the effect of different source of magnesium in prepartum diets on productive performance, blood metabolites, insulin resistance and health disorders in transition cows. Sixty cows from 21 days prepartum were randomly assigned to 4 experimental treatments. Treatments were control treatment (Mg at NRC recommendation), magnesium sulfate treatment, magnesium carbonate treatment and magnesium oxide treatment (Mg was 0.60% of ration DM). Experimental diets increased DM and NDF digestibility (P<0.05). However, Calf and placenta weight, body weight changes and BCS were not affected by treatments. The incidence of retained placenta and hypomagnesemia decreased in experimental treatments (P<0.05). Magnesium oxide and carbonate treatments tended to increase milk yield (P=0.08). Milk fat increased in the control diet (P<0.05). Experimental diets decreased plasma NEFA and cholesterol and improved plasma Mg and Ca (P<0.05). Control treatment had the lowest rate of glucose CR (%) and RQUICKI (P<0.05). هدف از این مطالعه بررسی اثر منابع مختلف منیزیم در جیره‌های پیش از زایش بر عملکرد تولیدی، متابولیت‌های خون، مقاومت به انسولین و ناهنجاری‌های سلامتی در گاوهای دوره انتقال بود. تعداد 60 راس گاو از 21 روز مانده به زایش به طور تصادفی به چهار تیمار آزمایشی اختصاص یافتند. تیمار‌ها شامل تیمار شاهد (منیزیم در سطح توصیه‌های NRC)، تیمار سولفات ‌منیزیم، تیمار کربنات ‌منیزیم و تیمار اکسید ‌منیزیم (منیزیم جیره 6/0 درصد ماده خشک) بود. جیره‌های آزمایشی قابلیت هضم ماده خشک و NDF را افزایش دادند (05/0>P). وزن گوساله، وزن جفت، تغییرات وزن و امتیاز بدنی دام‌ها تحت‌تاثیر تیمارها قرار نگرفت. وقوع جفت‌ماندگی و هیپومنیزیومی در تیمار‌های آزمایشی کاهش یافت (05/0>P). تیمارهای اکسید و کربنات‌منیزیم تمایل به تولید شیر بالاتر داشتند (08/0=P). چربی شیر در جیره شاهد افزایش یافت (05/0>P). جیره‌های آزمایشی NEFA و کلسترول پلاسما را کاهش داده و منیزیم و کلسیم پلاسما را افزایش دادند (05/0>P). تیمار شاهد پایین‌ترین نرخ زدودگی گلوکز و RQUICKI را داشت (05/0>P).

https://ijas.ut.ac.ir/article_87686_5460d2d31cec0674075f3676662e6312.pdf

دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 Effect of vanillic acid in comparison with vitamin E+C on short- and long-term ‎preservation of ram semen تاثیر اسید وانیلیک در مقایسه با ویتامین‌های ‏C‏ و ‏E‏ برنگهداری کوتاه و بلندمدت اسپرم قوچ 23 32 87687 10.22059/ijas.2021.332280.653851 FA زهرا نجم آبادی دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران حمید دلدار دانشیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 0000-0002-0863-8012 زربخت انصاری پیر سرای دانشیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران عیسی دیرنده دانشیار، گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران 0000-0002-0773-3966 Journal Article 2021 10 21 In the present study, the effect of vanillic acid in comparison with vitamin E+C on the semen characteristics of Zel's ram under short and long-term preservation, was investigated. The experimental groups consisted of different concentrations of vanillic acid (0, 1, 10 and 100 μg/mL), a mixture of alpha-tocopherol and ascorbic acid (vitamin E+C), and dimethyl sulfoxide (DMSO) (as alpha-tocopherol solvent). The samples were evaluated at 0, 24, 48 and 72 hours after storage at 4 °C and following the freeze-thawing process. During the cold storage, sperm quality traits (motility, viability and membrane integrity) and mitochondrial activity increased significantly (P<0.05) at concentrations of 1 and 10 μg/ml vanillic acid in comparison with control and vitamin E+C groups. Our results revealed that the total motility and percentage of spermatozoids in the concentration of 1 μg/ml of vanillic acid were higher than control and vitamin E+C groups (P<0.05). Also, plasma membrane integrity and morphology of spermatozoid were higher in concentrations of 1 and 10 μg/ml of vanillic acid than control group. Concentration of 1 μg/ml of vanillic acid showed the highest mitochondrial activity than vitamin E+C treatment (P<0.05). Our findings showed that addition of vanillic acid at the concentrations of 1 and 10 μg/mL to the semen extender improved the quality of spermatozoid in the Zel breed sheep. در مطالعهی حاضر، تأثیر اسید وانیلیک بر ویژگی‌های منی قوچ نژاد زل برای نگه‌داری کوتاهمدت و بلندمدت، مورد مطالعه قرار گرفت. گروه‌های آزمایشی شامل گروه شاهد، غلظت‌های مختلف اسید وانیلیک (1، 10 و 100 میکروگرم در میلی‌لیتر)، مخلوط آلفاتوکوفرول و اسید آسکوربیک (5 میلی‌مولار+ 5 میلی‌مولار) و تیمار دی‌متیل‌سولفوکساید (DMSO، حلال آلفاتوکوفرول-5 میکرولیتر) بودند. فراسنجه‌های اسپرم در شرایط مایع در زمان‌های صفر، 24، 48 و 72 ساعت پس از نگه‌داری در دمای یخچال و نیز پس از انجماد- یخ‌گشایی بررسی شدند. نتایج نشان دادند که در غلظتهای 1 و 10 میکروگرم در میلی‌لیتر اسید وانیلیک در مقایسه با گروههای شاهد و ویتامین E+C، پس از زمانهای مختلف سردسازی، صفات کیفی اسپرم (جنبایی، درصد اسپرم‌های زنده و یکپارچگی غشا) و فعالیت میتوکندری افزایش معنیداری داشتند (05/0P<). پس از انجماد-یخگشایی نتایج نشان داد که جنبایی کل و درصد اسپرم‌های زنده در غلظت 1 میکروگرم در میلی‌لیتر اسید وانیلیک نسبت به گروه شاهد و ویتامین E+C بیشتر بود (05/0P<). یکپارچگی غشاء و مورفولوژی اسپرم در غلظت‌های 1 و 10 میکروگرم در میلی‌لیتر اسید وانیلیک نسبت به گروه شاهد بیشتر بود (05/0P<). غلظت 1 میکروگرم در میلی‌لیتر اسید وانیلیک نسبت به تیمار ویتامین E+C بیشترین فعالیت میتوکندری را از خود نشان داد (05/0P<). یافته‌های حاضر نشان داد که افزودن اسید وانیلیک (غلظت‌های 1 و 10 میکروگرم در میلی‌لیتر اسید وانیلیک) به رقیق‌کننده موجب بهتر شدن کیفیت اسپرم در طول زمان نگهداری شد.

https://ijas.ut.ac.ir/article_87687_8c862dd32635e2ddb2838aa18ef74a5a.pdf

دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 The effect of fat supplement type on performance, nutrient digestibility and ‎physiological parameters of finishing lambs during summer heat stress اثر نوع مکمل چربی بر عملکرد، قابلیت هضم مواد مغذی و شاخص‌های فیزیولوژیک بره‌های در حال ‏رشد تحت تنش حرارتی تابستان 33 42 87688 10.22059/ijas.2021.321274.653821 FA آزاده میرشمس الهی دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران مهدی گنج خانلو دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0002-1854-321X فرهنگ فاتحی استادیار، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0003-3262-5841 ابوالفضل زالی دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0001-9654-2063 مصطفی صادقی دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0002-7145-622x Journal Article 2021 04 25 An experiment was performed to investigate the effects of using saturated and unsaturated fatty acids calcium salts on the production performance and some physiological traits of finishing lambs fattened under heat stress condition. Thirty-two cross bred Lori-BakhtiariÍRomanov lambs were randomly divided into 4 groups. Lambs were fed individually with the following experimental diets for 6 weeks (early July to mid-August): 1) Basal diet without supplemental fat (control), 2) Basal diet supplemented with 2% (on DM basis) of fish oil calcium salt, 3) Basal diet supplemented with 2% (on DM basis) of olive oil calcium salt and 4) Basal diet supplemented with 2% (on DM basis) of saturated fat calcium salt. Daily feed intake was recorded and lambs body weight was measured weekly. Rectal temperature and respiration rate were measured once per week. Using calcium salts of fish oil, olive oil and saturated fats in the diet significantly increased daily weight gain and reduced the lambs feed conversion ratio compared to control group (P≤ 0.05), but had no effect on dry matter intake of the Lambs. Regardless of fatty acid origin, supplementing lambs with calcium salts of fatty acids, reduced rectal temperature and respiration rate of lambs exposed to heat stress, compared to control group (P≤ 0.01). Also, using calcium salts of Fish oil, olive oil and saturated fat had no effect on DM, CP and EE digestibility, however, EE digestibility was higher in lambs consumed fat-supplemented diets than the control group. NDF digestibility was significantly higher in the control group lambs than the other groups. The results of this study showed that diet supplementation with calcium salts of unsaturated fatty acids of fish and olives and saturated fatty acids, improved the production performance of finishing lambs exposed to heat stress. No difference was detected between fat supplements with different fatty acid patterns, in this investigation. آزمایش حاضر به منظور بررسی تأثیر استفاده از نمک‌های کلسیمی اسیدهای چرب اشباع و غیراشباع (امگا-3 و امگا-9) بر عملکرد و برخی از صفات فیزیولوژیک برههای در حال رشد 4 تا 5 ماهه، در شرایط گرم تابستان انجام شد. 32 راس بره بر اساس وزن بدن به طور تصادفی به 4 گروه مساوی تقسیم شدند. برهها به صورت انفرادی با جیرههای آزمایشی 1- جیره پایه بدون افزودن پودر چربی (شاهد)، 2- جیره پایه حاوی نمک‌های کلسیمی اسیدهای چرب روغن ماهی به میزان 2٪ ماده خشک جیره، 3- جیره پایه حاوی نمک‌های کلسیمی اسیدهای چرب روغن زیتون به میزان 2٪ ماده خشک جیره و 4- جیره پایه حاوی نمک‌های کلسیمی اسیدهای چرب اشباع به میزان 2٪ ماده خشک جیره، به مدت 6 هفته (اوایل تیرماه تا اواسط مردادماه) تغذیه شدند. مصرف خوراک روزانه برهها ثبت، و وزن بدن هر هفته اندازهگیری شد. فراسنجههای فیزیولوژیک شامل دمای رکتوم و نرخ تنفس به صورت هفتگی اندازهگیری شد. در مجموع، تغذیه با نمک‌های کلسیمی روغن ماهی، زیتون و چربی اشباع، باعث افزایش معنیدار افزایش وزن روزانه و کاهش معنیدار ضرایب تبدیل غذایی برهها نسبت به گروه شاهد شد (05/0≥ P)، ولی بر ماده خشک مصرفی برهها تاثیر معنیداری نداشت. تغذیه با روغنهای مورد بررسی در این پژوهش، باعث کاهش درجه حرارت رکتوم و تعداد تنفس برههای قرار گرفته در شرایط گرمای تابستان، نسبت به برههای گروه شاهد شد (01/0≥ P). استفاده از نمک‌های کلسیمی روغن ماهی، روغن زیتون و چربی اشباع، اثر معنیداری بر قابلیت هضم ماده خشک، پروتئین خام و چربی خام مصرفی برههای گروههای مختلف آزمایشی نداشت، با این حال قابلیت هضم چربی خام در برههای تیمارهای آزمایشی بالاتر از گروه شاهد بود. قابلیت هضم الیاف نامحلول در شوینده خنثی، با اختلاف معنیداری در برههای گروه شاهد بالاتر از سایر گروهها بود. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که مکملسازی جیره با نمک‌های کلسیمی اسیدهای چرب غیر اشباع ماهی و زیتون و اسیدهای چرب اشباع، بر میزان بهرهوری برهها تاثیر گذاشته و باعث بهبود عملکرد برهها در طی تابستان شد. بین مکملهای چربی با الگوی متفاوت اسیدهای چرب در این زمینه تفاوتی وجود نداشت.

https://ijas.ut.ac.ir/article_87688_289fe1d6659737a558c48bc2f0aca546.pdf

دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 Identification of single nucleotide polymorphism in Iranian Helmeted Guineafowl ‎ecotypes to study the phylogenetic relationships and inbreeding ‎ شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ‌های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط ‏فیلوژنتیکی و میزان همخونی 43 51 87689 10.22059/ijas.2021.322297.653823 FA رعنا پدر دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید ‏باهنر کرمان، کرمان، ایران علی اسمعیلی زاده کشکوئیه استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0003-0986-6639 احمد آیت اللهی مهرجردی دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران حجت اسداله پور نعنایی دانش‌آموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران حامد خراتی کوپایی دانش‌آموخته دکتری تخصصی زیست‌فناوری، پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران Journal Article 2021 04 27 The Helmeted Guineafowls were originated from West Africa and spread widely across the world, due to their ability to adapt to different environmental conditions. The main goal of this investigation was to identify the single nucleotide variations (SNVs) in order to explain the genetic structure of Helmeted Guineafowl in Iran. The whole genome of six Guineafowl ecotypes (18 samples) including Tabriz (blue and grey), Rasht, Tabriz (white), Rasht×Tabriz cross, Shiraz and Lar were sequenced. Paired-end libraries with 125 bp of Guineafowl samples were sequenced by whole genome Illumina platform. The phylogenetic tree analysis based on the maximum likelihood and neighbor joining was constructed. Runs of homozygosity (ROHs) were detected across all individual genomes by PLINK software. In the current study, around 14.48 million SNVs were detected. To evaluate the phylogenic relationships among all Guineafowl ecotypes, we applied two different phylogenic methods based on neighbor-joining and maximum-likelihood methods. Similar results were reported by these methods, all Helmeted Guineafowl ecotypes were classified separately except Shiraz and Lar ecotypes, which showed the most amount of genetic similarities. The results of runs of homozygosity (ROH) analysis indicated that the highest level of inbreeding at all levels of ROH were observed in the white Tabriz ecotype, in contrast Tabriz (blue and grey) ecotype showed the lowest level of inbreeding at all levels of ROH. These findings can provide new insight into genetic structure of Helmeted Guineafowl ecotypes in order to develop the breeding programs. هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالی‏یابی کل ژنوم نمونه‌های مرغ گینه‌ای به صورتPaired-End با طول خوانش 125 جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش‌های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ‌ها با طول‌های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ‌ها در گروه‌های جداگانه‌ای قرار می‌گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می‌تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ‌های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه‌های بهنژادی ارایه نماید.

https://ijas.ut.ac.ir/article_87689_2064a33de73c2b784923dd279da7f672.pdf

دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 53 1 2022 04 21 Bioinformatics analysis of gene sets enrichment between bovine embryonic cleavage ‎and development blastocysts using DNA microarray data تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی در حد فاصل مراحل تسهیم و بلاستوسیست ‏توسعه جنینی گاو با استفاده از داده‌های ریز آرایه ‏DNA 53 68 87943 10.22059/ijas.2022.332322.653850 FA پیمان خواجه غیاثی دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران مهدی امین افشار استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران مصطفی قادری زفره ایی دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاروزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران 0000-0002-9710-883X ناصر امام جمعه کاشان استاد، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران محمود هنرور استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرقدس، شهرقدس، ایران Journal Article 2021 11 28 In order to understand the causes of bovine embryo mortality and viability, it is necessary to identify different pathways between the embryonic fission and the blastocyst. The enriched sets of genes from a bovine embryonic cell to a 16-cell and blastocyst stage were examined. The raw DNA microarray data was downloaded from the GEO database. Then differentially expressed probes were enriched with the online software agriGO v2 by means of singular enrichment analysis (SEA). The results of this study showed that a total of 5 genes with increased expression, including KPNA7, RGS2, TESC, MLLT11, BMP15 and 5 genes with decreased expression, including KRT8, CLDN6, PLAC8, FN1, KRT18 had the highest differentially expressed pattern (P ≤0.05). In addition, 39 gene sets in various molecular metabolic pathways, including NADP metabolism, tRNA, ATP, phospholipid catabolism, apoptosis and cell growth, glycolysis, mitosis; 13 gene sets on the path of molecular functions, including manganese ion, RRNA, cytochrome C oxidation activities, translation primers, ATP and ATPase activity and at the level of the cellular components of 12 gene sets on the path of the cytoplasmic cavesicle membrane, endoplasmic reticulum membrane, microtubules and Spindles and plasma membrane showed the highest enrichment (P ≤0.05). As a result, the gene sets enriched with blastocysts indicate the beginning of cell differentiation and the transition from the blastocyst state to the implantation process. Ultimately, at this stage, gene sets are expressed, the interaction of which is likely to result in the survival or analysis of the embryo. به منظور درک علل مرگ‌ومیر و همچنین قابلیت زنده مانی جنین گاو، شناخت مسیرهای متابولیکی و الگوهای بیان مجموعه ژنی مرتبط با مراحل حد فاصل تسهیم و بلاستوسیت ضروری به نظر می رسد. با این انگیزه در این پژوهش مجموعههای ژنی غنی‌سازی شده از یک سلول تخم تا مرحله 16 سلولی و بلاستوسیست در توسعه جنینی گاو مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، داده‌های خام ریزآرایه DNA از پایگاه داده GEO با دسترسی آزاد، پیاده سازی شدند. سپس، کاوشگرهای متفاوت بیان، با استفاده از نرم‌افزار برخط agriGO v2.0 و به روش تحلیل غنی‌سازی تکین (SEA)، غنی‌سازی شدند. نتایج این تحقیق به‌طور خلاصه، نشان داد که در مجموع، تعداد 5 ژن؛ KPNA7، RGS2، TESC، MLLT11، BMP15 با افزایش بیان و همچنین، تعداد 5 ژن؛ KRT8، CLDN6، PLAC8، FN1، KRT18 با الگوی کاهش بیان، بیشترین میزان تفاوت بیان را نشان دادند (05/0P£). همچنین، در تجزیه و تحلیل SEA، 39 مجموعه ژنی در مسیر فرآیندهای زیستی از جمله متابولیسم NADP، tRNA، ATP، و کاتابولیسم فسفولیپیدها، آپوپتوز و رشد سلول، گلیکولیز، میتوز، تعداد 13 مجموعه ژنی در مسیر عملکردهای مولکولی مختلف شامل یون منگنز، rRNA، فعالیتهای اکسیداسیون سیتوکرومC، فاکتور آغازین ترجمه، ATP و فعالیت ATPase و در سطح مولفههای سلولی 12 مجموعه ژنی از جمله غشای وزیکولهای سیتوپلاسم، غشای شبکه اندوپلاسمیک، میکروتوبول و اسپیندلها و غشای پلاسمائی بیشترین غنی‌سازی (05/0P£) را نشان دادند. به‌عنوان نتیجه‌گیری کلی، مجموعههای ژنی غنی‌سازی شده در بلاستوسیست نشان‌دهنده، آغاز فرآیند تمایز بین سلول‌ها و انتقال از حالت بلاستوسیست به سمت فرایند لانهگزینی است. در نهایت، چنین به نظر می‌رسد که تفاوت الگوی بیان مجموعههای ژنی و برهمکنش آنها در این مرحله احتمالاً به زنده‌ماندن یا تحلیل جنین ختم میشود.

https://ijas.ut.ac.ir/article_87943_14801034e64e5ce546f0a9a68dfb624b.pdf