دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 مقالات آماده انتشار 2023 07 08 Genom-wide association study to identify the loci related to resistance in Leukosis Desease in Iranian Holstein cattle مطالعه‌ی پویش کل ژنوم جهت شناسایی جایگاه‌های ژنتیکی مرتبط با بیماری لکوز در گاوهای هلشتاین ایران 93063 10.22059/ijas.2023.354617.653932 FA فرناز ارجمندکرمانی گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، کرج، ایران حسین مرادی شهربابک گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، کرج، ایران محمد مرادی شهربابک گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0002-5255-609X حسین محمدی گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه اراک، اراک، ایران مهدی جوان نیکخواه گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، جلفا، ایران یونس دوستی گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0003-2895-7069 Journal Article 2023 02 05 Bovine leukemia virus infection is more prevalent in dairy herds and so far there is no known cure or vaccine for this disease. This research aimed to conduct a genome-wide scanning (GWAS) study to identify genomic regions and candidate genes associated with BLV infection. This study was conducted using Iranian Holstein cows that were naturally infected with BLV. For this purpose, blood samples were collected from 150 Holstein cows in an industrial cattle farm in Isfahan, and DNA and serum were extracted from them. Then the prepared DNA samples were genotyped using k30 chips (SNPchip30k). Quality control of genotyped markers based on rare allele frequency indices (PMAF < 0.05), missing genotype (PMIND > 0.05), genotyping rate (PGENO > 0.05) and Hardy-Weinberg balance (PH-W <1×10-6) was performed by PLINK software. After the quality control analysis, 140 cows (77 patients and 68 controls) and 22868 markers remained for further analysis. After performing the genome scan analysis in the PLINK program, eight markers above the significance threshold were finally identified. Then, by bioinformatic analysis of significant genomic regions using online ensemble databases and genecards, genes associated with significant markers were identified, the most important of which include GRK4, TP53BP1, SCAPER, GLRB, PDGFC, TNIP2, PSTPIP1, CEP350, MR1, TOM1L2, SREBF1, COPS and TNFRS13B. Gene Ontology (GO) analysis showed that these genes are mostly involved in regulating enzyme activity, DNA stability, lipid activity, antiviral response, innate immune response, and disease resistance. عفونت ویروس لوسمی گاوی بیشتر در گله های شیری شیوع داشته و تاکنون هیچ درمان یا واکسنی برای این بیماری شناخته نشده است. هدف از این پژوهش، مطالعه‌ی پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به طور طبیعی آلوده به BLV بودند انجام گرفت. بدین منظور از 150 راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری صنعتی اصفهان، نمونه‌خون جمع‌آوری و از آن‌ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه‌های DNA آماده شده، با استفاده از تراشه‌های k30 (SNPchip30k) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ شده براساس شاخص‌های فراوانی آلل نادر (05/0 PMAF <)، ژنوتیپ از دست رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO >) و تعادل هاردی_واینبرگ (6-10×1PH-W <) توسط نرم‌افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت 140 راس گاو (77 بیمار و 68 شاهد) و 22868 نشانگر برای ادامه آنالیز باقی‌ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی‌داری، شناخته شدند. سپس با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی‌دار با استفاده از پایگاه‌های برخط ensemble و genecards، ژن‌های مرتبط با نشانگرهای معنی‌دار، شناسایی شدند که مهم‌ترین آن‌ها شامل GRK4، TP53BP1، ‌SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP2، PSTPIP1، CEP350، MR1، TOM1L2، SREBF1، COPS و TNFRS13B بود. آنالیز هستی‌شناسی ژن (GO) نشان داد که این ژن‌ها بیشتر در تنظیم فعالیت آنزیمی، پایداری DNA ، فعالیت لیپیدی، پاسخ ضد ویروسی ، پاسخ ایمنی ذاتی و مقاومت در برابر بیماری‌ها نقش دارند. ژنوتیپ لنفوسیت لوسمی گاوی GWAS SNP https://ijas.ut.ac.ir/article_93063_c24758fdf57c496dddae4991a6c92842.pdf