دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران علوم دامی ایران 2008-4773 46 1 2015 03 21 Identification of genomic regions associated with wool diameter in Iranian sheep breeds شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با قطر پشم در نژادهای گوسفند ایرانی 65 72 54592 10.22059/ijas.2015.54592 FA مهدیه راستی فر دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج اردشیر نجاتی جوارمی دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران و قطب علمی بهبود کمیت و کیفیت لاشة گوسفندان، کرج محمد حسین مرادی استادیار، دانشکدة کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه اراک، اراک رستم عبداللهی آرپناهی استادیار، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، پاکدشت Journal Article 2014 12 26 The objective of the present study was to scan the whole genome in sheep for identifying the loci associated with wool diameter. Blood samples were collected from 94 animals, consisting 47 samples per each Lori-Bakhtiary and Zel breeds. Genotyping of samples were performed using Ovine 50k SNP Chip arrays. Quality control filters were applied for the initial genotyping data and 48,056 SNPs belonging to 90 animals were used in the final analysis. The wool samples of these animals were collected and analyzed for the mean fiber diameter and the proportion of fiber that were equal or more than 30 µm using OFDA technology. The fixed effects of herd, birth date and sex were examined and the genome wide association study (GWAS) was performed using PLINK software where FDR correction was used to adjust the error rate. Considering the significant fixed effects in the genomic wide association analysis, three SNPs on chromosomes 1 and 6 (two SNPs) were identified that significantly affect (p<0.05) the trait proportion of fiber equal to or more than 30 µm. Study of genes that had previously been identified in these regions revealed the presence of major genes affecting the quality of wool in these regions.   هدف از این پژوهش پویش ژنوم گوسفند برای شناسایی جایگاه‌های مؤثر بر قطر پشم در نژادهای بومی کشور بود. برای این منظور نمونه‌های خون 94 حیوان، شامل 47 رأس از نژاد ایرانی زل و 47 رأس از نژاد ایرانی لری‌بختیاری تهیه شد و پس از استخراج DNA، نمونه‌ها با استفاده از آرایه‌های Ovine 50k SNP Chip تعیین ژنوتیپ شدند. داده‌های حاصل به منظور بررسی کیفی آنالیز شدند. پس از این مراحل، در نهایت مجموع 48056 نشانگر SNP مربوط به 90 حیوان آنالیز شدند. نمونة پشم این حیوانات نیز جمع‌آوری و صفات میانگین قطر الیاف و نسبت الیاف مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر، با استفاده از فناوری OFDA اندازه‌گیری شدند. در آنالیزهای آماری اثر عوامل ثابت گله، سال تولد و جنس حیوان بررسی شد. پس از شناسایی تأثیرات معنا‌دار، آزمون پویش ژنومی در نرم‌افزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح FDR استفاده شد. با در نظر گرفتن این نتایج در آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع سه جایگاه نشانگری روی کروموزوم‌های 1 و 6 با یک اثر معنا‌داری روی صفت نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر هستند، شناسایی شد (05/0p<). بررسی ژن‌های شناسایی‌شده در این مناطق نیز نشان‌دهندة وجود ژن‌های مهم تأثیرگذار بر کیفیت پشم در این مناطق است. https://ijas.ut.ac.ir/article_54592_a4c80a9536aec248a1dec482e1ce77ec.pdf