%0 Journal Article %T تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی %J علوم دامی ایران %I پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران %Z 2008-4773 %A پرنا, ناهید %A نجاتی جوارمی, اردشیر %A صادقی, مصطفی %A عبداللهی آرپناهی, رستم %D 2018 %\ 05/22/2018 %V 49 %N 1 %P 73-81 %! تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی %K رابطۀ خویشاوندی %K نشانگر %K همانند‌سازی %R 10.22059/ijas.2018.227090.653506 %X با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP­)، پیش­بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان­پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)‌های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی می­توان گروهی از حیوان‌ها را با تراشه­های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه­های کم­تراکم تعیین نژادگان­ (ژنوتیپ) کرد، سپس آن‌ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تأثیر سه تراشۀ کم­تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد‌شده به تراکم بالای 10k و رابطۀ ­خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش­های اصلاحی برآورد­شده در تراشه­های مختلف با استفاده از دادۀ همانند‌سازی­شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه­های کم­تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم­افزار FImpute صورت گرفت. به‌طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش­های اصلاحی برآورد­شده به‌دست‌آمده از تراشه­های مختلف افزایش پیدا کرد. به‌گونه‌ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشۀ کم­تراکم 4k و تراشۀ متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان­های تراشۀ 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی­های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصلۀ جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید، درستی اسناد کردن کاهش یافت. %U https://ijas.ut.ac.ir/article_67074_a5265a7d8eebcd0222b418389225982a.pdf