@article { author = {Golabadi, Hajar and Zaghari, Mojtaba and Zhandi, Mahdi}, title = {Effect of retinol acetate on immune system in male broiler breeder}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {313-319}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.224102.653490}, abstract = {The aim of this research was to determine effects of different levels of all-trans-retinol acetate on immunity performance of broiler breeder roosters and also to find the level with most immunity performance. * Treatments were consisted of 5 level all-trans-retinol acetate (0, 6000, 12000, 18000, 24000 IU/kg) added to basal diet. * 60 broiler breeder roosters were used from 45 to 48 weeks of their rearing period in a completely randomized design with 12 replicates per treatment. * Cell immune system response was measured by PHA-P sensitivity and blood immunity was measured by antibody titr against SRBC. * Titr of antibody against SRBC was affected by retinol acetate level (P<0.05) and blood immunity repose was increased by increasing level of retinol acetate. * Highest and lowest blood immune responses belong to 24000 and zero IU/kg treatments respectively (P≤0.03). * Increasing level of retinol acetate increased IgM (P≤0.04). * The results of cutaneous sensitively showed increasing effect of retinol acetate till 18000 IU/kg (P<0.05). * The results of this research showed that 18000 Iu/kg of retinol acetate resulted in best level of immune system in broiler breeder roosters, and this amount is higher than suggested amount by ROSS 308 catalogue.}, keywords = {Antibody,blood immunity,PHA-P,Rooster}, title_fa = {تأثیر سطوح مختلف رتینول استات بر سامانۀ ایمنی خروس‌های گلۀ مادر گوشتی}, abstract_fa = {این پژوهش به‌منظور بررسی تأثیر رتینول استات بر عملکرد سامانۀ ایمنی خروس­های گلۀ مادر گوشتی و همچنین مشخص کردن میزان رتینول استات ترانس در جیره برای بیشترین فعالیت­های ایمنی، انجام شد. بدین منظور از 60 قطعه خروس مادر گوشتی راس 308 استفاده شد. طرح آزمایشی در قالب طرح کامل تصادفی با پنج تیمار (0 (R-0)، 6000 (R-6)، 12000 (R-12)، 18000 (R-18)، 24000 (R-24) واحد بین‌المللی رتینول استات افزوده‌شده در هر کیلوگرم خوراک) و 12 تکرار در هر تیمار انجام شد. برای اندازه‌گیری میزان پاسخ سیستم ایمنی یاخته‌ای از روش حساسیت پوسَتی فیتوهماگلوتنین و ایمنی خونی از عیار (تیتر) پادتن (آنتی­بادی) علیه گلبول قرمز گوسفند (SRBC) استفاده شد. عیار پادتن علیه SRBC تحت تأثیر سطح رتینول استات قرار گرفت (05/0>P). با افزایش سطح رتینول استات میزان پاسخ ایمنی خونی افزایش یافت. بهترین پاسخ ایمنی خونی در گروه R-24 و کمترین پاسخ ایمنی خونی در گروه R-0 مشاهده شد (03/0=P). افزودن سطح رتینول استات باعث افزایش ایمونوگلوبولین­های M شد (04/0=P). نتیجۀ آزمون حساسیت پوستی گویای افزایش معنی­داری تأثیر رتینول استات تا سطح 18000 واحد بین‌المللی بود (05/0>P). به‌طورکلی، نتایج این تحقیق نشان داد، سطح 18000 واحد بین­المللی رتینول استات بهترین سطح به‌منظور ایجاد بیشترین توان سامانۀ ایمنی در خروس­های گلۀ مادر گوشتی است، که این میزان بالاتر از 12000 واحد بین‌المللی (توصیۀ راهنمای پرورش راس 308) برای خروس­ها بود.}, keywords_fa = {Antibody,blood immunity,PHA-P,Rooster}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64302.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64302_c24c679d1225352e83edc3435da4e412.pdf} } @article { author = {Mahmoodtabar, Aref and Karimi Torshizi, Mohammad Amir and Sharafi, Mohsen and Mojgani, Naheed}, title = {Comparing the effects of growth antibiotic promoter, some Iranian probiotics and similar imported products on performance, economic indicators and small intestinal morphology of broilers}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {321-334}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.236971.653541}, abstract = {This exprement was conducted to compare the effects of antibiotic and some Iranian and similar importedprobiotics on performance, economic indicators and intestine morphology of broilers. 540 1-day old broilers were used in a completly randomized design with 6 treatments and 5 riplicates per treatment. Pedi-Guard and Lacto-Feed were used as Iranian and Bactocell and Primalac probiotics as imported products. Treatments were: 1) basal diet (control) and basal diet with: 2) antibiotic, 3) Bactocell probiotic, 4) Pedi-Guard probiotic, 5) Primalac probiotic and 6) Lacto-Feed probiotic. Orthogonal contrasts were used to compare the effect of probiotics versus control and antibiotic, Iranian probiotics versus imported products and single strain probiotics versus multi strains. Primalac decreased feed intake and body weight gain, while antibiotic and Bactocell increased the feed intake and body weight gain in the starter period (P<0.05). These changes did not change the feed conversion ratio. Economic indices, production efficiency factor and body weight did not show any significant differences. Antibiotic reduced villus height, surface area and the crypt depth and the Primalac showed an increase in villus height and surface area in the jejunum (P<0.05). Contrast of antibiotic versus probiotics resulted in improvement in performance, gross profit, as well as decrease in jejunum length, crypt depth, villus height, and surface area (P<0.05). Reduction in crypt depth in ileum was the only change caused by using Iranian probiotics versus imported products (P<0.05). As general conclusion, Iranian probiotics, imported probiotics and antibiotic were different from control group when judge based on performance and economic indexes.}, keywords = {broiler,economic evaluation,gut health,Iranian probiotics,performance}, title_fa = {مقایسۀ تأثیر پادزیست محرک رشد با برخی زیست‌یار‏های داخلی و محصولات همسان وارداتی بر شاخص‏های عملکردی، اقتصادی و ریخت‏شناسی رودۀ کوچک در جوجه‏های گوشتی}, abstract_fa = {این آزمایش باهدف بررسی‌ و ارزیابی تأثیر پادزیست (آنتی‏بیوتیک) محرک رشد با برخی زیست‌یار (پروبیوتیک)‏های داخلی و فرآورده‌های همسان وارداتی بر عملکرد، شاخص‏های اقتصادی و ریخت‏شناختی رودۀ کوچک با شمار 540 قطعه جوجۀ یک‌روزۀ گوشتی در قالب طرح کامل تصادفی با شش تیمار و پنج تکرار انجام شد. زیست‌یار‏های پدی‏گارد و لاکتوفید به‏عنوان فرآورده‌های داخلی و زیست‌یار‏های باکتوسل و پریمالاک به‏عنوان فرآورده‌های وارداتی استفاده شد. تیمارها شامل: 1- جیرۀ پایه (شاهد) و جیرۀ پایه به همراه 2- پادزیست 3- زیست‌یار باکتوسل 4- زیست‌یار پدی‏گارد 5- زیست‌یار پریمالاک 6- زیست‌یار لاکتوفید بودند. مقایسۀ مستقل برای مقایسۀ تأثیر زیست‌یار در برابر گروه‏های شاهد و پادزیست، زیست‌یار‏های ایرانی در برابر وارداتی و زیست‌یار‏های تک‏سویه در برابر چندسویه استفاده شد. در دورۀ آغازین پریمالاک باعث کاهش و تیمارهای پادزیست و باکتوسل موجب افزایش در خوراک مصرفی و افزایش وزن بدن شدند (05/0>P). این تغییرات تأثیری بر ضریب تبدیل غذایی نداشت (05/0>P). شاخص‏های اقتصادی، شاخص تولید و وزن بدن بین تیمارها تفاوت معنی‏دار نشان ندادند. پادزیست موجب کاهش طول پرز، سطح پرز و عمق کریپت شد و پریمالاک افزایش در ارتفاع و سطح پرز در میان‌روده (ژژونوم) را نشان داد (05/0>P). در مقایسۀ مستقل پادزیست در برابر زیست‌یار موجب بهبود در عملکرد، سود ناخالص و همچنین کاهش در طول میان‌روده، عمق کریپت، ارتفاع و سطح پرز شد (05/0>P). کاهش عمق کریپت در انتهای رودۀ کوچک (ایلئوم) تنها تغییر ایجادشده با مصرف زیست‌یار‏های داخلی در برابر فرآورده‌های وارداتی بود (05/0>P). به‌عنوان نتیجه‌گیری کلی، تفاوت معنی‏داری بین زیست‌یار‏های ایرانی، وارداتی و پادزیست آزمایشی نسبت به گروه شاهد در شاخص‏های عملکردی و اقتصادی در کل دوره مشاهده نشد.}, keywords_fa = {broiler,economic evaluation,gut health,Iranian probiotics,performance}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64303.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64303_b9daf75ae2c66bf2f8b8ec6f3f560f0c.pdf} } @article { author = {Ala Amjadi, Motahareh and Mehrabani yegahneh, Hassan and Sadeghi, Mostafa}, title = {Study of Genetic variation in Iranian Kurdish horse using microsatellite marker}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {335-342}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.237799.653544}, abstract = {In this research genetic variation  using  6  microsatellite  loci  (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02,  ASB23)  was studied in Iranian Kurdish horse population .Whole blood samples were randomly collected  from  52 horses in  Kurdistan, Kermanshah, Elam, Western Azerbaijan, Esfahan, Kerman and Hamadan regions. DNA was extracted from blood samples. Polymerase chain reaction (PCR) was used for amplification of 6   microsatellite loci using pairs of standard specific primers. Then, the PCR products assessed with 8% silver-staining acrylamide gel and electrophoresed. All microsatellites loci were polymorphic. The number of alleles observed and expected hetrozygosities were calculated with Shannon Index. The largest and smallest number of alleles were observed in HMS07 locus (10 alleles) and HMS02 (4 alleles) respectively. Our results confirmed the high efficiency of microsatellite markers for assessing population structure in Iranian native horses.}, keywords = {Kurdish horse,microsatellite markers,polymorphisms}, title_fa = {بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت اسب کرد ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره}, abstract_fa = {در این تحقیق با استفاده از شش نشانگر ریزماهواره (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02, ASB23) تنوع ژنتیکی درون جمعیت 52 نمونه اسب کرد اصیل که از استان­های کردستان، کرمانشاه، ایلام، آذربایجان غربی، اصفهان، کرمان و همدان به‌طور تصادفی نمونه‌گیری شده‌اند، بررسی شد. از نمونۀ خون­های گرفته‌شده DNA به روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) برای افزونش قطعه‌های شش جایگاه ریزماهواره با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی به‌صورت استاندارد انجام شد. آنگاه محصولات  PCRشش جایگاه روی ژل اکریل آمید 8 درصد، الکتروفورز و رنگ‌آمیزی شد. جایگاه­ها در جمعیت مورد بررسی، چندشکلی بالایی را نشان دادند. شمار آلل­های مشاهده‌شده و آلل­های مؤثر و میزان ناخالصی (هتروزیگوسیتی) مورد انتظار و مشاهده‌شده و شاخص شانون برای همۀ جایگاه­ها محاسبه شد. نتایج این تحقیق نشان داد، شمار آلل­های شش جایگاه مورد بررسی، از 4 تا 10 آلل متغیر بودند. بیشترین آلل در جایگاه  HMS07 (ده آلل) و کمترین آلل در جایگاه HMS02 (چهار آلل) مشاهده شد. با توجه به نتایج مشاهده‌شده، جایگاه­های ریزماهوارۀ مورد استفاده چندشکلی بالایی در جمعیت اسب کرد داشتند و می‌توان از چندشکلی بالای آن‌ها در بررسی‌های بعدی، به‌ویژه در بررسی‌های ژنتیک جمعیت استفاده کرد. آلل­ها و دامنه­های آللی جدید در اسب کرد، گویای تفاوت ساختاری جمعیتی آن‌ها با دیگر نژادهای اسب مورد بررسی در تحقیقات دیگر مانند اسب ترکمن و عرب است.}, keywords_fa = {Kurdish horse,microsatellite markers,polymorphisms}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64304.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64304_db26cd008af6354fcb1a13de87ffd326.pdf} } @article { author = {Sharifi, Somayeh and Pakdel, Abbas and Ebrahimie, Esmaeil}, title = {Meta-analysis of transcriptomic data of mammary gland infected by Escherichia coli Bacteria in dairy cows}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {343-352}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.232123.653524}, abstract = {Identification of disease-causing genes that underlie complex traits such as susceptibility to disease not only can improve diagnosis and the prevention of illness, but also help breeder to select resistance animals against diseases. In the current study to aim the higher power of statistical analysis to identification of genes and biological pathways related to mastitis disease, we used Fisher meta-analysis to combine p-values obtained from individual analysis of datasets extracted from 6 microarray-based studies which investigate transcriptomic data of mammary gland tissue infected by Escherichia coli (E. coli) in dairy cows. Identification of genes that did not show a significant p-value in any of the independent studies may confirm the aim and lead to introduce a more complete set of biological pathways involved in this disease such as the pathways related to immune response, inflammation, proteolysis, growth, and death of cell. Positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter, is new pathways related to this disease which despite of the enrichment by maximum number of up-regulated genes in this study, have not been reported in previous mastitis studies.}, keywords = {Dairy Cows,Differential express gene,Escherichia coli,gene ontology,Mastitis}, title_fa = {فراتحلیل (متا-آنالیز) داده‌های بیان ژن بافت پستان آلوده‌شده با باکتری اشریشیاکلی در گاوهای شیری}, abstract_fa = {تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها می‌تواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر می‌شود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ورم پستان، از فراتحلیل به روش Fisherبرای یکی کردن p-value‌های به‌دست‌آمده از تجزیۀ انفرادی داده‌های شش بررسی‌ ریزآرایه که بیان ژن بافت پستان هنگام درگیری با باکتری اشریشیاکلی (E. coli) در گاوهای شیری را بررسی کرده بودند، استفاده شد. شناسایی ژن‌هایی که در هیچ‌یک از بررسی‌های انفرادی معنی­دار نشده بودند می­تواند تأییدکنندۀ هدف بیان شده باشد که منجر به ارائۀ مجموعۀ کامل‌تری از مسیرهای زیستی مرتبط با سامانۀ ایمنی، التهاب، تجزیۀ پروتئین (پروتئولیز) و مسیرهای مرتبط با رشد و افزونش و مرگ یاخته‌ای شد."کنترل مثبت بیان پروموتور RNA پلیمراز II"مسیر جدیدی در رابطه با این بیماری است که با وجود در بر گرفتن بیشترین شمار ژن در این بررسی‌، در بررسی‌های گذشتۀ مرتبط با ورم پستان گزارش نشده است.}, keywords_fa = {Dairy Cows,Differential express gene,Escherichia coli,gene ontology,Mastitis}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64307.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64307_aa308b056704387d54bf583cc3f6a41c.pdf} } @article { author = {Khalaj Hedayati, Ali and Chashnidel, Yadollah and Dehghan banadaki, Mahdi and Teimori Yansari, Asadollah}, title = {Effects of different processing of soaybean meal on ruminal degradability parameters and intestinal digestibility of crude protein and amino acids in Holstein cows}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {353-362}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.225342.653495}, abstract = {Three Non-lactating Holstein cows equipped with ruminal cannulas were used to determine the impact of different methods of treating soybean meal (SBM) on the ruminal degradability and intestinal digestibility of crude protein and amino acids (AA). Solvent-extracted SBM (Control), Meal processed by adding 25% (w/w) water and heated at 150 °C for 30 minutes (treatment 2), Meal heated at 150 °C for 30 minutes (treatment 3), and meal melted xylose by adding 3 moles per mole of lysine and heated at 150 °C for 30 minutes (treatment 4), were incubated in the rumen in nylon bags for 0, 2, 4, 8, 16, 24, and 48 h according to National Research Council (2001) guidelines. Processing of SBM caused the rapidly degradable CP fraction, slowly degradable CP fraction and the constant degradation rate of crude protein was reduce, increase and decreased, respectively (P <0.05).  There has a significant differences between treatment on the ruminal disappearance of amino acids except threonine and glycine (P<0.05). Intestinal disappearance of crude protein had no difference between treatments. However, the rate of disappearance of essential amino acids except threonine had differences between treatments (P <0.05). Processing with xylose improved bioavailability of the lysine (P <0.05). Results had shown that there have differences between RUP amino acid profile of original SBM and processed products.}, keywords = {Amino acid,intestinal digestibility,Rumen degradability,soybean meal}, title_fa = {تأثیر روش‌های مختلف فرآوری بر مؤلفه‌های تجزیه‌پذیری شکمبه‌ای و قابلت هضم روده‌ای پروتئین خام و اسیدهای آمینۀ کنجالۀ سویا در گاوهای هلشتاین}, abstract_fa = {به‌منظور تعیین تأثیر روش‌های مختلف فرآوری کنجالۀ سویای تولیدی از روغن‌کشی به روش حلال بر تجزیه‌پذیری شکمبه‌ای و قابلیت هضم روده‌ای پروتئین خام و اسیدهای آمینه از سه رأس گاو شیری هلشتاین غیرشیرده دارای کانولای شکمبه‌ای استفاده شد. تیمارهای آزمایشی شامل: 1) کنجالۀ سویای فرآوری‌نشده (شاهد)، 2) کنجالۀ فرآوری‌شده با افزودن 25 درصد آب و گرمادهی در دمای 150 درجۀ سلسیوس به مدت 30 دقیقه، 3) کنجالۀ گرما داده شده در دمای 150 درجۀ سلسیوس به مدت 30 دقیقه و 4) کنجالۀ فرآوری‌شده با افزودن 3 مول زایلوز به ازای هر مول لیزین و گرما داده شده در دمای 150 درجۀ سلسیوس به مدت 30 دقیقه، در زمان‌های 0، 2، 4، 8، 16، 24 و 48 ساعت درون کیسه‌های نایلونی در شکمبه جاگذاری و نگهداری (انکوباسیون) شدند. فرآوری کنجالۀ سویا، میزان تجزیۀ پروتئین خام را در بخش‌های تجزیه با روند سریع، کند و ثابت به ترتیب کاهش، افزایش و کاهش داد (05/0P<). فرآوری بر درصد ناپدید شدن شکمبه‌ای اسیدهای آمینه به‌جز ترئونین تأثیر معنی‌داری داشت (05/0>P).ناپدید شدن روده‌ای پروتئین خام تفاوت معنی‌داری بین تیمارها نشان نداد، اما تفاوت‌های معنی‌داری در میزان ناپدید شدن اسیدهای آمینۀ ضروری به‌جز ترئونین بین تیمارهای آزمایشی مشاهده شد (05/0 P<). فرآوری با زایلوز موجب افزایش زیست‌فراهمی اسیدآمینه لیزین شد (05/0P<). این نتایج نشان داد، ترکیب اسیدآمینه‌ای پروتئین عبوری کنجالۀ سویا و فرآورده‌های آن با پروتئین خوراک اولیه متفاوت است.}, keywords_fa = {Amino acid,intestinal digestibility,Rumen degradability,soybean meal}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64309.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64309_0a0c776648ff7ea061d67f20bef19f09.pdf} } @article { author = {Ghorbani, Fatemeh and Muhaghegh-Dolatabady, Mustafa}, title = {Expression analysis of trypsin gene in pancreatic tissue of broiler chicken fed diets containing oak acorn}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {363-370}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.226942.653502}, abstract = {Recently, the significance of oak as an alternative feed for corn replacement in chicken diets is well documented. However, this feed contains antinutrien factor called tannin that has limited use of this feed in the poultry diets. One of these restrictions is combination of tannins with diets proteins that lead to disturbance in function of digestive enzymes. Therefore, the aim of this study was to investigate the expression of trypsin gene in the pancreas tissue of broiler chicken fed tannin containing oak diets. In this experiment, three diets (control, 15% and 20% oak) were fed to broilers from 1 to 42 days of age. On days 21 and 42, total RNA extracted from pancreatic tissue of 36 broiler chicken (18 for each time, 6 for each treatment). To study of gene expression, the trypsin expression was compared with β-actin gene as a reference gene. For gene expression analysis, the REST, V2.0.13 2009 software was used. No significant association was found between pancreases relative weight and different treatments on day 21, but the relation between the relative weight of pancreases and diets on day 42 was significant for 20 percent of oak acorn. The mRNA expression level of trypsin gene was significantly higher in the 20 percent of oak acorn on day 21, but their differences were not significant in compared to control diet on day 42. In addition, significant correlation was found between gene expression of trypsin and relative weight of pancreases on day 42.}, keywords = {broiler,gene expression,Oak,trypsin}, title_fa = {بررسی بیان ژن تریپسین در بافت پانکراس جوجه‌های گوشتی تغذیه‌شده با آرد بلوط}, abstract_fa = {هدف از این بررسی ارزیابی بیان ژن تریپسین در بافت پانکراس جوجه­های گوشتی تغذیه‌شده با جیره‌های بلوط تانن­دار بود. در این آزمایش، از سه جیره (شاهد یا کنترل، جیرۀ حاوی 15 درصد و جیرۀ حاوی 20 درصد بلوط) برای تغذیۀ جوجه‌های گوشتی در طول دورۀ 42 روزه استفاده شد. در روزهای 21 و 42 روزگی، از 36 جوجۀ گوشتی (18 جوجه برای هر زمان، شش جوجه برای هر تیمار) RNA کل از بافت پانکراس استخراج شد. برای بررسی بیان ژن تریپسین، از ژن بتا اکتین به‌عنوان ژن مرجع استفاده شد. برای تجزیۀ داده‌های بیان ژن از نرم‌افزار REST,  2009, V2.0.13 و SAS استفاده شد. نتایج نشان داد، وزن نسبی پانکراس در سن 21 روزگی در بین تیمارهای آزمایشی تفاوت نداشت، اما در سن 42 روزگی، وزن پانکراس در تیمار 20 درصد نسبت به تیمارهای شاهد و 15 درصد افزایش معنی‌داری داشت. بیان ژن تریپسین در سن 21 روزگی در تیمار 15 درصد نسبت به تیمار شاهد تغییر معنی‏داری نداشت اما در همین سن بیان ژن تریپسین در تیمار 20 درصد نسبت به تیمار شاهد به‌طور معنی‌داری افزایش یافت. در سن 42 روزگی در تیمار 15 و 20 درصد بیان ژن تریپسین نسبت به تیمار شاهد تفاوت معنی‌داری نداشت. بر پایۀ نتایج این بررسی، در سن 21 روزگی سطح 20 درصد بلوط در جیره منجر به افزایش بیان ژن تریپسین شد، درحالی‌که در سن 42 روزگی  استفاده از 15 و 20 درصد بلوط تغییر معنی‌داری در بیان ژن تریپسین ایجاد نکرد. همچنین، همبستگی معنی‌داری بین بیان ژن تریپسین در پانکراس و وزن نسبی پانکراس در روز 42 روزگی مشاهده شد (01/0P<).}, keywords_fa = {broiler,gene expression,Oak,trypsin}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64311.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64311_1810f83fd725cf8e18a69f89dd1ee55b.pdf} } @article { author = {Ghiasi, Heydar and Khaldari, Majid}, title = {The study of possibility of genetic selection in order to increase the uniformity of body weight in Japanese quail}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {371-377}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.240089.653553}, abstract = {The aim of this research was to estimate genetic parameters for mean and residual of body weight in Japanese quail. A total of 2629 quail body weight records at 28 days old were used in this research. Double hierarchical generalized linear model (DHGLM) was used to estimate (co) variance components using ASREML 4.0 software. Additive genetic variance for mean and residual were 189.59 and 0.18, respectively and were statistically significant (p<0.01). The genetic standard deviation for residual of body weight was 0.42. Therefore decreasing estimated breeding value of residual by 1 genetic standard deviation can increase the uniformity of body weight at 28 days old by 42%. Heritability for mean (0.51) was larger than the heritability for the residual (0.02). Although heritability for residual was low but it was significant (p<0.01). The Spearman rank correlation between estimated breeding values in mean and dispersion was low (0.094). Low and unfavorable genetic correlation (0.09) was obtained between mean and residual. The results obtained in this research show the residual of body weight records at 28 days old is under control of additive genetic variance and uniformity can be achieved by means of genetic selection.}, keywords = {Body weight,Japanese quail,residual variance,uniformity of body weight}, title_fa = {برآورد و امکان‌سنجی انتخاب فراسنجه‌های ژنتیکی برای افزایش یکنواختی وزن بدن در بلدرچین ژاپنی}, abstract_fa = {هدف از این پژوهش، برآورد و امکان‌سنجی انتخاب فراسنجه‌های ژنتیکی برای بخش واریانس باقی‌مانده و بخش میانگین صفت وزن بدن در بلدرچین ژاپنی بود. در این بررسی شمار 2629 رکورد وزن بدن بلدرچین در سن 28 روزگی استفاده شد. فراسنجه‌­های ژنتیکی با استفاده از مدل آماریDouble Hierarchical Generalized Linear Model  در نرم‌افزار ASREML 4.0 برآورد شد. واریانس ژنتیک افزایشی برآوردشده برای بخش میانگین و بخش واریانس باقی‌مانده به ترتیب 55/189 و 18/0 و از نظر آماری معنی‌دار بودند (01/0P<). انحراف معیار افزایشی بخش واریانس باقی‌مانده برابر 42/0 بود، یعنی کاهش در میانگین ارزش­های اصلاحی بخش واریانس باقی‌مانده به میزان یک انحراف معیار ژنتیک افزایشی سبب 42 درصد افزایش در میزان یکنواختی وزن بدن در 28 روزگی می‌شود. وراثت‌پذیری برآوردشده برای بخش میانگین (51/0) بیشتر از وراثت‌پذیری برآوردشده برای بخش واریانس باقی‌مانده (02/0) بود. به‌رغم کم بودن وراثت‌پذیری بخش واریانس باقی‌مانده، این میزان از نظر آماری نسبت به صفر تفاوت معنی‌داری داشت (01/0P<). همبستگی رتبه­ای اسپیرمن کمتری (094/0) بین ارزشهای اصلاحی برآوردشده برای بخش میانگین و بخش واریانس باقی‌مانده به دست آمد. همبستگی ژنتیکی نامطلوب و کم (09/0) بین ارزشهای اصلاحی بخش میانگین با ارزش­های اصلاحی بخش واریانس باقی‌مانده، برآورد شد. نتایج این بررسی نشان داد، بخش واریانس باقی‌ماندۀ صفت وزن بدن بلدرچین در 28 روزگی، تحت کنترل اثر ژنتیک افزایشی بوده که می­توان با انتخاب ژنتیکی میزان یکنواختی گله برای این صفت را افزایش داد.}, keywords_fa = {Body weight,Japanese quail,residual variance,uniformity of body weight}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64589.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64589_3f7235ac4f2b5eaf3b25cbb95a619f35.pdf} } @article { author = {Jozghassemi, Shahrzad and Amanlou, Hamid and Dehghan-banadaki, Mehdi and Nagaraja, T.G.}, title = {Effects of tylosin injection in dry period on the performance and serum chemistry in dairy cows after parturition}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {379-389}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.238769.653546}, abstract = {To investigate the effects of tylosin injection in dairy cows at dry period on performance, milk composition and some blood parameters in subsequent lactation, 120 Holstein cows with a mean weight of 720±20Kg were used. Treatments were no tylosin (treatment 1; control group), injected 0.025 (treatment 2 low tylosin; LT) and 0.05 (treatment 3 high tylosin; HT) ml tylosin 20% per kg of body weight per day for 3 days after drying days. To determine biochemical parameters blood samples were collected at the drying day and 0, 7, 14, and 21 of lactation. Data of milk production and composition were collected for 4 months after calving. The difference between serum total protein concentration between treatments tended to be significant (P=0.051).  Aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (ALP) activities were lower in the control group (P<0.05). The activity of creatine kinase (CK) tended to be significant (P=0.053) with tylosin injection. Milk production, milk protein and fat contents, calving parameters and periparturition disorders did not affect by tylosin injection (P>0.05). The incidence of mastitis in the groups receiving tylosin was significantly lower than the control group (P <0.05). Results suggest that tylosin do not cause dramatic changes in serum clinical chemistry profiles, but it was effective in reducing the occurrence of mastitis and had no negative effect on parturition, disorders around it and calf losses until 2 month of age.}, keywords = {Dairy Cows,dry period,tylosin}, title_fa = {بررسی تأثیر تزریق تایلوزین در دورۀ خشکی بر عملکرد و فراسنجه‌های خونی گاوهای شیری، پس از زایش}, abstract_fa = {با هدف بررسی تأثیر تزریق تایلوزین به گاوهای شیری در دورۀ خشکی بر توان تولیدی، ترکیب‌های شیر و برخی از فراسنجه‌های خونی در دورۀ شیردهی بعدی، 120 رأس گاو هلشتاین با میانگین وزن 20±720 کیلوگرم در زمان خشک کردن به تیمارهای آزمایشی بدون تزریق تایلوزین (تیمار 1: تیمار شاهد)، تزریق 025/0 (تیمار 2: LT ) و 05/0 ( تیمار 3: HT) میلی‌لیتر تایلوزین 20 درصد به ازای هر کیلوگرم وزن بدن در هر روز به مدت سه روز پس از خشک کردن گاو، اختصاص داده شدند. نمونه‌های خون برای تعیین فراسنجه‌های بیوشیمیایی در زمان خشک کردن گاو، روز زایش و 7، 14 و 21 روز پس از زایش گردآوری شدند. اطلاعات مربوط به تولید و ترکیب‌های شیر تا 4 ماه پس از زایش گردآوری شدند. تفاوت در غلظت پروتئین کل سرم بین تیمارها تمایل به معنی‌داری داشت (051/0P=). فعالیت آسپارتات آمینو ترانسفراز (AST) و آلکالاین فسفاتاز (ALP) در گروه شاهد کمتر بود (05/0P<). فعالیت کراتین کیناز (CK) با تزریق تایلوزین تمایل به معنی‌داری داشت (053/0P=). تولید و ترکیب‌های شیر، شمار یاخته‌های بدنی (SCC)، فراسنجه‌های گوساله‌زایی و ناهنجاری‌های مرتبط با زایمان تحت تأثیر تزریق تایلوزین قرار نگرفتند (05/0P>). رخداد ورم پستان در گاوهایی که به آن‌ها تایلوزین تزریق شده بود، به‌طور معنی‌داری کمتر از گروه شاهد بود (05/0P<). نتایج نشان داد، تایلوزین تغییر قابل‌توجهی در فراسنجه‌های سرم ایجاد نمی‌کند ولی در کاهش رخداد ورم پستان مؤثر بوده و تأثیر منفی بر زایمان و نا‌هنجاری‌های حین زایمان و تلفات گوساله تا دوماهگی نداشته است.}, keywords_fa = {Dairy Cows,dry period,tylosin}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64590.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64590_073225c9bf43c2b1140d9a0aa6ad7f26.pdf} } @article { author = {Abdollahi Arpanahi, Rostam and Razkabir, Mohammad and Sayadnejad, Mohammadbagher and Eghbal, Alireza}, title = {Determination of the number of test day records is required to replace lactation model with random regression model?}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {391-398}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.240961.653555}, abstract = {With development of mixed models, lactation model (LM) was replaced with random regression model (RRM). However, the minimum number of required test day (TD) records per animal to replace LM with RRM is a challenge in genetic evaluations. In this study, 381,236 test day records of 44,117 first parity dairy cattle which collected by Animal Breeding Center of Iran were used from 2006 to 2016. Based on number of TD records per animal, cows were divided into five groups by restricting cows that presented at least 2, 4, 6, 8 or 10 test day records in the lactation. The rank correlation between predicted breeding values (EBV) for LM and RRM irrespective of number of TD records was relatively moderate (0.44) and the rank correlation between two models using at least 2 TD records was 0.71. When 10 top percent of cows were used for comparison of LM with RRM, the rank correlation decreased to 0.08. The correlation of EBV of cows with ≥2 TD records with cows with ≥10 records in RRM was 0.85. The mean of breeding values accuracy in RRM was 4% higher than LM. Overall, use of RRM has advantages over LM and it is suggested to use RRM with at least 2 TD records instead of LM for genetic evaluation of milk yield trait. }, keywords = {Holstein,lactation model,Milk production,random regression,rank correlation}, title_fa = {تعیین شمار رکورد روز آزمون موردنیاز هر دام برای جایگزینی مدل رگرسیون تصادفی با مدل متداول دورۀ شیردهی}, abstract_fa = {با توسعۀ مدل‌های آماری مختلط برای ارزیابی صفات تکرارشده در طول زمان، مدل رگرسیون تصادفی (RRM) جایگزین مدل دورۀ شیردهی (LM) شده است. کمترین شمار رکورد روز آزمون لازم در هر دورۀ شیردهی به ازای هر حیوان برای جایگزینی LM با RRM یک چالش در ارزیابی ژنتیکی است. در این بررسی از 381236 رکورد روز آزمون مربوط به 44117 گاو شیری از هشت گله با دورۀ شیردهی اول استفاده شد. بر پایۀ شمار رکورد روز آزمون هر دام، گاوها در پنج گروه حداقل دو رکورد روز آزمون (2≥)، حداقل چهار رکورد روز آزمون (4≥)، حداقل شش رکورد روز آزمون (6≥)، حداقل هشت رکورد روز آزمون (8≥) و حداقل ده رکورد روز آزمون (10≥) دسته­بندی شدند. همبستگی رتبه­ای بین ارزش­های اصلاحی RRM و LM با استفاده از همۀ رکوردها بدون توجه به شمار رکورد روز آزمون هر دام 44/0 برآورد شد و همچنین همبستگی بین دو مدل با استفاده از 2≥ رکورد روز آزمون 71/0 برآورد شد. هنگامی‌که 10 درصد دام‌های برتر در دو مدل با هم مقایسه شدند، همبستگی بین RRM و LM به کمتر از 08/0 کاهش یافت. در RRM همبستگی بین EBV گاوهای برتر با حداقل دو رکورد روز آزمون با حداقل ده رکورد روز آزمون برابر با 85/0بود. میانگین درستی EBV­ها با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی 65/0 و در مدل دورۀ شیردهی 61/0 به دست آمد. به‌طورکلی استفاده از RRMهنگامی بیش از دو رکورد روز آزمون به ازای هر حیوان استفاده شود نسبت به LM ارجح است و لذا پیشنهاد می­شود از RRM باحداقل دو رکورد روز آزمون به‌جای LM استفاده شود.}, keywords_fa = {Holstein,lactation model,Milk production,random regression,rank correlation}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64591.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64591_f8a5b159cac7146a611154537952b64e.pdf} } @article { author = {Derakhshan Nia, Soghra and Azarfar, Arash and Azizi-Shotorkhoft, Ayoub and Taghizadeh, Mehrdad}, title = {Effect of fennel (Foeniculum vulgare) and cumin (Carum carvi) powder and Saccharomyces cerevisiae in comparison with monensin on in vitro gas production parameters, protozoa population and microbial enzyme activity of sheep}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {399-410}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.243102.653564}, abstract = {The aim of present research was to investigate effects of supplementation lambs’ fattening diet with fennel and cumin powder and Saccharomyces cerevisiaein comparison with monensin on in vitro gas production and fermentation parameters, nutrient digestibility, microbial enzyme activity and protozoa population. Seven experimental diets were 1) control diet (basal diet) and supplementing control diet with 2) 8 g fennel (F) + 8 g cumin (C) powder per kg DM (1 to 1 ratio), 3) 12 g F + 4 g C (75 to 25 ratio), 4) 5 g yeast per kg diet DM, 5) 5 g yeast + 8 g F + 8 g C (1 to 1 ratio), 6) 5 g yeast + 12 g F + 4 g C (75 to 25 ratio), and 7) 30 mg monensin per kg diet DM. Diets were incubated in rumen liquor in a completely randomized design. The highest gas production during 24 and 48 h of incubation, total gas production, short chain fatty acids, organic matter digestibility and estimated metabolizable energy were observed in the diet containing yeast along with F and C (75 to 25 ratio) compared to control diet (P <0.05). Diet containing yeast along with the same ratio of F and C resulted in the highest gas production during 72 h of incubation, gas production from the insoluble, but fermentable fractions (b), filter paper degrading and α-amylase activities compared to control diet and diet containing monensin (P <0.05). The highest total protozoa population (P <0.10) and sub-family of Diplodiniinae (P≥ 0.05) was observed in control diet compared to diet supplemented with yeast along with the 1 to 1 ratio of F and C.  In conclusion, we found that cumin and fennel powders along with saccharomyces cerevisiae are promising alternatives to monensin in lambs fattening diets, and that their dietary inclusion improved gas production and nutrients’ degradability by modifying rumen fermentation in vitro.  }, keywords = {Enzyme activity,fennel and cumin powder,Gas production,protozoan population,yeast}, title_fa = {تأثیر پودر دانه‌های رازیانه (Foeniculum vulgare) و زیره (Carum carvi) و مخمرها بر فراسنجه‌های تولید گاز، جمعیت تک‌یاختگان و فعالیت آنزیم‌های میکروبی شکمبۀ‌ گوسفند در شرایط آزمایشگاهی}, abstract_fa = {هدف از این پژوهش، بررسی تأثیر افزودن پودر دانۀ رازیانه (Foeniculum vulgare)، زیره (Carum carvi) و مخمر ساکارومایسس سرویسیه در مقایسه با موننسین بر آزمون تولید گاز، فراسنجه‌های تخمیر، قابلیت هضم مواد مغذی، جمعیت تک‌یاختگان (پروتوزوا) و فعالیت آنزیمی شکمبه­ بود. هفت جیرۀ آزمایشی شامل 1) جیرۀ شاهد و مکمل کردن جیرۀ شاهد با 2) 8 گرم رازیانه + 8 گرم زیره (نسبت 1 به 1)، 3) 12 گرم رازیانه + 4 گرم زیره (به نسبت 75 به 25)، 4) 5 گرم مخمر ساکارومایسس سرویسیه، 5) 5 گرم مخمر ساکارومایسس سرویسیه + 8 گرم رازیانه و 8 گرم زیره (نسبت 1 به 1)، 6) 5 گرم مخمر ساکارومایسس سرویسیه + 12 گرم رازیانه + 4 گرم زیره (به نسبت 75 به 25) و 7) 30 میلی‌گرم موننسین در کیلوگرم مادۀ خشک با استفاده از شیرابۀ شکمبه در قالب طرح کامل تصادفی نگهداری (انکوبه) شد. بیشترین میزان گاز تولیدی در زمان 24 و 48 ساعت نگهداری (انکوباسیون)، کل حجم گاز تولیدی، میزان اسیدهای چرب کوتاه زنجیر، قابلیت هضم ظاهری مادۀ آلی و برآورد انرژی قابل سوخت‌وساز (متابولیسم) در جیرۀ مکمل شده با مخمر همراه با پودر رازیانه و زیره (به نسبت 75 به 25) نسبت به جیرۀ شاهد مشاهده شد (05/0>P). بیشترین حجم گاز تولیدی در زمان 72 ساعت نگهداری، قابلیت تولید گاز (b)، فعالیت آنزیم‌های تجزیه‌کنندۀ کاغذ صافی و آلفا آمیلاز در تیمار مکمل شده با مخمر و نسبت 1 به 1 زیره به رازیانه در مقایسه با جیرۀ مکمل شده با موننسین و جیرۀ شاهد به دست آمد. بیشترین میزان کل جمعیت پروتوزوا (10/0>P) و زیرخانوادۀ‌ دیپلودینیا (05/0≥P) در تیمار شاهد و کمترین آن در جیرۀ مکمل شده با رازیانه و زیره (به نسبت 1 به 1) همراه با مخمر مشاهده شد. در کل، نتایج این تحقیق نشان داد، پودر رازیانه و زیره همراه با مخمر ساکارومایسس سرویسیه تولید گاز و قابلیت هضم مواد مغذی را از راه تعدیل کردن تخمیر شکمبه‌ای در شرایط آزمایشگاهی بهبود بخشید.}, keywords_fa = {Enzyme activity,fennel and cumin powder,Gas production,protozoan population,yeast}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64639.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64639_4bccfe99b0ab68b5fae10485b188ba9b.pdf} } @article { author = {Nikoukar, Afsaneh and Torabi, Sasan}, title = {The application of copulas approach in determining heat stress based index insurance premium for dairy cows in Damavand county}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {411-427}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.235025.653533}, abstract = {Designing and implementing temperature-humidity index insurance is a proper risk management tool that can lower animal breeder loss against heat stress and can lead to their income stability. Given this important issue in the present study, this insurance system has been designed for dairy cattle production in Damavand County. The required data were collected monthly from Damavand County’s agricultural and meteorological organizations in a time span ranging between 2012 and 2016. Given the flexibility of copula approach and its high accuracy in measuring dependency structure, this method was employed to account for joint distribution function and to measure expected loss. The results indicated that a strong dependency exists between dairy cow yield and temperature-humidity index, and this dependency can be better explicated through negative rotating Clayton index than any other copulas. The premium amount for each dairy cow has been calculated as 610650 Rials at 100 percent coverage level. Additionally, the expected loss resulted from heat stress at the 100 percent coverage level has been calculated as 42 kilograms within a month for each dairy cow. Considering the total number of dairy cows in the town, i.e. 2207 cows, the total loss resulted from heat stress has been calculated as 92694 kilograms and over 1.2 billion Rials within a month. With regard to the great loss resulted from heat stress and the importance of milk in the health of societies, it is recommended that the officials and policy-makers devote a particular attention to designing this insurance system throughout country.}, keywords = {Dairy Cows,Damavand,Temperature-humidity index,Weather-based index insurance}, title_fa = {کاربرد تابع‌های مفصل در تعیین حق بیمۀ مبتنی بر شاخص تنش گرمایی گاوهای شیری (بررسی: شهرستان دماوند)}, abstract_fa = {طراحی و اجرای بیمۀ آب و هوایی شاخص دما-رطوبت یک ابزار مناسب مدیریت خطرپذیری است که می‌تواند آسیب و زیان دامداران را در برابر تنش گرمایی کاهش داده و به تثبیت درآمد آن‌ها منجر شود. با توجه به این مهم در این پژوهش، این نظام بیمه‌ای برای فعالیت پرورش گاو شیری در شهرستان دماوند طراحی شده است. داده‌های مورد نیاز به‌صورت ماهانه و از مدیریت جهاد کشاورزی و ایستگاه هواشناسی شهرستان دماوند برای دورۀ 95-1391 گردآوری شد. به دلیل انعطاف‌پذیری رهیافت مفصل و دقت بالا در اندازه‌گیری ساختار وابستگی، از این روش برای تبیین تابع توزیع همزمان و اندازه‌گیری آسیب مورد انتظار استفاده شد. نتایج نشان داد، بین عملکرد گاو شیری (شیر) و شاخص دما-رطوبت همبستگی منفی قوی وجود دارد که توسط مفصل کلایتون چرخشی منفی بهتر از دیگر مفصل‌های تبیین می‌شود. حق بیمۀ شاخص هوایی برای گاو شیری 65/610 هزار ریال در سطح پوشش 100 درصد محاسبه شد. همچنین آسیب مورد انتظار ناشی از تنش گرمایی در سطح پوشش 100 درصد برابر 42 کیلوگرم در ماه برای هر رأس گاو شیری به دست آمد که با توجه به شمار کل گاوهای شیری در شهرستان (2207 رأس) آسیب و زیان کل ناشی از تنش گرمایی برابر با 92694 کیلوگرم در ماه و رقمی بالغ بر 2/1 میلیارد ریال در ماه محاسبه شد. با توجه به بزرگ بودن آسیب و زیان ناشی از تنش گرمایی و اهمیت شیر در سلامت جامعه، توصیه می‌شود مسئولان و سیاست‌گذاران به طراحی این نظام بیمه‌ای در کل کشور توجه خاص و ویژه کنند.}, keywords_fa = {Dairy Cows,Damavand,Temperature-humidity index,Weather-based index insurance}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64640.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64640_161d8878fda99594d567fb90ed431ee6.pdf} } @article { author = {Maghsoodi, Saber Mohammad and Mehrabani Yeganheh, Hassan and Nejati Javaremi, Ardeshir and Yousefi Mashouf, Navid}, title = {Investigating population structure and identifying signatures of selection in Iranian Kurdish and Arabian horses}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {429-438}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.245215.653580}, abstract = {The Arab horse breed is one of the most ancient horse breeds. Arabian horses are famous for endurance riding and flat racing. Moreover, this breed has contributed to the formation of some of the most important horse breeds in the world. Kurdish horses are found in rough terrain and hilly regions and they are suitable for riding in hilly areas and Polo tournament. To investigate the population structure and to find the signatures of  selection in the genome of Arabian and Kurdish horses, blood and hair samples from 38 Arabian and 58 Kurdish horses were taken and genotyped using the 670K Axiom Equine Genotyping Array. Principal component analysis (PCA) was carried out on the genotypic data and Fst statistic for each SNP was calculated. Fst values were smoothed over each chromosome. PCA showed that the Arabian horse population is more genetically diverse than the Kurdish horses. We identified six genomic regions showing signatures of selection. The strongest signal of selection was found in ECA8. Annotation of the regions of the genome that showed selection signatures revealed candidate genese.g. CaMKK2, MLXIP and ATP2A2 that may involve in endurance riding and racing. These genes for further studies are proposed.}, keywords = {Arabian horse breed,Genetic diversity,Kurdish horse breed,selection signatures}, title_fa = {بررسی ساختار جمعیت و شناسایی نواحی تحت انتخاب در ژنگان اسب‌های کرد و عرب ایرانی}, abstract_fa = {اسب عرب از قدیمی­ترین نژادهای اسب جهان است. این نژاد عملکرد بسیار خوبی در مسابقات استقامتی و به‌طورکلی عملکرد ورزشی داشته و در تشکیل برخی نژادهای مهم جهان نقش داشته است. در مقابل، اسب کرد که بیشتر در زمین‌های ناهموار و مناطق کوهستانی زندگی می­کند، مناسب سواری در مناطق کوهستانی و مسابقات چوگان است. برای بررسی ساختار جمعیت و شناسایی قطعه‌های کروموزمی تحت انتخاب در این دو جمعیت، از 38 اسب عرب و 58 اسب کرد نمونۀ خون و مو گرفته شد. نمونه­ها پس از استخراج DNA، توسط 670K Axiom Equine Genotyping Array تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. تحلیل مؤلفه­های اصلی (PCA) روی داده‌های به‌دست‌آمده از تعیین نژادگان انجام شد؛ سپس آمارۀ Fst برای هر SNP محاسبه و برای جلوگیری از اثر تنوع تصادفی ذاتی Fst محاسبه‌شده برای تک SNP، آن­ها در طول هر کروموزوم همگن شدند. نتایج به‌دست‌آمده از تحلیل مؤلفه­های اصلی این دو جمعیت نشان داد اسب­های عرب ایرانی نسبت به اسب­های کرد تنوع ژنتیکی بالاتری دارند. در این تحقیق، نشانه­های انتخاب در شش جایگاه ژنگانی (ژنومی) شناسایی شد که بالاترین میزان آمارۀ Fst در کروموزم شماره 8 مشاهده شد. حاشیه­نویسی جایگاه­های تحت انتخاب منجر به شناسایی ژن­هایی همانند ژن­های CaMKK2، ATP2A2 و MLXIP شد، که به‌احتمال با عملکرد در مسابقات استقامتی و­ به‌طورکلی عملکرد ورزشی در اسب­ها مرتبط هستند و برای بررسی‌های بیشتر پیشنهاد می­شوند.}, keywords_fa = {Arabian horse breed,Genetic diversity,Kurdish horse breed,selection signatures}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64641.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64641_ec26202724ae4fb9949b085a92b82dd2.pdf} } @article { author = {Hedayati, Mahdi and Manafi, Milad and Almasi, Shadi and Karimi, Rouhollah}, title = {Effect of methanolic and aqueous extraction and yaghooti grape pulp (V. venifera) in comparison with commercial antioxidants (BHT) on performance, immunity responses, serum antioxidant activity and cecum bacterial population of Broilers}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {439-451}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2018.243113.653565}, abstract = {The current experiment was conducted to evaluate the effect of methanolic and aqueous extraction of Yaghooti grape and Yaghooti grape pulp (V. venifera) compared to a commercial antioxidants (BHT) on Performance, Immunity Responses, serum antioxidant activity and cecum bacterial population of Broilers. One hundred and fifty day-old Ross 308 broiler chicks were assigned to 5 dietary treatments, 3 replicated in each treatment and 10 chicks per each replicate in a completely randomized design for 42 days. The experimental treatments consisted of: control (basal diet without additive); basal diet with 150 ppm grape methanolic extract; basal diet with 3% grape pulp; basal diet with 3% grapes aqueous extract and basal diet with 200 ppm BHT as commercial antioxidants. The results showed that use of 150ppm grape methanolic extract had a significant effect on immune response against Newcastle disease and avian influenza viruses compared to the control group. The use of aqueous extracts, pulp and methanolic extract led to a significant increase in enzymatic antioxidant activities (superoxide dismutase and glutathione peroxidase) and total antioxidant capacity compared to the control group. Also, use of grape methanolic extract reduced the lipid peroxidation of membranes significantly. The use of 150 ppm grape methanolic extract significantly reduced the Salmonella, Escherichia coli and coliforms in cecum of broiler chicks. It can be concluded that pulp, Aqueous and methanolic extracts of Yaghooti grape could be considered as a suitable substitute for BHT commercial antioxidant.}, keywords = {Antioxidant activity,Broilers,grape,Immunity,Performance}, title_fa = {تأثیر کاربرد عصارۀ ‌متانولی، عصارۀ آبی و تفالۀ ‌انگور‌ یاقوتی (V. venifera) در مقایسۀ با پاداکسندۀ تجاری (BHT) بر شاخص‌های عملکردی، ‌ایمنی و پاداکسندگی سرم خون و جمعیت باکتریایی رودۀ کور در جوجه‌های‌ گوشتی}, abstract_fa = {این آزمایش برای ارزیابی تأثیر کاربرد عصارۀ ‌متانولی، عصارۀ ‌آبی و تفالۀ ‌‌انگور ‌یاقوتی (V. venifera) در مقایسه با پاداکسندۀ (آنتی‌اکسیدان) تجاری (BHT) بر شاخص­های عملکردی، ‌ایمنی و پاداکسندگی سرم خون و جمعیت باکتریایی رودۀ کور (‌سکوم) در جوجه‌های ‌گوشتی انجام گرفت. 150 قطعه جوجۀ یک ‌روزۀ گوشتی سویۀ راس­ 308 جنس نر، در پنج گروه آزمایشی، سه تکرار و ده قطعه جوجه در هر تکرار در قالب طرح کامل تصادفی به مدت 42 روز آزمایش شدند. گروه‌های آزمایشی شامل: شاهد (جیرۀ پایه بدون هیچ‌گونه افزودنی)؛ جیرۀ پایه به‌همراه 150 ppm عصارۀ ‌متانولی انگور؛ جیرۀ پایه به‌همراه 3 درصد تفالۀ انگور؛ جیرۀ پایه به‌همراه 3 درصد عصارۀ آبی انگور و جیرۀ پایه به‌همراه 200 ppm پاداکسندۀ تجاری BHT بودند. نتایج به‌دست‌آمده از این مطالعه نشان داد، کاربرد 150 ppm عصارۀ ‌متانولی انگور تأثیر معنی‌داری بر افزایش پاسخ ایمنی علیه ویروس نیوکاسل و آنفلوآنزای ­پرندگان نسبت به گروه آزمایشی شاهد داشت. استفاده از عصارۀ آبی، تفاله و عصارۀ ‌متانولی انگور در جیره منجر به افزایش معنی‌داری در فعالیت پاداکسندگی آنزیم­های سوپر‌اکسید‌دیسموتاز و گلوتاتیون پراکسیداز و ظرفیت پاداکسندگی کل در مقایسه با گروه شاهد شد، همچنین استفاده از عصارۀ ‌متانولی انگور منجر به تأثیر معنی‌داری بر کاهش میزان پراکسیداسیون چربی غشا نیز شد. کاربرد 150 ppm عصارۀ ‌متانولی انگور نیز تأثیر معنی‌داری بر کاهش میزان ریزجانداران (میکروارگانیسم‌های)سالمونلا، اشرشیاکولی و کلی‌فرم­های موجود در رودۀ کور جوجه‌های گوشتی داشت. در این مطالعه مشخص شد گروه‌های آزمایشی به‌کار گرفته تأثیر معنی­داری از لحاظ آماری بر فراسنجه‌­های عملکردی شامل افزایش وزن بدن، خوراک مصرفی و ضریب تبدیل غذایی نداشت. بنابر­این با توجه به نتایج به‌دست‌آمده گروه‌های آزمایشی حاوی تفاله، عصارۀ آبی و عصارۀ ‌متانولی انگور یاقوتی می‌توانند جایگزین مناسبی برای پاداکسندۀ تجاری BHT در نظر گرفته شود.}, keywords_fa = {Antioxidant activity,Broilers,grape,Immunity,Performance}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64883.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_64883_dd880540124f0e180213c2a5fa3914a4.pdf} } @article { author = {Abbasi Moshaii, Bita and Rahimi-Mianji, Ghodrat and Nejai-Javaremi, Ardeshir and Moradi, Mohammad hosein and Konig, Sven}, title = {Genomic scan for selection signatures associated with mastitis in German Holstein cattle}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {453-461}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2017.240547.653558}, abstract = {Domestication and selection has changed behavioral and phenotypic characteristics in modern domestic animals significantly. The selection of animals by humans left detectable signatures on the genome of modern cattle. The identification of these signals can help us to improve the genetic characteristics of economically important traits in cattle. Nowadays, mastitis is one of the main economically important diseases in dairy cattle that mostly caused by intense selection for milk production in recent decades. In this study the genomic regions associated with mastitis, the genomic data of national project in Germany Holstein dairy cattle was used to identify. The samples were genotyped using Illumina Bovine 50K SNP. 133 case and 133 control cows were chosen for investigating of selection signatures using Theta (θ) population differentiation statistics. With 99.90 percentile threshold of the obtained Theta (θ) values, 10 genomic regions on chromosomes 1 (2 regions), 3, 5, 6, 14 (2 regions), 21 (2 regions) and 28 were identified. Further investigation using bioinformatics tools showed these genomic regions overlapped with the genes associated with immune system, autoimmune diseases, different type of cancers expressly breast cancer and milk production. In conclusion, the results of this study may provide an important source to facilitate the identification of genomic regions and then, the genes affecting mastitis in dairy cows.}, keywords = {German Holstein Cattle,Mastitis,selection signatures,Theta statistics}, title_fa = {پویش ژنگانی نشانه‌های انتخاب مرتبط با بیماری ورم پستان در گاو هلشتاین آلمانی}, abstract_fa = {اهلی­سازی و انتخاب به‌شدت در ویژگی‌های ظاهری و رفتاری حیوان‌های اهلی امروزی تغییر ایجاد کرده است. در این مسیر انتخاب­های انجام‌شده توسط انسان نشانه­های قابل شناسایی را در ژنگان (ژنوم) گاوهای امروزی به جا گذاشته که آشکار­سازی این نشانه­ها می­تواند به اصلاح و بهبود ژنتیکی صفات مهم اقتصادی در این دام‌ها کمک کند. امروزه بیماری ورم پستان یکی از مهم‌ترین چالش­های اقتصادی در صنعت گاو شیری است که به‌طور عمده به دلیل انتخاب گسترده در دهه­های اخیر برای افزایش تولید شیر به وجود آمده است. در این تحقیق با هدف شناسایی مناطق ژنگانی مرتبط با ورم پستان، از اطلاعات طرح ملی گاو شیری هلشتاین آلمان استفاده شد. نمونه­ها با استفاده از آرایه­های Illumina Bovine 50K SNP تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. 133 راًس دام بیمار و 133 راًس دام سالم بر پایۀ اطلاعات ثبت‌شده در رابطه با ابتلا به ورم پستان در نخستین دورۀ شیردهی برای جستجوی نشانه­های انتخاب با استفاده از آمارۀ تمایز جمعیتی تتا انتخاب شدند. با در نظر گرفتن صدک 9/99 کل ارزش­های تتا، ده ناحیۀ ژنگانی روی کروموزوم­های 1 (2 ناحیه)، 3، 5، 6، 14 (2 ناحیه)، 21 (2 ناحیه) و 28 شناسایی شد. بررسی­های بیشتر داده‌های زیستی (بیوانفورماتیکی) نشان داد، ژن­های موجود در این مناطق با سامانۀ ایمنی و بیماری­های خود ایمنی، شبکۀ عصبی، انواع سرطان از جمله سرطان پستان و تولید شیر مرتبط هستند. در مجموع، نتایج این تحقیق می­تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی درزمینۀ شناسایی مناطق ژنگانی و درنتیجه ژن­های مرتبط با ورم پستان در گاو شیری فراهم آورد.}, keywords_fa = {German Holstein Cattle,Mastitis,selection signatures,Theta statistics}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_65139.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_65139_a9076ff90dfd75cb0bc9c6e25fea7803.pdf} } @article { author = {Bahrami, Abolfazl and Miraie-Ashtiani, Seyed Reza and Sadeghi, Mostafa and Najafi, Ali}, title = {Transcriptome profiling of granulosa cells of bovine ovarian follicles during different stages of folliculogenesis}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {48}, number = {3}, pages = {463-471}, year = {2017}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2018.227145.653508}, abstract = {At the later stage of folliculogenesis, the mammalian ovarian follicle contains layers of epithelial granulosa cells surrounding an antral cavity. During follicle development, granulosa cells replicate, secrete hormones and support the growth of the oocyte. In cattle, the follicle needs to grow over 10 mm in diameter to allow an oocyte release in  ovulation process, following which the granulosa cells cease dividing and differentiate into the specialized cells of the corpus luteum. To better understand the molecular basis of follicular growth and granulosa cell maturation, we undertook the transcriptome profiling of granulosa cells from small (< 5 mm; n = 10) and large (> 10 mm, n = 4) healthy bovine follicles, using data mining. In this regard, we have studied important genes that are included in folliculogenesis process using data, freely available in the different databases. In total 283 genes were identified with the comparison of transcriptome profiling of large and small granulosa cells. With construction and analysis of network, we became able to identify the interaction between them and finally we have found 6 important and functional modules using various software. The most important genes involved, were TNFα, NR1H4, LHCGR, FSHR, PTHLH, LHB, CAD, HSD3B1, CYP17A1, DICE1, MCE1, COX and Aromatase. These results suggest that identified modules can be used as markers for follicle differentiation and apoptosis process. }, keywords = {Data Mining,functional modules,network,ovary,transcriptome}, title_fa = {پروفایل ترانسکریپتوم یاخته‌های گرانولوزای تخمدان گاو در مراحل مختلف فولیکولوژنسیز}, abstract_fa = {آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایه­های بافت پوششی (اپیتلیال) یاخته­های گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کرده­اند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاخته­های گرانولوزا تکثیر می­شوند و هورمون­های لازم برای رشد اووسیت را ترشح می­کنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد تا قطر بالای 10 میلی‌متر دارد تا آماده برای تخمک­ریزی شود و پس از این مرحله یاخته­های گرانولوزا تغییر کرده و تبدیل به تودۀ یاخته­های ویژه­ای بنام جسم زرد می­شوند. برای درک بهتر اساس مولکولی رشد فولیکولی و بلوغ یاخته­های گرانولوزا، پروفایل ترانسکریپتوم یاخته­های گرانولوزا از کوچک (<5mm) تا بزرگ (>10mm) با استفاده از روش داده­کاوی بررسی شد. درمجموع با مقایسۀ ترانسکریپتوم یاخته­های گرانولوزای بزرگ و کوچک درمجموع 283 ژن شناسایی شدند. با بازسازی شبکه و تجزیۀ آن موفق به شناسایی آثار متقابل آن­ها و درنهایت با استفاده از ابزارهای مختلف درزمینۀ پیدا کردن ماژول­های مهم و عملکردی، شش ماژول شناسایی شد که مهم‌ترین ژن­های مرتبط شامل αTNF، NR1H4، LHCGR، FSHR،  PTHLH، LHB، CAD، HSD3B1، CYP17A1، DICE1، MCE1، COX و آروماتاز بودند. این مشاهده‌ها توصیه می­کند که شش ماژول شناسایی‌شده در بررسی می‌توانند به‌عنوان نشانگرهایی برای مرحلۀ نهایی تمایز فولیکول و آغاز مرگ یاخته باشند.}, keywords_fa = {Data Mining,functional modules,network,ovary,transcriptome}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_65201.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_65201_8b550262d3de2b65564e902f3d2aa0b2.pdf} }