@article { author = {Hassanvand-Javanmard, Sara and Sadeghi-Sefidmazgi, Ali}, title = {Evaluation of effective management practices on pregnancy rate in several herds of ‎Holstein dairy cows in Iran}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {253-262}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2020.300802.653776}, abstract = {Pregnancy rate is an important trait in productivity of the dairy herds. To evaluate the effective management practices on pregnancy rate of Iranian Holstein herds, the reproductive management data of 60 herds (Tehran, Isfahan, Alborz, and Mashhad provinces) were collected using a questionnaire based on herd management on 2017. Statistical analysis was performed using the mixed model procedure (Proc MIXED) of SAS software, considering the management factors and region as fixed effects and herd nested in the region, as a random effect. The average number of time per day cows observed for heat was 5.7±0.5 and 11.2±1.3 minutes per time, and 80 % of farms used synchronization. Infertility problems were the reasons of 46% of the total culling rate. Also, cows with milk yield less than 17.2±0.9 kg were removed from the herd. The mean pregnancy rate of herds was 22±0.3%. Pregnancy rate was influenced by management factors such as productive herd size, production level, age and weight of heifers as the criteria for first insemination, number of active expert people in reproduction management criteria, milk yield for culling cows that do not get pregnant, genetic aspect of fertility of bulls, single observer for heat detections, frequency of pregnancy examination during pregnancy period and method of pregnancy examination. The results obtained in this study can provide useful information to benchmark Iran dairy farms for reproductive performance.}, keywords = {Benchmarking,Dairy cow,fertility,reproduction‎}, title_fa = {ارزیابی روش‌های مدیریتی مؤثر بر نرخ آبستنی در تعدادی از گله‌های گاوهای هلشتاین ایران}, abstract_fa = {نرخ آبستنی یک صفت مهم در بهره­وری صنعت گاو شیری است. برای ارزیابی روش­های مدیریتی مؤثر بر نرخ آبستنی در گله‌های هلشتاین ایران، اطلاعات مدیریت تولیدمثلی 60 گله (استان­های تهران، اصفهان، البرز و خراسان رضوی) براساس مدیریت گله در سال 1396 از طریق پرسشنامه جمع‌آوری شد. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از رویه مدل مختلط (Proc MIXED) نرم­افزار آماری SAS، با در نظر گرفتن عامل مدیریتی مورد بررسی و منطقه به­عنوان آثار ثابت و اثر آشیانه­ای گله داخل منطقه به عنوان اثر تصادفی، انجام شد. میانگین بازدید گاوها برای تشخیص فحلی در گله‌های موردبررسی 5/0±7/5 بار در روز و به‌مدت 3/1±2/11 دقیقه در هر بار بود. در 80 درصد از گله‌ها، همزمان­سازی فحلی انجام می­شد. مشکلات ناباروری عامل 46 درصد از کل حذف­ها بود. همچنین گاوهایی که آبستن نمی­شدند با تولید کمتر از 9/0±2/17 گیلوگرم از گله حذف می­شدند. میانگین نرخ آبستنی گله‌ها 3/0±22 درصد بود. عوامل مدیریتی همچون اندازه گله، سطح تولید، سن و وزن تلیسه به عنوان معیار اولین تلقیح، تعداد افراد متخصص فعال در بخش مدیریت تولیدمثل، معیار سطح تولید برای حذف دام­هایی که آبستن نمی‌شدند، نرخ حذف، باروری گاو نر به لحاظ ژنتیکی، تک‌مسئولیتی بودن فحل­یاب، دفعات و روش تشخیص آبستنی بر نرخ آبستنی مؤثر بودند. نتایج این مطالعه می­تواند اطلاعات مفیدی را جهت مقایسه عملکرد مدیریتی گله‌های گاو شیری کشور فراهم کند.}, keywords_fa = {Benchmarking,Dairy cow,fertility,reproduction‎}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80519.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80519_5eb67761ce50df6c236bd084036fdf9a.pdf} } @article { author = {Gholami, Vahid and Amanlou, Hamid and Zahmatkesh, Davood and Sadeghi, Nima}, title = {Effect of high dietary zinc, copper and manganese concentration and source on ‎plasma progesterone and reproductive performance in repeat breeder cows}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {263-273}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2020.305609.653786}, abstract = {We used 263 Holstein repeat breeder dairy cows (193±58 DIM) based on randomized complete design. Animals in control group (no supplementation), groups 2 and 3 supplemented with 2,244 mg of zinc, 295.5 mg copper and 480 mg manganese either inorganic trace minerals (ITM) and chelated (glycinates) trace minerals (CTM) sources, respectively. Supplemental minerals were fed daily as a top dress. All cows were inseminated according to Double-Ovsynch protocol. Super oxide dismutase concentration tended to have higher in CTM and ITM treatments than in control group (P=0.09). Progesterone concentration at day 11 after artificial insemination was higher in CTM and ITM treatments than in control group (P<0.05). Cows in CTM and ITM treatments tended to have greater odds of becoming pregnant at first and cumulative (first and second service) than cows in control group (P=0.1 and P=0.13 respectively). According to the results of this study, diets supplemented above National Research Council (NRC, 2001) requirments for zinc, copper and manganese in repeat breeding cows, improved fertility.}, keywords = {fertility,progesterone,repeat breeder,trace mineral‎}, title_fa = {اثر غلظت‌های بالای مواد معدنی کم‌مصرف آلی و غیرآلی (روی، مس و منگنز) بر پروژسترون پلاسما و عملکرد تولیدمثلی در ‏گاوهای با فحلی مکرر}, abstract_fa = {تعداد 263 رأس گاو برگشت به فحلی مکرر (با متوسط تعداد زایش 7/0±9/2 و روزهای شیردهی 58±193) به تیمارهای آزمایشی اختصاص یافتند. تیمارها شامل 1- تیمار شاهد (بدون ماده معدنی سرک)، 2- تیمار حاوی سرک 2244 میلی‌گرم روی (سولفات روی)، 2/295 میلی‌گرم مس (سولفات مس) و 480 میلی‌گرم منگنز (سولفات منگنز)، 3- تیمار حاوی سرک 2244 میلی‌گرم روی آلی (روی-گلایسین)، 2/295 میلی‌گرم مس آلی (مس- گلایسین) و 480 میلی‌گرم (منگنز –گلایسین) بودند. افزودنی مواد معدنی سرک به‌صورت روزانه تغذیه شد. پروتکل دبل اووسینک برای تلقیح اجباری استفاده شد. غلظت آنزیم سوپراکسید دیسموتاز (SOD) در بین تیمارها تمایل به معنی­داری (09/0=P) را نشان داد و در تیمارهای سرک نسبت به شاهد بالاتر بود. غلظت پروژسترون (P4) در روز 11 پس از تلقیح تحت تأثیر تیمارها قرار گرفت (05/0>P). نسبت آبستنی به تلقیح مصنوعی (P/AI) (درصد) در اولین، مجموع اولین و دومین تلقیح در تیمارهای سرک آلی (CTM) و غیرآلی (ITM) بالاتر از شاهد بود (به‌ترتیب برابر 1/0=P و 13/0=.(P با توجه به نتایج این پژوهش افزایش سطح مواد معدنی کم­مصرف انتخابی روی، مس و منگنز بالاتر از توصیه شورای تحقیقات ملی (NRC, 2001)، در گاوهای برگشت به فحلی مکرر موجب بهبود باروری گردید.}, keywords_fa = {fertility,progesterone,repeat breeder,trace mineral‎}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80520.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80520_01d08e1a0ef6a70302655cdb679f7fd7.pdf} } @article { author = {Sarreshtehdar, Forozan and Mottaghitalab, Majid and Shenavar, Alireza and Darmani Kouhi, Hassan}, title = {Performance, carcass quality and intestinal morphology of broilers, fed either raw or ‎fermented wheat, with Bacillus subtilis & Lactobacillus plantarum}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {275-283}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2020.306889.653791}, abstract = {This study was performed to compare ordinary wheat with fermented wheat using Bacillus subtilis & Lactobacillus plantarum, and the effect of replacing different levels of fermented wheat with corn grain on performance, carcass quality and jejunom morphology in broilers. A total of 280 broilers (Ross 308) in a completely randomized design wre assigned to 7 experimental groups with 4 replicates . The experimental diets included: control diet based on corn and soybean meal and six other diets containing 20%, 30% and 40% raw wheat grain instead of corn (W40 & W20, W30) or 20%, 30% and 40% fermented wheat instead of corn (FW30 and FW40, FW20). The results showed that fermented wheat grain at the level of 40% caused a significant increase in daily weight in the starter and growth periods (P<0.05). The fermentation process led to a decrease in phytic acid and an increase in the calcium and phosphorus numerically. Villi length in the FW40 treatment was significantly increased compared to that in the control treatment (P<0.05). Breast muscle in the FW40 treatment showed a significant increase (P<0.05), when compared to treatments FW30, W40, and control. In conclusion, the use of 40% of fermented wheat grains improves the feed conversion ratio and increases the percentage of breast muscle meat.}, keywords = {Bacillus subtilis,broiler,fermented wheat,intestinal,Lactobacillus plantarum,morphology‎}, title_fa = {عملکرد،کیفیت لاشه و ریخت‌شناسی روده جوجه‌های گوشتی تغذیه‌شده با گندم خام یا تخمیرشده با ‏ باسیلوس سوبتیلیس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم}, abstract_fa = {به‌منظور مقایسه گندم معمولی با گندم تخمیرشده با باکتری­های باسیلوس سوبتیلیس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم، و تأثیر جایگزینی سطوح مختلف گندم تخمیری با دانه ذرت روی عملکرد، کیفیت لاشه و ریخت‌شناسی ژژنوم در جوجه­های گوشتی این مطالعه انجام شد. تعداد 280 قطعه جوجه گوشتی راس 308 در قالب طرح کاملا تصادفی به 7 گروه آزمایشی با 4 تکرار شامل جیره شاهد بر پایه ذرت و کنجاله سویا و جیره­های حاوی 20 درصد، 30 درصد و 40 درصد ذرت جایگزین شده با دانه گندم خام (W20، W30 و W40) و یا جیره­های حاوی 20 درصد، 30 درصد و 40 درصد جایگزینی ذرت با گندم تخمیرشده (FW20، FW30 و FW40) تقسیم شدند. نتایج به‌دست‌آمده نشان داد که دانه گندم تخمیری در سطح40 درصد موجب افزایش معنی­دار وزن روزانه در دوره­های آغازین و رشد شد (05/0≥P). اسید فایتیک در اثر تخمیر، کاهش و مقدار کلسیم و فسفر از لحاظ عددی افزایش یافت. افزایش معنی­دار طول پرز در تیمار FW40 در مقایسه با تیمار شاهد مشاهده شد (05/0≥P). همچنین وزن نسبی عضله سینه در تیمار  FW40افزایش معنی­داری (05/0≥P) را نسبت به تیمارهای FW30، W40 و شاهدنشان داد.به­عنوان نتیجه­گیری نهایی، استفاده از سطح 40 درصد دانه گندم تخمیری منجر به بهبود ضریب تبدیل و افزایش درصد گوشت عضله سینه می­گردد.}, keywords_fa = {Bacillus subtilis,broiler,fermented wheat,intestinal,Lactobacillus plantarum,morphology‎}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80544.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80544_88431f3e00f669c7f249802590c50f12.pdf} } @article { author = {Nokandi, Atefeh and Hosseini-Vashan, Seyyed Javad and Ghiasi, Seyyed Ehsan and Naeimipour-Yonesi, Hossein}, title = {Growth performance, blood indices, immune response, nutrient digestibility and ‎intestinal morphology of broiler chickens fed processed quinoa seed (Chenopodium quinoa Willd)‎}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {285-297}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2021.312487.653808}, abstract = {This study was conducted to investigate the application of different levels of peeled and washed quinoa seeds on growth performance, immune response, nutrient digestibility and intestinal morphology in broilers. A total 280 Ross 308, one day old chicks were used in a completely randomized design with seven treatments, four replicates and 10 chicks per replicate. Experimental groups consisted of seven groups; fed 4, 8 and 12% peeled quinoa, or 4, 8 and 12% washed quinoa, and one control group. The results showed that using 4% peeled quinoa significantly increased the body weight and the feed intake. Broiler fed 4% peeled quinoa had lower FCR compare to the control (P<0.05). The using of 4% peeled quinoa increased the relative weight of carcass components including the breast and thigh (P<0.05) but decreased abdominal fat compared to the control group (P<0.05). The relative weight of bursa was higher in chicks fed different levels of quinoa (P<0.05). At 42 days of age the quinoa had no effect on the titer of immunoglobulin M and G index but increased total anti-SRBC index in broilers fed different levels of processed quinoa, compared to control (P<0.05). Quinoa reduced the concentration of cholesterol and LDL in broiler chicks (P<0.05). The processed quinoa at 4% increased the villus height and crypt depth (P <0.05), but did not affect the villus width of jejunum of broilers. It is concluded that using peeled and washed quinoa at 4% improved growth performance of broiler chickens. However, up to 12% washed or peeled quinoa had no negative effect on growth performance, and may decrease abdominal fat and blood lipid and may increase immune response of broiler chickens.}, keywords = {Carcass efficiency,cholesterol,crypt depth,feed conversion ratio,Quinoa}, title_fa = {ارزیابی عملکرد رشد، شاخص‌های خونی، پاسخ ایمنی، گوارش‌پذیری مواد مغذی و ریخت‌شناسی ‏روده جوجه گوشتی تغذیه‌شده با دانه فرآوری‌شده کینوا (‏Chenopodium quinoa Willd‏)‏}, abstract_fa = {هدف از این تحقیق، ارزیابی استفاده از سطوح مختلف دانه فرآوری شده کینوا بر عملکرد رشد، شاخص‌های لاشه، شاخص­های بیوشیمیایی خون، قابلیت هضم مواد مغذی و ریخت‌شناسی روده در جوجه‌های گوشتی بود. در این آزمایش از تعداد 280 قطعه جوجه یک‌روزه نر سویه راس 308 در قالب طرح کاملاً تصادفی با 7 تیمار و 4 تکرار و 10 قطعه در هر تکرار استفاده شد. گروه‌های آزمایشی شامل گروه شاهد (فاقد کینوا)، سه سطح 4، 8 و 12 درصد دانه شسته کینوا و سه سطح 4، 8 و 12 درصد دانه پوست‌کنده کینوا بودند. داده‌های عملکردی شامل وزن بدن، مصرف خوراک و ضریب تبدیل خوراک در دوره‌های آغازین (1-10 روزگی)، رشد (11-24 روزگی) و پایانی (25-42 روزگی) رکوردبرداری شدند. نتایج نشان داد استفاده از دانه پوست‌کنده کینوا، وزن بدن و مصرف خوراک را افزایش و ضریب تبدیل خوراک را در مقایسه با شاهد کاهش داد (05/0P<). افزودن 4 درصد دانه پوست‌کنده کینوا به جیره جوجه‌های گوشتی، وزن نسبی اجزای لاشه شامل سینه و ران را افزایش و چربی شکمی را در مقایسه با شاهد کاهش داد (05/0P<). استفاده از دانه کینوا در جیره جوجه‌های گوشتی بر وزن نسبی قلب و کبد اثر نداشت و وزن نسبی بورس فابرسیوس در جوجه­های تغذیه شده با سطوح مختلف دانه شسته و پوست‌کنده کینوا از گروه شاهد بالاتر بود (05/0P<). استفاده از دانه شسته یا پوست‌کنده کینوا تا سطح 12 درصد اثر منفی بر عملکرد جوجه‌های گوشتی نداشت. استفاده از دانه فرآوری‌شده کینوا در سطح 4 درصد سبب افزایش عمق کریپت و ارتفاع پرز ژژنوم در مقایسه با شاهد شد (05/0P<). افزودن دانه فرآوری‌شده کینوا بر عرض پرز ژژنوم، گوارش‌پذیری پروتئین و چربی اثر نداشت. بنابراین استفاده از دانه فرآوری‌شده کینوا تا سطح 12 درصد اثر منفی بر گوارش‌پذیری مواد مغذی نداشت و باعث بهبود ریخت‌شناسی بافت در قسمت ژژنوم ­شد.}, keywords_fa = {Carcass efficiency,cholesterol,crypt depth,feed conversion ratio,Quinoa}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80869.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80869_0955f425670f8469339e2692cb071a33.pdf} } @article { author = {Mansourian, Mohammad Reza and Miraei Ashtiani, Seyed Reza and Nejati Javaremi, Ardeshir and Sargolzaei, Mahdi}, title = {The effect of using cow genomic information in reference population on the accuracy ‎of genomic estimated breeding values in Iranian Holstein cattle}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {299-311}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2021.314919.653811}, abstract = {Accurate genomic evaluation depend on large reference population with reliable performance information such as predicted breeding value (PBVs). The aim of this study was to identify the most appropriate reference population to predict the genomic breeding value for Iran Holstein dairy breeding programs. Phenotypes and genotypes were simulated based on the dairy cattle Iran population program (open breeding nucleus with gene flows between the nucleus and the commercial population). Medium (0.3) and low (0.05) heritability levels were considered independently. All simulations were performed with 10 replications and the results were evaluated. In the first study, female cows were selected for genotyping in four scenarios: random selection, individuals with upper and lower extremities of phenotypic value, highest phenotypic value and highest breeding value with maximum accuracy; and these females are added to the reference population. Single Step BLUP (SSBLUP) was used to predict the genomic breeding value for individuals in the population. The accuracy and unbiased coefficient of predicted breeding value were investigated. The results showed that when female animals with the highest and lowest phenotypic values were selected (the second scenario of determining females), the highest accuracy of prediction of breeding value was observed compared to other scenarios. Determination of substances with high phenotypic value (third scenario of female selection) showed the least bias. The use of imported males with genotype and their use alone as a reference population showed the least accuracy and the most bias. The combination of males and females showed an increase in accuracy and a decrease in bias compared to the scenarios for males or females alone. However, in relation to the size of the population similar to females, no improvement in the prediction of the breeding value was observed. Therefore, in terms of economic conditions (genotyping costs), the use of only female cows in the reference population (2000 females genotyped), according to the second scenario of female selection, is the best strategy to form a reference population and genomic evaluation at the lowest cost, in Iran.}, keywords = {Genomic breeding value,reference population,simulation,SSBLUP‎}, title_fa = {اثر استفاده از اطلاعات ژنومی گاوهای ماده در جمعیت مرجع، روی صحت ارزش‌های اصلاحی ‏ژنومی برآوردشده در گاوهای هلشتاین ایران}, abstract_fa = {ارزیابی‌های دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزش‌های اصلاحی پیش‌بینی‌شده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسب‌ترین جمعیت مرجع برای پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامه‌های اصلاح‌نژاد گاو شیری هلشتاین ایران می‌باشد. ابتدا با استفاده از شبیه‌سازی ژنوم و مطابق با روند اصلاح‌نژاد گاو شیری در ایران (هسته اصلاح‌نژادی باز با تبادل ژنی بین هسته و جمعیت تجاری) جمعیت‌های مورد نیاز شبیه‌سازی شدند. دو سطح وراثت‌پذیری متوسط (3/0) و پایین (05/0) به‌طور مستقل در نظر گرفته شد. در تمام مراحل، فرایند شبیه‌سازی 10 بار تکرار شد و نتایج مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه، گاوهای ماده جهت تعیین ژنوتیپ، بر اساس چهار سناریوی انتخاب تصادفی، افراد دو کران بالا و پایین توزیع ارزش فنوتیپی، افراد با بالاترین ارزش فنوتیپی و افراد با بالاترین ارزش اصلاحی در تعداد مختلف انتخاب و به جمعیت مرجع افزوده شدند. با روش تک‌مرحله‌ای بهترین پیش‌بینی نااُریب خطی (Single Step BLUP)، برای افراد جمعیت آزمون ارزش اصلاحی ژنومی پیش‌بینی شد. برای تمام سناریوهای گفته‌شده، صحت و ضریب نااُریبی پیش‌بینی ارزش اصلاحی برآورد شد. نتایج نشان داد زمانی که حیوانات ماده با بیشترین و کمترین ارزش فنوتیپی (سناریوی دوم تعیین ماده‌ها) انتخاب شدند، نسبت به سایر سناریوها، صحت پیش‌بینی ارزش اصلاحی بیشتر بود. تعیین ماده‌ها با ارزش فنوتیپی بالا (سناریوی سوم انتخاب ماده‌ها)، کمترین اُریبی را به بار آورد. استفاده از نرهای وارداتی دارای ژنوتیپ و استفاده از آنها به تنهایی به عنوان جمعیت مرجع، کمترین صحت و بیشترین اُریبی را نشان داد. ترکیب نرها با ماده‌ها نسبت به سناریوهای صرفاً نرها یا صرفاً ماده‌ها، افزایش صحت و کاهش اُریبی را به همراه داشت، بنابراین با احتساب هزینه‌های اقتصادی، تعیین ژنوتیپ، استفاده از گاوهای ماده در جمعیت مرجع (2000 رأس گاو ماده ژنوتیپ شده)، مطابق با سناریوی دوم انتخاب ماده‌ها، بهترین راهبرد پیشنهادی جهت تشکیل جمعیت مرجع و ارزیابی ژنومی با کمترین هزینه، در ایران می‌باشد.  }, keywords_fa = {Genomic breeding value,reference population,simulation,SSBLUP‎}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80870.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80870_19fafc869bc6d95cc392d8ac444c40a7.pdf} } @article { author = {Akbari, Zahra and Ardalan, Arash and Ghaderi-Zefrehei, Mostafa and Rafeie, Farjad and Moridi, Misagh}, title = {Comparative study of statistical methods for genomic evaluation using R codes}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {313-336}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2021.296109.653768}, abstract = {Genomic selection is one of the greatest advances in the field of animal and plant breeding in the early twentieth century. This genomic evaluation procedure, which was based on marker-assisted selection, relies on the assumption that there is linkage disequilibrium between dense single nucleotide markers (SNPs) at the genome level and quantitative trait control (QTL) sites. In terms of genetic evaluation, genomic selection influenced many common models and led to the development of new statistical genetic models, each of which explored different hypotheses. Although these models can be grouped according to different criteria, but by considering the distribution of the studied traits, they can be divided into: parametric and non-parametric groupes. In this study, the accuracy of genomic breeding values was investigated using various parametric and non-parametric statistical methods. Parametric methods were ridge regression, Lasso regression, Elastic net method, mixed models, Bayesian methods including Bayesian regression, Lasso Bayes, Bayes A, Bays B, Bays C and Bayes D. Non-parametric methods were kernel regression, reproducing kernel Hilbert spaces regression and regression support vector machine. All of these methods were performed on a real data set including genomic and phenotypic information of 2300 animals using R codes. To select the appropriate model, the criteria of accuracy (correlation of actual and estimated breeding values) and mean squared error (MSE) were used. The results showed that the predictive efficiency of parametric methods was higher than non-parametric-methods. Among the genomic evaluation models, it was shown that Bayes B was relatively more accurate and efficient than other models, however, this results did not agree with the results of other researchers, which may have been due to the data structure used in this study. Since one of the objectives of this study was to provide statistical models of genomic evaluation along with their executive codes in R environment, so the codes mentioned in this article could help the users to learn the genetic evaluation models discussed in this study.}, keywords = {Accuracy of genomic evaluation,Genomic Selection,Parametric and Non-parametric Methods,R environment}, title_fa = {بررسی مقایسه‌ای روش‌های مختلف آماری در ارزیابی ژنومی با استفاده از کد‌های ‏R}, abstract_fa = {انتخاب ژنومی از بزرگ­ترین پیشرفت‌های حوزه به­نژادی حیوانات و گیاهان در اوایل قرن بیست و یکم میلادی محسوب می‌گردد. روال ارزیابی ژنومی، که روی انتخاب به کمک نشانگر بنا نهاده شد، متکی به پیش­فرض وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرهای تک ­نوکلئوتیدی (SNP) متراکم در سطح ژنوم و جایگاه‌های کنترل کننده صفات کمی (QTL) است.  از نظر ارزیابی ژنتیکی، انتخاب ژنومی، بسیاری از مدل‌های رایج را تحث تأثیر قرار داده و منجر به ایجاد مدل‌های آماری-ژنتیکی جدیدی شده است که هر یک فرضیه‌های مختلفی را کنکاش می­کنند. گرچه این مدل‌ها را می‌توان بر اساس معیارهای مختلفی گروه بندی کرد، اما با در نظر گرفتن توزیع صفات مورد بررسی، می‌توان آنها را در دو گروه فراسنجه‌ای و نافراسنجه‌ای تقسیم­بندی نمود. در این پژوهش صحت ارزش‌های ارثی ژنومی با استفاده از روش‌های آماری مختلف فراسنجه‌ای و نافراسنجه‌ای مورد بررسی قرار گرفته است. روش‌های فراسنجه‌ای مورد استفاده عبارت از رگرسیون ستیغی، رگرسیون لاسو، روش الاستیک­نت، مدل‌های مختلط و روش‌های بیزی شامل رگرسیون ستیغی بیزی، لاسو بیزی، بیز A، بیز B، بیز C و بیز D هستند. روش‌های نافراسنجه‌ای شامل ارگرسیون هسته‌ای، فضای هیلبرت با هسته بازآفرین و ماشین بردار پشتیبان رگرسیونی می باشند. تمامی این روش‌ها روی یک‌ مجموعه داده واقعی شامل اطلاعات ژنومی و فنوتیپی مربوط به ‎2300‎ حیوان، با استفاده از کُدهای R اجرا شدند. برای انتخاب مدل مناسب، از معیارهای صحت (همبستگی ارزش ارثی واقعی و برآورد شده) و میانگین مربعات خطا (MSE) استفاده شد. نتایج نشان داد که کارایی پیش‌بینی روش های فراسنجه‌ای نسبت به روش های ‌نافراسنجه‌ای بالاتر است. در میان مدل‌های ارزیابی ژنومی مورد استفاده به‌طور نسبی نشان داده شد که روش بیز ‎B نسبت به سایر مدل‌ها، از صحت و عملکرد بهتری برخوردار است و این با نتایج سایر پژوهشگران همخوانی نداشت. این تضاد احتمالاً به دلیل ساختار داده­های مورد استفاده بوده است. یکی از اهداف این پژوهش ارایه مدل‌های آماری ارزیابی ژنومی همراه با کُدهای اجرایی آنها در محیط R بوده است، لذا کُدهای یاد شده در این مقاله می‌توانند در یادگیری مدل‌های ارزیابی ژنتیکی مورد بحث کمک شایانی به‌کاربران بکنند.}, keywords_fa = {Accuracy of genomic evaluation,Genomic Selection,Parametric and Non-parametric Methods,R environment}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80871.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80871_a8382bfefb90cafbaca5363290f6a93d.pdf} } @article { author = {Khalifeh, Mohammad Javad and Sari, Mohsen and Dehghan Banadaky, Mehdi}, title = {Effects of adding dietary soluble sugar and calcium salts of fish oil on growth ‎performance and profile of meat fatty acids of Holstein steers}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {337-347}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2021.304972.653785}, abstract = {This experiment was conducted to study the effects of including sucrose, with or without calcium salts of fish oil on performance, carcase characteristics and meat fatty acids profile of fattening Holstein steers. Thirty sixth Holstein steers (269±57 kg body weight) were used in a completely randomized design with a 2×2 factorial arrangement during 128 days of experimental period. Dietary treatments were 1) control, 2) sucrose (SU) (5% DM), 3) calcium salts of fish oil (CF) (2.5% DM), 4) SU and CF. Average daily gain increased with added SU (P>0.01). An interaction between SU and Ca-FO was found on dry matter intake (DMI) (P<0.05) and dry matter content of longissimus dorsi muscle (LM) (P<0.05). Dietary inclusion of Ca-FO increased the concentration of vaccinec acid and CLA in longissimus dorsi (P=0.03). Total PUFA n-3 increased in longissimus dorsi and subsequently decreased n-6: n-3 ratio and increases intramuscular storage of EPA & DHA fatty acids (P=0.01). The results of this study showed addition SU and Ca-FO could have stimulatory effect on dry matter intake and avrage daily gain in fattening steers. Also Ca-FO increased concentration of n-3 fatty acids, vaccinec and CLA acids which means improving meat quality and nutritional valus.}, keywords = {Fattening steers,Liver,longissimus dorsi,Omega-3 Fatty Acid,sucrose‎}, title_fa = {اثر افزودن قند محلول و نمک کلسیمی روغن ماهی به جیره بر عملکرد رشد و ترکیب اسیدهای ‏چرب گوشت در گوساله‌های نر پرواری هلشتاین}, abstract_fa = {این پژوهش به منظور بررسی اثر افزودن ساکارز به جیره با و بدون نمک کلسیمی اسیدهای چرب روغن ماهی بر عملکرد، ترکیب شیمیایی گوشت و الگوی اسیدهای چرب لاشه در گوساله­های نر هلشتاین انجام شد. تعداد 36 راس گوساله با میانگین وزنی 57±269 کیلوگرم در قالب طرح کاملاً تصادفی با چینش فاکتوریل 2×2 به مدت 128 روز و با جیره­های آزمایشی شامل 1- کنترل، 2- جیره حاوی 5 درصد ساکارز، 3- جیره حاوی 5/2 درصد نمک کلسیمی روغن ماهی و 4- جیره حاوی 5 درصد ساکارز و 5/2 درصد کلسیمی روغن ماهی تغذیه شدند. افزودن ساکارز به جیره­ها افزایش وزن روزانه گوساله­ها را بهبود بخشید (01/0>P). برهمکنش ساکارز و روغن ماهی بر ماده خشک مصرفی (05/0>P) و مقدار ماده خشک گوشت معنی­دار بود (05/0P=). استفاده از نمک کلسیمی روغن ماهی، افزایش غلظت اسید واکسینیک و سیس-9 ترانس-11 اسید لینولئیک (CLA) در عضله چشمی گوساله­ها را در پی داشت (05/0>P). مجموع اسیدهای چرب n-3 PUFA در گوشت افزایش یافت و همین امر سبب کاهش نسبت اسیدهای چرب n-6/n-3 و افزایش ذخیره داخل ماهیچه­ای اسیدهای چرب امگا-3 (ایکوزاپنتاانوئیک اسید و دکوزاهگزاانوئیک اسید) شد (001/0=P). به­طور کلی نتایج نشان داد استفاده از نمک کلسیمی روغن ماهی همراه با ساکارز سبب افزایش مصرف ماده خشک و بهبود افزایش وزن روزانه در گوساله­های پرواری می­شود. همچنین مصرف نمک کلسیمی روغن ماهی افزایش غلظت اسیدهای چرب 3-n و همچنین اسید واکسینیک و CLA در ماهیچه راسته گوساله­ها شد که به معنی بهبود کیفیت و ارزش تغذیه­ای گوشت می‌باشد.}, keywords_fa = {Fattening steers,Liver,longissimus dorsi,Omega-3 Fatty Acid,sucrose‎}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80872.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80872_ab709bfde7649cc39847cfb21eb3011d.pdf} } @article { author = {Ahmadi Nia, Esmaeil and Mehri, Morteza and Shirmohammad, Fatemeh}, title = {Effects of dietary Spirulina platensis algae powder on performance, egg quality, ‎ovarian follicles and immune system in Lohmann LSL laying hens}, journal = {Iranian Journal of animal Science}, volume = {51}, number = {4}, pages = {349-359}, year = {2021}, publisher = {پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران}, issn = {2008-4773}, eissn = {2423-7949}, doi = {10.22059/ijas.2021.314088.653810}, abstract = {The objective of this study was to investigate the effects of different levels (0%, 0.3%, 0.6% and 0.9%) of blue-green algae (Spirulina platensis) on performance, egg quality, ovarian parameters and immune system of LSL laying hens at 26-37 wk. of age. One hundred and ninety-two hens were used in a completely randomized design with four treatments and four replications. The effect of algae on daily feed intake, feed conversion ratio, broken eggs percent and egg weight was not significant, but the egg mass improved using 0.6% algae compared with control group (P<0.05). Also, egg production of hens fed the diet with 0.6% and 0.9% Spirulina/kg were higher than treatment 2 (P<0.05). Eggshell breaking strength, eggshell relative weight, eggshell thickness, albumen height and haugh unit were not affected by treatments. However, increasing the dietary levels of Spirulina caused the improvements in eggshell weight and egg yolk color. None of the treatments had significant effects on white and red blood cells, platelets, heterophiles/lymphocytes ratio and concentration of hemoglobin. Dietary treatments did not have significant effects on humoral immunity against SRBC and cell mediated immunity response against PHA injection. But the treatments had a significant effect on the antibody titer in vaccinated birds against Newcastle. In addition, there were no influences of the experimental diets on ovarian different follicles, relative weight of bursa, spleen and carcass. In conclusion, inclusion of 0.6% Spirulina platensis algae in diet increased egg mass, egg yolk color and antibody titer against Newcastle vaccine.}, keywords = {immunity system,Laying Hen,Algae,Spirulina platensis}, title_fa = {آثار استفاده از پودر جلبک اسپیرولینا پلاتنسیس ‏‎(Spirulina platensis)‎‏ در جیره بر عملکرد، کیفیت ‏تخم‌مرغ، فولیکول‌های تخمدانی و وضعیت سیستم ایمنی مرغ‌های تخم‌گذار سویه ‏LSL}, abstract_fa = {به‌منظور بررسی آثار استفاده از سطوح مختلف (صفر، 3/0، 6/0 و 9/0 درصد جیره) پودر جلبک سبز-آبی (اسپیرولینا پلاتنسیس) بر عملکرد، کیفیت تخم‌مرغ، فراسنجه‌های تخمدانی و وضعیت سیستم ایمنی، از تعداد 192 قطعه مرغ تخم‌گذار سویه LSL در سن 26 تا 37 هفتگی، در قالب طرح کاملاً تصادفی با 4 تیمار و 4 تکرار (12 قطعه مرغ در هر تکرار) استفاده شد. افزودن جلبک به جیره، در کل دوره آزمایش اثری بر مقدار مصرف خوراک روزانه، ضریب تبدیل خوراک، درصد تخم‌مرغ­های شکسته و متوسط وزن تخم‌مرغ­ها نداشت (05/0P>). اما استفاده از سطوح 6/0 و 9/0 درصد پودر جلبک، درصد تولید تخم­مرغ را نسبت به سطح 3/0 درصد و استفاده از سطح 6/0 درصد پودر جلبک، توده تخم­مرغ تولیدی را نسبت به گروه شاهد افزایش داد (05/0P<). تیمارهای آزمایشی بر ضخامت، مقاومت و درصد پوسته، ارتفاع سفیده و واحد هاو اثر معنی­داری نداشتند، اما با افزایش سطح استفاده از جلبک، وزن پوسته و رنگ زرده افزایش یافت (05/0P<). تیمارهای آزمایشی اثری بر تعداد گلبول‌های سفید و قرمز، پلاکت‌ها، نسبت هتروفیل به لنفوسیت، غلظت هموگلوبین و نیز بر پاسخ ایمنی همورال علیه گلبول قرمز گوسفند و ایمنی سلولی در پاسخ به تزریق زیرپوستی فیتوهماگلوتینین نداشتند (05/0P>). تعیین عیار پادتن علیه ویروس نیوکاسل (در هفته‌های 35 و 37) نشان داد که سطوح 6/0 و 9/0 درصد جلبک در هفته 37، به‌طور معنی­داری عیار پادتن را نسبت به گروه شاهد افزایش دادند (05/0P<). تعداد فولیکول­های مختلف تخمدانی، وزن نسبی بورس فابریسیوس و طحال و لاشه تحت تأثیر تیمارهای آزمایشی قرار نگرفت. نتایج نشان داد که افزودن 6/0 درصد جلبک اسپیرولینا به جیره، سبب افزایش توده تخم­مرغ تولیدی، بهبود رنگ زرده تخم‌مرغ و بهبود پاسخ آنتی­بادی می­شود.}, keywords_fa = {immunity system,Laying Hen,Algae,Spirulina platensis}, url = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80873.html}, eprint = {https://ijas.ut.ac.ir/article_80873_d045b0b95eb5fa90ae182d089f4483cb.pdf} }