محمد رضا منصوریان؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مهدی سرگلزائی
چکیده
ارزیابیهای دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسبترین جمعیت مرجع برای پیشبینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامههای اصلاحنژاد گاو شیری هلشتاین ایران میباشد. ابتدا با استفاده از شبیهسازی ژنوم و مطابق با روند اصلاحنژاد ...
بیشتر
ارزیابیهای دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسبترین جمعیت مرجع برای پیشبینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامههای اصلاحنژاد گاو شیری هلشتاین ایران میباشد. ابتدا با استفاده از شبیهسازی ژنوم و مطابق با روند اصلاحنژاد گاو شیری در ایران (هسته اصلاحنژادی باز با تبادل ژنی بین هسته و جمعیت تجاری) جمعیتهای مورد نیاز شبیهسازی شدند. دو سطح وراثتپذیری متوسط (3/0) و پایین (05/0) بهطور مستقل در نظر گرفته شد. در تمام مراحل، فرایند شبیهسازی 10 بار تکرار شد و نتایج مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه، گاوهای ماده جهت تعیین ژنوتیپ، بر اساس چهار سناریوی انتخاب تصادفی، افراد دو کران بالا و پایین توزیع ارزش فنوتیپی، افراد با بالاترین ارزش فنوتیپی و افراد با بالاترین ارزش اصلاحی در تعداد مختلف انتخاب و به جمعیت مرجع افزوده شدند. با روش تکمرحلهای بهترین پیشبینی نااُریب خطی (Single Step BLUP)، برای افراد جمعیت آزمون ارزش اصلاحی ژنومی پیشبینی شد. برای تمام سناریوهای گفتهشده، صحت و ضریب نااُریبی پیشبینی ارزش اصلاحی برآورد شد. نتایج نشان داد زمانی که حیوانات ماده با بیشترین و کمترین ارزش فنوتیپی (سناریوی دوم تعیین مادهها) انتخاب شدند، نسبت به سایر سناریوها، صحت پیشبینی ارزش اصلاحی بیشتر بود. تعیین مادهها با ارزش فنوتیپی بالا (سناریوی سوم انتخاب مادهها)، کمترین اُریبی را به بار آورد. استفاده از نرهای وارداتی دارای ژنوتیپ و استفاده از آنها به تنهایی به عنوان جمعیت مرجع، کمترین صحت و بیشترین اُریبی را نشان داد. ترکیب نرها با مادهها نسبت به سناریوهای صرفاً نرها یا صرفاً مادهها، افزایش صحت و کاهش اُریبی را به همراه داشت، بنابراین با احتساب هزینههای اقتصادی، تعیین ژنوتیپ، استفاده از گاوهای ماده در جمعیت مرجع (2000 رأس گاو ماده ژنوتیپ شده)، مطابق با سناریوی دوم انتخاب مادهها، بهترین راهبرد پیشنهادی جهت تشکیل جمعیت مرجع و ارزیابی ژنومی با کمترین هزینه، در ایران میباشد.
آزاده بوستان؛ الهام رضوان نژاد؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ نعمت هدایت ایوریق؛ رضا سید شریفی
چکیده
یکی از پرسشهای مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر بهعنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونهای تصادفی از جمعیت ...
بیشتر
یکی از پرسشهای مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر بهعنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونهای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیفترین حیوانات انتخاب شده بودند (راهبرد3) مقایسه شد. برای برآورد اثرات نشانگرها از مدل بهترین پیشبینی نااریب خطی استفاده شد. نتایج نشان داد که به کار بردن تنها حیوانات برتر بهعنوان جمعیت مرجع میتواند باعث کاهش درستی ارزیابی ژنگانی شود. اگر نسبت حیوانات در گروه مرجع کم باشد (بهطور مثال 10درصد)، تفاوت بین راهبرد1 و دیگر راهبردها بیشتر از شرایطی است که این نسبت زیاد باشد (بهطور مثال 50درصد). بهعنوانمثال در شرایطی که 10درصد حیوانات نسل چهارم (نسل پیش از گروه تأیید) بهعنوان جمعیت مرجع استفاده شدند، درستی ارزشهای اصلاحی برآوردی راهبرد3، 34/0 بیشتر از راهبرد1 بود ولی تفاوت این دو راهبرد هنگامیکه 50درصد حیوانات در جمعیت مرجع بودند، تنها 04/0 بود. نتایج نشان داد افزون بر حیوانات برتر که ارزش اصلاحی برآوردی سنتی با درستی بالا دارند، تعیین ژنوتیپ شماری از حیواناتی که از نظر ژنتیکی برتر نیستند و قرار گرفتن آنها در جمعیت مرجع، میتواند باعث افزایش درستی ارزیابی ژنگانی شود.