فرزاد غفوری؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ آرش جوانمرد؛ سید رضا میرائی آشتیانی
چکیده
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای ...
بیشتر
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده‌مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در حفظ باروری به‌ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده‌های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، 4538 ژن استخراج شد که در مجموع 1466 ژن تفاوت بیانی معنی‌داری نشان دادند (P<0.000001, Fold change<0.5). سپس با مقایسه ژنهای مربوطه در میان پروفایل‌های ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و 13 چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز 13 چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM1، NXPE2، NT5DC3، COL4A3، COL12A1، ALPK3، ADAMDEC1، SERPINA14، S100A9، PI16، OAS1X، MSTN، MASP1، CD83، CA2، C2، C5، JSP.1 و SAA3 مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه‌نویسی این ژن‌ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل‌و‌نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می‌باشند. پژوهش حاضر میتواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.
میلاد رضایی سینکی؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ محمد مرادی شهربابک
چکیده
تنش گرمایی در طیور تأثیر به‌سزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیم‌کنندگی آنها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری می‌باشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجه‌های گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و ...
بیشتر
تنش گرمایی در طیور تأثیر به‌سزایی در کاهش عملکرد، سیستم ایمنی و افزایش تلفات دارد. با توجه به تعاملات میان مسیرهای زیستی دخیل در تنش گرمایی و اهمیت تنظیم‌کنندگی آنها، استفاده از یک رویکرد جامع برای مطالعه تنش گرمایی ضروری می‌باشد. در این مطالعه اثرات تنش گرمایی بر بیان ژن در دو گروه از جوجه‌های گوشتی تحت تأثیر تنش گرمایی و بدون تنش گرمایی (شاهد)، بررسی شد. در تجزیه، داده‌های ریزآرایه تعداد 1000 ژن استخراج و پس از حذف ژنهای تکراری و خارج از سطح معنی‌داری در بیان (01/0P<)، تعداد 709 ژن شناسایی شد. با بهره‌گیری از سایت String و آنالیز ژن‌ها در نرم‌افزار Cytoscape، تعداد 115 ژن در چهار ماژول عملکردی شناسایی شد که در مسیرهای زیستی اسپلایسوزوم، یوبیکویتین واسطه‌گر پروتئولیز، بیوژنز ریبوزوم، پردازش پروتئین در شبکه آندوپلاسمی، اتوفاژی-حیوانی و مسیرهای سیگنالینگ سیستم ایمنی ذاتی، MAPK Pathway و پیری سلولی دخیل بودند. نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که تنش گرمایی در طیور نقش مهمی در عملکرد رشد، سیستم ایمنی و سایر مکانیسم‌های بیولوژیکی دارد. شناسایی ژنهای مؤثر در تنش گرمایی همچون PTEN و HSPها در پرندگان و بررسی داده‌های ریزآرایه، میتواند افق جدیدی را در درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی پیش روی ما قرار دهد.
فرزاد غفوری؛ مصطفی صادقی؛ ابوالفضل بهرامی؛ سید رضا میرائی آشتیانی
چکیده
امروزه انتخاب ژنتیکی برای افزایش رشد و تولید پروتئین حیوانی با کیفیت بالا در جوجه‌های گوشتی (Gallus gallus domesticus)، معمولاً منجر به افزایش وزن بیش از حد خواهد شد که نتیجۀ آن تأثیر منفی بر راندمان مصرف خوراک و کیفیت لاشه مانند افزایش چربی محوطه بطنی میشود. هدف این مطالعه استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت چربی دو دسته جوجه‌های ...
بیشتر
امروزه انتخاب ژنتیکی برای افزایش رشد و تولید پروتئین حیوانی با کیفیت بالا در جوجه‌های گوشتی (Gallus gallus domesticus)، معمولاً منجر به افزایش وزن بیش از حد خواهد شد که نتیجۀ آن تأثیر منفی بر راندمان مصرف خوراک و کیفیت لاشه مانند افزایش چربی محوطه بطنی میشود. هدف این مطالعه استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت چربی دو دسته جوجه‌های گوشتی با چربی زیاد و کم در محوطۀ بطنی، بهمنظور شناسایی ژنهای مؤثر در متابولیسم و ذخیره چربی می‌باشد. در تجزیه داده‌های ریزآرایه و RNA-seq برای بیان تفاوت ژنی بهترتیب 2914 و 1867 ژن استخراج شد که در مجموع با مقایسه ژنهای شناسایی‌شده که تفاوت بیانی معنی‌داری داشتند (000001/0P<)، 1835 ژن شناسایی شد. سپس با مقایسه تعداد ژن مربوطه در میان پروفایل‌های ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک مرتبط شامل THBS1، COLEC12، ANXA7، RGS19، TMEM258 و HTR7L بودند که در فرآیند اصلی مسیرهای کنترل سنتز، متابولیسم و ذخیره چربی و مسیر سیگنالینگ غدد درونریز فعال شده توسط آدیپوکینها دارای نقش می‌باشند. تجزیه و تحلیل ترانسکریپتوم مرتبط با ذخیره چربی محوطه بطنی میتواند بیانکننده نقش آن به‌عنوان یک اندام متابولیک و درونریز در جوجه‌های گوشتی باشد.
ابوالفضل بهرامی؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ مصطفی صادقی؛ علی نجفی
چکیده
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد ...
بیشتر
آخرین مرحلۀ فولیکولوژنسیز در فولیکول تخمدان پستانداران شامل بیشترین توسعه و اوج فعالیت لایههای بافت پوششی (اپیتلیال) یاختههای گرانولوزا است که حفرۀ آنترال را احاطه کردهاند. در طول رشد و توسعۀ فولیکول، یاختههای گرانولوزا تکثیر میشوند و هورمونهای لازم برای رشد اووسیت را ترشح میکنند. در گاو، فولیکول نیاز به رشد تا قطر بالای 10 میلی‌متر دارد تا آماده برای تخمکریزی شود و پس از این مرحله یاختههای گرانولوزا تغییر کرده و تبدیل به تودۀ یاختههای ویژهای بنام جسم زرد میشوند. برای درک بهتر اساس مولکولی رشد فولیکولی و بلوغ یاختههای گرانولوزا، پروفایل ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزا از کوچک (<5mm) تا بزرگ (>10mm) با استفاده از روش دادهکاوی بررسی شد. درمجموع با مقایسۀ ترانسکریپتوم یاختههای گرانولوزای بزرگ و کوچک درمجموع 283 ژن شناسایی شدند. با بازسازی شبکه و تجزیۀ آن موفق به شناسایی آثار متقابل آنها و درنهایت با استفاده از ابزارهای مختلف درزمینۀ پیدا کردن ماژولهای مهم و عملکردی، شش ماژول شناسایی شد که مهم‌ترین ژنهای مرتبط شامل αTNF، NR1H4، LHCGR، FSHR، PTHLH، LHB، CAD، HSD3B1، CYP17A1، DICE1، MCE1، COX و آروماتاز بودند. این مشاهده‌ها توصیه میکند که شش ماژول شناسایی‌شده در بررسی می‌توانند به‌عنوان نشانگرهایی برای مرحلۀ نهایی تمایز فولیکول و آغاز مرگ یاخته باشند.
