شناسایی نشانه های انتخاب ژنومی در گاوهای نژادهای سرابی، نجدی، تالشی و هلشتاین با روش hapFLK

مهدی فرضی؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد باقر زندی باغچه مریم

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 آبان 1401

https://doi.org/10.22059/ijas.2022.341411.653884

چکیده
  به منظو شناسایی نشانه های انتخاب در گاوهای نژادهای بومی و هلشتاین از اطلاعات ژنومی 372 رأس گاو شامل 113 رأس سرابی ، 143 راس نجدی، 56 رأس تالشی و 60 رأس هلشتاین ، که به وسیله Illumina Bead Chip 40K (برای نژاد های بومی) و Illumina Bead Chip 770K ( برای نژاد هلشتاین) تعیین ژنوتایپ شده بودند، استفاده شد. برای شناسایی نشانه های انتخاب از روش آماری hapFLK با نرم افزار hapFLK ...  بیشتر

شناسایی نشانه‌های انتخاب مرتبط با مقاومت به بیماری لکوز (‏BLV‏) در گاوهای هلشتاین ایران‏

مهدی جوان نیکخواه؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد حسین مرادی؛ علی صادقی سفیدمزگی

دوره 52، شماره 1 ، خرداد 1400، ، صفحه 23-35

https://doi.org/10.22059/ijas.2021.311808.653805

چکیده
  بیماری ویروس لکوز گاوی (BLV) یکی از بیماری‌های کشنده ویروسی است که هر ساله با ضررهای اقتصادی زیادی در صنعت گاو شیری، همانند کاهش توان تولیدی و عملکرد تولیدمثلی حیوانات مبتلا و درنهایت حذف آن‌ها همراه است. هدف از اجرای این پژوهش شناسایی نشانه­های انتخاب مرتبط با مقاومت به BLV در گاوهای هلشتاین ایران بود. به این منظور مجموع ۱52 حیوان برای ...  بیشتر

برآورد اندازه مؤثر جمعیت گاومیش‌های آبی ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا

دوره 50، شماره 3 ، آذر 1398، ، صفحه 197-205

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.228198.653513

چکیده
  به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیت­های گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونه­گیری به‌عمل آمد. نمونه­ها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل ...  بیشتر

جستجوی نشانه‌های انتخاب بین گاومیش‌های آذری و مازندرانی با استفاده از نشانگرهای SNP با تراکم زیاد

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جواد رحمانی نیا

دوره 50، شماره 2 ، شهریور 1398، ، صفحه 89-102

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.228562.653514

چکیده
  به­منظور یافتن نشانه­های انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانه­ای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونه­ها به­وسیله­ آرایه­های ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانه­های انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آن­ها بالاتر ...  بیشتر

مطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq

محمدرضا عطاری؛ حسین مرادی شهربابک؛ غلامعلی نهضتی؛ محمد حسین بنابازی؛ محمدرضا هاشمی

دوره 50، شماره 2 ، شهریور 1398، ، صفحه 103-113

https://doi.org/10.22059/ijas.2019.257296.653635

چکیده
  این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن‌های شاخص در تمایز و تکامل ملکه، نر و کارگر با مقایسه تفریقی آن‌ها در سن 5 لاروی یا همان سن تمایز انجام شد. لذا ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 15 نمونه از زنبور عسل نژاد ایتالیایی (A. m. ligustica) شامل 5 زنبور نر، 5 کارگر و 5 ملکه از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع زنبور ...  بیشتر

بررسی همبستگی بین تولید و ترکیب شیر و ارزش اصلاحی آن ها با میزان متان پیش بینی شده از طریق اسیدهای چرب فرار در گاوهای هلشتاین ایران

علی جلیل سرقلعه؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مهدی ساعتچی

دوره 50، شماره 1 ، خرداد 1398، ، صفحه 1-10

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.230439.653526

چکیده
  در سیستم تولیدی نشخوارکنندگان، هر حیوان روزانه 500-250 لیتر متان تولید می­کند به‌طوری‌که تخمین زده شده است میزان مشارکت نشخوراکنندگان در گرمای جهان معادل با 10-8 درصد در طول 100-50 سال آینده می­باشد. هدف از این تحقیق بررسی مقدار همبستگی میزان متان (پیش­بینی­شده از طریق اسیدهای چرب فرار) با صفات تولید شیر، اجزای متشکل آن و ارزش­های ...  بیشتر

بررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تک‌جوری در گاومیش‌های نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشه‌های متراکم نشانگری

محمد حسین فلاحی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی

دوره 49، شماره 2 ، شهریور 1397، ، صفحه 247-255

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.214013.653463

چکیده
  هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوک­های تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشه­های متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استان­های گیلان، اردبیل، ...  بیشتر

تعیین جنسیت قناری بر پایۀ ژن CHD مربوط به کروموزوم‌های جنسی با استفاده از پر

حمیدرضا عبداللهی؛ حسن مهربانی یگانه؛ حسین مرادی شهربابک

دوره 49، شماره 2 ، شهریور 1397، ، صفحه 257-265

https://doi.org/10.22059/ijas.2018.250993.653611

چکیده
   هدف از این تحقیق استفاده از پر به­عنوان روشی ساده، سریع، کم­هزینه، بدون خطر و ایمن و مطمئن برای تعیین جنسیت قناری در اوایل تولد، برای کمک به برنامه‌های اصلاح نژادی و پرورش این پرنده است. شکل ظاهری جنس نر و مادۀ بسیاری از پرندگان از جمله قناری تا حدودی همانند هم بوده و تشخیص جنسیت آن‌ها بسیار دشوار است. با استفاده از این روش مولکولی ...  بیشتر

پویش ژنگان کل برای تعیین جایگاه‌های تحت انتخاب مثبت در گوسفندان نژاد زندی

حسین محمدی؛ سید عباس رافت؛ حسین مرادی شهربابک؛ جلیل شجاع؛ محمد حسین مرادی

دوره 48، شماره 4 ، اسفند 1396، ، صفحه 533-548

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.229950.653520

چکیده
  شناسایی مناطق ژنگانی (ژنوم) که هدف انتخاب بوده­اند، یکی از راهکار‌های اصلی تحقیقات زیستی است. هدف این پژوهش، پویش کل ژنگان برای شناسایی مناطقی از ژنگان گوسفندان نژاد زندی که در طی سال­های مختلف هدف انتخاب­های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته‌اند، بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند نژاد زندی با استفاده از آرایه­های ژنگانی Illumina ovine SNP50K BeadChip ...  بیشتر

مقایسة روش‌های PCA و DAPC در تجزیه‌وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران با تراشه‌های اسنیپ 90k

زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهر بابک؛ محمد مرادی شهر بابک

دوره 48، شماره 2 ، شهریور 1396، ، صفحه 153-161

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.213547.653461

چکیده
  اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامه­های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیت­ها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم می­آورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل ...  بیشتر

گروه‌بندی ژنتیکی گاومیش های بومی آذری و شمالی با روش شبکۀ عصبی SVM

زهرا عزیزی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ عباس رأفت؛ جلیل شجاع

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 279-290

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59033

چکیده
  هدف این تحقیق گروه‌بندی گاومیش‌های استان­های آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بوم‌جور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بوم‌جور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بوم‌جور شمالی و آذری نمونه‌گیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا ...  بیشتر

شناسایی یک چندشکلی جدید در راه‌انداز ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) در بلدرچین ژاپنی به روش PCR-SSCP

هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 303-312

https://doi.org/10.22059/ijas.2016.59035

چکیده
  ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونه­های مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...  بیشتر

بررسی چندریختی اگزون چهار ژن هورمون رشد و اگزون ده گیرنده هورمون رشد و ارتباط آن‌ها با صفات لاشه در گوسفند نژاد لری بختیاری

حسین مرادی شهربابک؛ رسول خدابخش زاده؛ مصطفی صادقی؛ امیر طاهری یگانه

دوره 47، شماره 1 ، خرداد 1395، ، صفحه 51-61

https://doi.org/10.22059/ijas.2017.61672

چکیده
  ژن هورمون رشد ((GH ژنی نامزد (کاندیدا) برای رشد حیوانات اهلی است و هورمون رشد نقش مهمی در سوخت‌وساز (متابولیسم) رشد دارد. برای اینکه هورمون رشد بتواند در سوخت‌وساز رشد شرکت کند نیاز به گیرنده­های آن (GHR) در سطح یاخته­های هدف دارد. این پژوهش با هدف بررسی ارتباط چندریختی ژن­های GH و GHR با صفات لاشه در نژاد لری بختیاری انجام شد. برای این منظور، ...  بیشتر

بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

جواد رحمانی نیا؛ سید رضا میرائی آشتیانی؛ حسین مرادی شهربابک

دوره 46، شماره 3 ، مهر 1394، ، صفحه 277-287

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.56422

چکیده
  رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالی‌یابی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در ...  بیشتر

پویش ژنومی نشانه‌های انتخاب در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی

مهدی مخبر؛ محمد مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ حسین مرادی شهربابک؛ جان ویلیامز

دوره 46، شماره 2 ، تیر 1394، ، صفحه 119-131

https://doi.org/10.22059/ijas.2015.55643

چکیده
  شناسایی مناطق ژنومی که هدف انتخاب بوده‌اند، از بحث‌برانگیزترین مباحث در حوزة تحقیقات ژنتیک حیوانی، به‌خصوص در حیوانات اهلی است. در این مطالعه، پویش کل ژنوم برای شناسایی مناطقی از ژنوم که در گاومیش‌های خوزستانی و مازندرانی هدف انتخاب‌های طبیعی یا مصنوعی قرار گرفته‌اند، اجرا شده است. بدین منظور 148 رأس گاومیش رودخانه‌ای شامل جمعیت‌های ...  بیشتر

عوامل مرتبط با مرگ‌ومیر از تولد تا یک‌سالگی در بره‌های مغانی

حامد رضایی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهر بابک؛ مهدی بایری یار

دوره 45، شماره 1 ، اردیبهشت 1393، ، صفحه 51-58

https://doi.org/10.22059/ijas.2014.51749

چکیده
  در این پژوهش از رکوردهای زنده‌‌‌مانی 9700 رأس بره، حاصل از 735 رأس قوچ و 8082 رأس میش گلۀ ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند مغانی طی سال‌های 1365 تا 1390 استفاده گردید. توزیع فراوانی علل حذف و تابع توزیع زنده‌‌‌مانی بره‌ها تا یک‌سالگی با برنامۀ  SAS(2000) برآورد شد. نتایج بیانگر حذف 81/49 درصد از کل بره‌ها تا یک‌سالگی بنا به دلایلی همچون بیماری، ...  بیشتر

کاربرد روش تحلیل مؤلفۀ اصلی برای پیش‌بینی وزن دنبه و وزن لاشه در بره‎های ماکوئی

مهدی مخبر؛ حسین مرادی شهربابک؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی

دوره 44، شماره 4 ، دی 1392، ، صفحه 347-354

https://doi.org/10.22059/ijas.2013.50378

چکیده
  هدف از این مطالعه بررسی ارتباط 18 صفت وزن زنده، ارتفاع جدوگاه، محیط دور سینه، محیط دور گردن، طول بدن حیوان، محیط دور حفرۀ بطنی، عرض بالای دنبه، عرض وسط دنبه، عرض پایین دنبه، طول طرف راست دنبه، طول شکاف دنبه، طول طرف چپ دنبه، قطر بالای دنبه، قطر وسط دنبه، قطر پایین دنبه، محیط بالای دنبه، محیط وسط و پایین دنبه با صفات اوزان لاشه با دنبه، ...  بیشتر