زینب امیری قنات سامان؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی
چکیده
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ...
بیشتر
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونههای سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیهوتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
کریم کریمی؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی
چکیده
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک‌نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه‌برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد ...
بیشتر
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک‌نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه‌برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهدهشده، متوسط فراوانی آللهای نادر و درصد آللهای در حالت عدم تعادل هاردی-وینبرگ در مجموعۀ دادهها برآورد شد. اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به کمک نرمافزار NEESTIMATOR (v2) به ازای هریک از کروموزومها جداگانه برآورد شد. متوسط اندازۀ مؤثر برآوردشده، 28 فرد بود و متوسط فاصلۀ اطمینان 95% برای این برآوردها 3/17 تا 2/40 به دست آمد. نتایج مطالعه نشان داد که گاو بومی سرابی در معرض خطر جدی انقراض قرار دارد و تدوین برنامههایی برای حفاظت از گاوهای خالص باقیمانده ضروری است.
مسلم مقبلی دامنه؛ مسعود اسدی فوزی؛ احمد آیت الهی مهرجردی
چکیده
در این تحقیق از اطلاعات مربوط به دورههای شیردهی اول و دوم گاوهای هلشتاین ایران که طی سالهای1386 تا 1388 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بود، استفاده گردید.اطلاعات مورد استفاده شامل374170 رکورد روزآزمون تولید شیر و چربی مربوط به 54580 حیوان در 205 گله بود. مؤلفههای (کو) واریانس با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و نرمافزار ...
بیشتر
در این تحقیق از اطلاعات مربوط به دورههای شیردهی اول و دوم گاوهای هلشتاین ایران که طی سالهای1386 تا 1388 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بود، استفاده گردید.اطلاعات مورد استفاده شامل374170 رکورد روزآزمون تولید شیر و چربی مربوط به 54580 حیوان در 205 گله بود. مؤلفههای (کو) واریانس با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و نرمافزار ASRemlبرآورد گردید. در این تحقیق به منظور تصحیح اثر ناهمگنی واریانس باقیمانده،دوره شیردهی که از 5 تا 305 روز بود به 10 گروه با فواصل 30 روزه دستهبندی شد.نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که افزایش تعداد دفعات دوشش از سه بار به چهار بار در روز موجب افزایش میزان تولید شیر و چربی میشود. بطوریکه در گاو های 4 بار دوشش در کل دوره شیر دهی و اوج تولید به ترتیب 14 و 15.6 درصد شیر بیشتر و 12.8 و 17 درصد چربی بیشتر تولید شد. میانگین وراثتپذیری تولید شیر در گاوهای 3 بار دوشش و 4 بار دوشش 25/0 و میانگین وراثتپذیری تولید چربی در گاوهای 3 بار دوشش و 4 بار دوشش به ترتیب 11/0و17/0بّرآورد گردید.
محمد نبی حسنی؛ مسعود اسدی فوزی؛ علی اسمعیلی زاده؛ محمدرضا محمدآبادی
دوره 41، شماره 4 ، اسفند 1389، ، صفحه 323-329
چکیده
تجزیه ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی رائینی شامل وزن بدن در زمان تولد، سه ماهگی، شش ماهگی، نه ماهگی و یک سالگی با استفاده از 11923 رکورد وزن بدن در سنین ذکر شده مربوط به 4117 حیوان انجام شد. این حیوانات فرزندان 206 پدر و 1402 مادر بودند. رکوردهای مورد استفاده از ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز کرکی رائینی واقع در شهرستان بافت از استان کرمان و طی 15 سال ...
بیشتر
تجزیه ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی رائینی شامل وزن بدن در زمان تولد، سه ماهگی، شش ماهگی، نه ماهگی و یک سالگی با استفاده از 11923 رکورد وزن بدن در سنین ذکر شده مربوط به 4117 حیوان انجام شد. این حیوانات فرزندان 206 پدر و 1402 مادر بودند. رکوردهای مورد استفاده از ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز کرکی رائینی واقع در شهرستان بافت از استان کرمان و طی 15 سال از 1370 تا 1385 جمع‌آوری گردیدند. در این تحقیق اهمیت اثرات تصادفی اضافی شامل اثرات ژنتیکی مادری، کوواریانس بین اثرات ژنتیکی افزایشی و اثرات ژنتیکی مادری و اثرات محیط دائمی مادری مورد بررسی قرار گرفت. براین اساس اضافه کردن اثرات ژنتیکی مادری در مدل تجزیه ژنتیکی وزن بدن در زمان تولد، سه ماهگی، شش ماهگی و نه ماهگی مهم تشخیص داده شد. وراثتپذیری مادری این صفات به ترتیب 17/0، 08/0، 09/0 و 09/0 تخمین زده شد. نتایج این تحقیق همچنین نشان میدهد برای وزن یکسالگی فقط اثرات محیط دائمی مادری به عنوان یک اثر تصادفی اضافی مهم میباشد. این نتایج با استفاده از مدل حیوانی یک متغیره بدست آمد. مؤلفههای (کو)واریانس برای کلیه سنین مورد بررسی با استفاده از یک مدل حیوانی چند متغیره برآورد گردیدند. بر این اساس وراثتپذیری مستقیم صفات رشد از تولد تا نه ماهگی (وزن یک سالگی به علت محدودیت کم بودن تعداد رکورد و ساختار نامناسب آنها از مدل چند متغیره حذف گردید) به ترتیب 05/0±26/0، 04/0±30/0، 05/0±33/0 و 05/0±30/0 برآورد گردید. بنابراین با انجام انتخاب می‌توان این صفات را از نظر ژنتیکی بهبود بخشید. همبستگی ژنتیکی بین وزن‌های مختلف مثبت و زیاد برآورد گردید (66/0 تا 96/0). بنابراین انتخاب برای هرکدام از این سنین موجب افزایش وزن در سایر سنین نیز میگردد. مقدار همبستگی ژنتیکی بین وزن سه ماهگی و وزن بدن در سنین بعدی 92/0 تا 95/0 برآورد گردید. بنابراین وزن سه ماهگی (از شیرگیری) می‌تواند به عنوان یک ملاک انتخاب مناسب به منظور بهبود ژنتیکی وزن بدن در بز کرکی رائینی مورد استفاده قرار گیرد.
علی اسماعیلی کشکوئیه؛ محمدرضا محمد آبادی؛ مسعود اسدی فوزی
دوره 39، شماره 1 ، اسفند 1387
چکیده
نقشه‌های ژنتیکی اشباع از نشانگرهای DNA، امکان شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات اقتصادی (QTL) را در دام‌های اهلی فراهم نموده‌اند. هدف از انجام تحقیق حاضر، بررسی اصول استفاده از روش رگرسیون ساده برای آنالیز QTL در طرح خانواده ناتنی پدری (PHS) بود. جنبه های تئوری کاربرد رگرسیون ساده برای آنالیز QTL در طرح PHS مورد بررسی قرار گرفت. مطالعه داده‌های ...
بیشتر
نقشه‌های ژنتیکی اشباع از نشانگرهای DNA، امکان شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات اقتصادی (QTL) را در دام‌های اهلی فراهم نموده‌اند. هدف از انجام تحقیق حاضر، بررسی اصول استفاده از روش رگرسیون ساده برای آنالیز QTL در طرح خانواده ناتنی پدری (PHS) بود. جنبه های تئوری کاربرد رگرسیون ساده برای آنالیز QTL در طرح PHS مورد بررسی قرار گرفت. مطالعه داده‌های شبیه سازی شده نشان داد که با افزایش میزان اثر QTL و اندازه خانواده، قدرت روش رگرسیون برای تشخیص QTL افزایش می یابد. همچنین افزایش اندازه خانواده منجر به افزایش دقت و صحت برآورد موقعیت و اندازه اثر QTL می شود. داده های وزن شیرگیری رکوردبرداری شده روی 366 حیوان مربوط به سه خانواده ناتنی از گاوهای گوشتی که برای تعداد 189 نشانگر ریزماهواره ای واقع بر روی 29 اتوزوم، تعیین ژنوتیپ شده بودند، با استفاده از روش رگرسیون ساده تجزیه و تحلیل شدند. نتایج نشان داد که کروموزوم های 14 (محتمل ترین موقعیت 29 سانتی مورگان) و 16 (محتمل ترین موقعیت81 سانتی مورگان) حامل QTL موثر بر این صفت هستند.
