رستم پهلوان؛ محمد مرادی شهربابک؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ رستم عبداللهی آرپناهی
چکیده
در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورم‌پستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طول‌عمر تولیدی و افزایش هزینه‌ها، سبب تحمیل زیان‌های اقتصادی جدی به این صنعت شده‌است. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلول‌های بدنی به‌عنوان یکی از شاخص‌های ارزیابی ...
بیشتر
در پرورش گاوشیری هدف اصلی افزایش سود است. افزایش بیماری ورم‌پستان از مشکلات اصلی پرورش گاوشیری با کاهش طول‌عمر تولیدی و افزایش هزینه‌ها، سبب تحمیل زیان‌های اقتصادی جدی به این صنعت شده‌است. این مطالعه باهدف بررسی معماری ژنتیکی و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات تولیدشیر و تعداد سلول‌های بدنی به‌عنوان یکی از شاخص‌های ارزیابی کیفیت شیر و معیاری غیرمستقیم از بیماری ورم‌پستان، انجام شده‌است. برای بررسی ارتباط و شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پیوستگی سراسری ژنوم یک‌مرحله‌ای با دادههای ژنومی 1938 راس گاو نر استفاده شد. نتایج براساس واریانس ژنتیکی افزایشی پنجرههای 5/1 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شده است. پنجره‌هایی که بیش از 1% واریانس را کنترل می‌کنند به‌عنوان نواحی ژنومی اصلی و جهت یافتن ژن‌های کاندیدا استفاده شدند. تعداد 11 پنجره ژنومی اصلی روی 9 کروموزوم اتوزوم، حاوی 94 ژن کاندیدا حدود 20% واریانس ژنتیکی معیار سلول‌های بدنی را توصیف می‌کردند. بیشترین واریانس مربوط به پنجره‌ای روی کروموزوم 14 (85/3%) بود. تعداد 6 پنجره اصلی روی 6 کروموزوم شامل 89 ژن کاندیدا، مرتبط با تولیدشیر بودند. این پنجره‌ها 8/8% واریانس و مهم‌ترین پنجره روی کروموزوم 10، حدود 08/2% واریانس را کنترل می‌نمودند. درخصوص مقدار چربی و پروتئین شیر، به‌ترتیب تعداد 9 منطقه روی 7 کروموزوم، حدود 6/15% و 9 پنجره روی 8 کروموزوم، حدود 6/10% از واریانس را توصیف می‌کردند. نتایج نشان داد که 4 ناحیه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. یافته‌های این تحقیق میتواند به‌عنوان منبع اطلاعاتی مهمی در ارزیابیهای ژنومی صفات تولید شیر و تعداد سلول‌های بدنی باشد.
بابک عنایتی؛ امیر رشیدی؛ رستم عبداللهی آرپناهی؛ محمد رزم کبیر
چکیده
هدف از پژوهش کنونی مقایسه استراتژی‌های اصلاح نژاد در گله مرغ بومی مازندران به کمک شبیهسازی رایانه‌ای بود. صفات شبیه‌سازیشده، وزن بدن در زمان تولد (BW1)، هشت هفتگی (BW8)، دوازده هفتگی (BW12)، زمان بلوغ جنسی (BWM)، سن بلوغ جنسی (AFE)، وزن اولین تخم (EWM)، میانگین وزن تخممرغ در هفتههای 28 تا 32 (EW28-32) و تعداد تخممرغ (EN) بودند. در استراتژی ...
بیشتر
هدف از پژوهش کنونی مقایسه استراتژی‌های اصلاح نژاد در گله مرغ بومی مازندران به کمک شبیهسازی رایانه‌ای بود. صفات شبیه‌سازیشده، وزن بدن در زمان تولد (BW1)، هشت هفتگی (BW8)، دوازده هفتگی (BW12)، زمان بلوغ جنسی (BWM)، سن بلوغ جنسی (AFE)، وزن اولین تخم (EWM)، میانگین وزن تخممرغ در هفتههای 28 تا 32 (EW28-32) و تعداد تخممرغ (EN) بودند. در استراتژی اول خروسها بر اساس ارزش اصلاحی صفت BW12 و مرغها براساس یک شاخص چهار صفتی شامل BW12، AFE، EW28-32 و EN انتخاب شدند. در استراتژی دوم خروسها و مرغها براساس یک شاخص چهار صفتی شامل BW12، AFE، EW28-32 و EN انتخاب شدند. در استراتژی اول پس از 10 نسل صفات BW1، BW12، BWM، EW28-32 و EWM به ترتیب به میزان 49/1، 81/573، 58/397، 96/3 و 75/3 گرم و AFE وEN به ترتیب به میزان 51/3- روز و 09/2 تخممرغ بهبود یافت. در استراتژی دوم پس از 10 نسل بهبود صفاتBW12 ،BWM ، AFE و EN به میزان 78/415 و 74/218 گرم و 77/9- روز و 45/9 تخممرغ بود. میانگینهای ضریب همخونی در استراتژی اول و دوم در پایان نسل دهم به ترتیب برابر 048/0 و 078/0 بود. نتایج حاصل نشان داد، استراتژی اول برای گلههای مادر با هدف تولید گوشت و استراتژی دوم برای گلههای دو منظوره با هدف تولید تخممرغ و گوشت مناسب میباشد.
محمد حسین فلاحی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی
چکیده
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، ...
بیشتر
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادههای نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141 SNP برای تجزیهوتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تکجورها و اندازۀ مؤثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصلۀ بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصلۀ 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 بهدست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصلۀ میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونه‌های تجزیهشده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوکهای تک‌جوری خوشهبندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش میدهند.اندازۀ مؤثر جمعیت با استفاده از آمارۀ (r2) محاسبه شد. اندازۀ مؤثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.
ناهید پرنا؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ مصطفی صادقی؛ رستم عبداللهی آرپناهی
چکیده
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی میتوان گروهی ...
بیشتر
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی میتوان گروهی از حیوان‌ها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای کمتراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن‌ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تأثیر سه تراشۀ کمتراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد‌شده به تراکم بالای 10k و رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای تأیید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزشهای اصلاحی برآوردشده در تراشههای مختلف با استفاده از دادۀ همانند‌سازیشده، بررسی شد. برای ساختن تراشههای کمتراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرمافزار FImpute صورت گرفت. به‌طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزشهای اصلاحی برآوردشده به‌دست‌آمده از تراشههای مختلف افزایش پیدا کرد. به‌گونه‌ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشۀ کمتراکم 4k و تراشۀ متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگانهای تراشۀ 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابیهای ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصلۀ جمعیت مرجع و جمعیتهای تأیید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.
خبات خیرآبادی؛ جمال فیاضی؛ هدایت اله روشنفکر؛ رستم عبداللهی آرپناهی
چکیده
به منظور افزایش صحت ارزیابیهای روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک‌‌نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاههای ...
بیشتر
به منظور افزایش صحت ارزیابیهای روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک‌‌نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاههای ژنی کنترل‌‌کنندة صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد (50 نر و 50 ماده) آمیزش تصادفی صورت گرفت. در نسل 101 (جمعیت مرجع) تعداد نمونهها به 1000 یا 2000 فرد افزایش یافت و برای این افراد یک ارزش فنوتیپی شبیهسازی شد. سپس اثر نشانگرها در این جمعیت با استفاده از روش GBLUP و روش ترکیبی GBLUP با تکنیک بگینگ (BGBLUP) برآورد گردید. در آخر با استفاده از ضرایب رگرسیونی برآورد شده و با توجه به ژنوتیپ نشانگرها برای افراد جوان نسل‌‌های 102 تا 105 که جمعیت تائید نام دارند و فاقد فنوتیپ‌‌اند، ارزشهای اصلاحی ژنومی محاسبه شد. براساس نتایج پژوهش حاضر، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP در همة حالات از حیث عددی بالاتر از BGBLUP بوده (p > 0.05) و در مورد نسل اول جمعیت تائید (نسل 102) و بدون توجه به توزیع آثار جایگزینی ژنها، با جمعیتی برابر 1000 (یا 2000) فرد در جمعیت مرجع دامنة صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP از 049/0±339/0 (042/0±412/0) برای صفت با توارث‌‌پذیری 5 درصد تا 015/0±728/0 (015/0±783/0) برای صفت با توارث‌‌پذیری 65 درصد متفاوت بود و مقادیر مشابه برای روش BGBLUP نیز به ترتیب 047/0±338/0 (042/0±411/0) و 016/0±725/0 (015/0±780/0) بود.
وحید عرب فیروزجایی؛ رستم عبداللهی آرپناهی؛ عبدالرضا صالحی
چکیده
اثر متقابل اجتماعی در میان افراد میتواند نقش مهمی بر میزان عملکرد صفات تولیدی و صفات مرتبط با شایستگی در دامهای اهلی داشته باشد. به همین جهت در این بررسی اثر متقابل اجتماعی پن در یک لاین تجاری گوشتی برای دو صفت وزن تخممرغ و وزن بدن ارزیابی و در این پژوهش از دادههای 29645 پرنده واقع در مجتمع مرغ لاین آرین بابل‌کنار استفاده شد ...
بیشتر
اثر متقابل اجتماعی در میان افراد میتواند نقش مهمی بر میزان عملکرد صفات تولیدی و صفات مرتبط با شایستگی در دامهای اهلی داشته باشد. به همین جهت در این بررسی اثر متقابل اجتماعی پن در یک لاین تجاری گوشتی برای دو صفت وزن تخممرغ و وزن بدن ارزیابی و در این پژوهش از دادههای 29645 پرنده واقع در مجتمع مرغ لاین آرین بابل‌کنار استفاده شد و فراسنجه‌های ژنتیکی مستقیم و اجتماعی برای این دو صفت با استفاده از چهار مدل شامل مدل کلاسیک حیوانی، مدل با اثر تصادفی پن و مدل‌های کامل با اثر متقابل اجتماعی با و بدون کوواریانس برآورد شد. بر پایۀ معیار آماری AICمناسبترین مدل برای صفت وزن تخممرغ و وزن بدن انتخاب شد. بر پایۀ مناسبترین مدل، وراثتپذیری وزن تخممرغ 60/0 و برای وزن بدن 55/0 برآورد شد. کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و اثر متقابل اجتماعی برای وزن تخممرغ 51/0- و برای وزن بدن 37/0 به دست آمد. به‌طورکلی نتایج نشان داد، به دلیل رقابت ژنتیکی بین اعضای پن برای صفت وزن تخممرغ و وزن بدن، باید اثر متقابل اجتماعی و اثر پن در مدل ارزیابی ژنتیکی این دو صفت در این جمعیت در نظر گرفته شود.
زهره یوسفی؛ محمدتقی بیگی نصیری؛ محمد حسین مرادی؛ رستم عبداللهی آرپناهی؛ مسعود شیرعلی
چکیده
شناسایی مناطق ژنگانی (ژنومی) تحت انتخاب مثبت از بحث‌های مهم در حوزۀ ژنتیک جمعیت است. هدف این تحقیق، شناسایی مناطقی از ژنگان گوسفندان افشاری و مغانی است که تحت تأثیر انتخاب طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند. برای این منظور 75 رأس گوسفند از دو نژاد افشاری (41 رأس) و مغانی (34 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina Ovine SNP50K BeadChip تعیین نژادگان ...
بیشتر
شناسایی مناطق ژنگانی (ژنومی) تحت انتخاب مثبت از بحث‌های مهم در حوزۀ ژنتیک جمعیت است. هدف این تحقیق، شناسایی مناطقی از ژنگان گوسفندان افشاری و مغانی است که تحت تأثیر انتخاب طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند. برای این منظور 75 رأس گوسفند از دو نژاد افشاری (41 رأس) و مغانی (34 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina Ovine SNP50K BeadChip تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. برای ردیابی نشانههای انتخاب مثبت، از آزمون نااریب FST(تتا) در بستۀ نرمافزاری Lokern در محیط R استفاده شد. نتایج این تحقیق منجر به شناسایی 16منطقۀ ژنگانی روی کروموزومهای 2، 3، 4، 8، 9، 13، 15، 22 و 26 شد که هدف انتخابهای مثبت در این نژادها قرارگرفته بودند. بیشتر این ژنها در مسیرهای انتقال سیگنال در طیف گستردهای از فرآیندهای سلولی و بیوشیمیایی نقش داشتند. به‌ویژه، نشانههای انتخاب پوشانندۀ چندین ژن که به‌طور مستقیم یا غیرمستقیم بر فرآیندهای تجمع رنگدانه در پوست (EDN3، BNC2)، ریخت‌شناختی (مورفولوژی) اسکلت یا ساختار و اندازۀ بدن (BMP2، EXT2،ALX4)، تنظیم سوخت‌وساز (PPP1R3D) و پاسخ ایمنی (IL2RB) مرتبط بودند، شناسایی شدند. مکانهای ژنی شناساییشده نشان میدهد که انتخابهای انجام شده در فرآیند و روند تکامل و سازگار شدن با محیط و شرایط جغرافیایی متفاوت، منجر به تفرق جمعیتی نژادهای افشاری و مغانی شده است. بنابراین، نتایج به‌دست‌آمده از این تحقیق میتواند نقش مهمی در ردیابی مناطق ژنگانی مرتبط با صفات پدیدگانی (فنوتیپی) متمایزکنندۀ این دو نژاد بومی داشته باشد.
رستم عبداللهی آرپناهی؛ محمد رزم کبیر؛ محمدباقر صیادنژاد؛ علیرضا اقبال
چکیده
با توسعۀ مدل‌های آماری مختلط برای ارزیابی صفات تکرارشده در طول زمان، مدل رگرسیون تصادفی (RRM) جایگزین مدل دورۀ شیردهی (LM) شده است. کمترین شمار رکورد روز آزمون لازم در هر دورۀ شیردهی به ازای هر حیوان برای جایگزینی LM با RRM یک چالش در ارزیابی ژنتیکی است. در این بررسی از 381236 رکورد روز آزمون مربوط به 44117 گاو شیری از هشت گله با دورۀ شیردهی اول ...
بیشتر
با توسعۀ مدل‌های آماری مختلط برای ارزیابی صفات تکرارشده در طول زمان، مدل رگرسیون تصادفی (RRM) جایگزین مدل دورۀ شیردهی (LM) شده است. کمترین شمار رکورد روز آزمون لازم در هر دورۀ شیردهی به ازای هر حیوان برای جایگزینی LM با RRM یک چالش در ارزیابی ژنتیکی است. در این بررسی از 381236 رکورد روز آزمون مربوط به 44117 گاو شیری از هشت گله با دورۀ شیردهی اول استفاده شد. بر پایۀ شمار رکورد روز آزمون هر دام، گاوها در پنج گروه حداقل دو رکورد روز آزمون (2≥)، حداقل چهار رکورد روز آزمون (4≥)، حداقل شش رکورد روز آزمون (6≥)، حداقل هشت رکورد روز آزمون (8≥) و حداقل ده رکورد روز آزمون (10≥) دستهبندی شدند. همبستگی رتبهای بین ارزشهای اصلاحی RRM و LM با استفاده از همۀ رکوردها بدون توجه به شمار رکورد روز آزمون هر دام 44/0 برآورد شد و همچنین همبستگی بین دو مدل با استفاده از 2≥ رکورد روز آزمون 71/0 برآورد شد. هنگامی‌که 10 درصد دامهای برتر در دو مدل با هم مقایسه شدند، همبستگی بین RRM و LM به کمتر از 08/0 کاهش یافت. در RRM همبستگی بین EBV گاوهای برتر با حداقل دو رکورد روز آزمون با حداقل ده رکورد روز آزمون برابر با 85/0بود. میانگین درستی EBVها با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی 65/0 و در مدل دورۀ شیردهی 61/0 به دست آمد. به‌طورکلی استفاده از RRMهنگامی بیش از دو رکورد روز آزمون به ازای هر حیوان استفاده شود نسبت به LM ارجح است و لذا پیشنهاد میشود از RRM باحداقل دو رکورد روز آزمون به‌جای LM استفاده شود.
مهدیه راستی فر؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد حسین مرادی؛ رستم عبداللهی آرپناهی
چکیده
هدف از این پژوهش پویش ژنوم گوسفند برای شناسایی جایگاههای مؤثر بر قطر پشم در نژادهای بومی کشور بود. برای این منظور نمونه‌های خون 94 حیوان، شامل 47 رأس از نژاد ایرانی زل و 47 رأس از نژاد ایرانی لری‌بختیاری تهیه شد و پس از استخراج DNA، نمونهها با استفاده از آرایههای Ovine 50k SNP Chip تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای حاصل به منظور بررسی کیفی آنالیز ...
بیشتر
هدف از این پژوهش پویش ژنوم گوسفند برای شناسایی جایگاههای مؤثر بر قطر پشم در نژادهای بومی کشور بود. برای این منظور نمونه‌های خون 94 حیوان، شامل 47 رأس از نژاد ایرانی زل و 47 رأس از نژاد ایرانی لری‌بختیاری تهیه شد و پس از استخراج DNA، نمونهها با استفاده از آرایههای Ovine 50k SNP Chip تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای حاصل به منظور بررسی کیفی آنالیز شدند. پس از این مراحل، در نهایت مجموع 48056 نشانگر SNP مربوط به 90 حیوان آنالیز شدند. نمونة پشم این حیوانات نیز جمعآوری و صفات میانگین قطر الیاف و نسبت الیاف مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر، با استفاده از فناوری OFDA اندازهگیری شدند. در آنالیزهای آماری اثر عوامل ثابت گله، سال تولد و جنس حیوان بررسی شد. پس از شناسایی تأثیرات معنادار، آزمون پویش ژنومی در نرمافزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح FDR استفاده شد. با در نظر گرفتن این نتایج در آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع سه جایگاه نشانگری روی کروموزومهای 1 و 6 با یک اثر معناداری روی صفت نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر هستند، شناسایی شد (05/0p<). بررسی ژن‌های شناساییشده در این مناطق نیز نشاندهندة وجود ژن‌های مهم تأثیرگذار بر کیفیت پشم در این مناطق است.
