رعنا پدر؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ احمد آیت اللهی مهرجردی؛ حجت اسداله پور نعنایی؛ حامد خراتی کوپایی
چکیده
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. ...
بیشتر
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالییابی کل ژنوم نمونه‌های مرغ گینه‌ای به صورتPaired-End با طول خوانش 125 جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش‌های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ‌ها با طول‌های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ‌ها در گروه‌های جداگانه‌ای قرار می‌گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می‌تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ‌های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه‌های بهنژادی ارایه نماید.
زینب امیری قنات سامان؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی
چکیده
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ...
بیشتر
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه‌های سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه‌های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیهوتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه
چکیده
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...
بیشتر
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم f2)) ایجاد شد. رکوردهای مربوط به وزن بدن در سنین مختلف در نسل دوّم ثبت و ارتباط بین چندشکلی بخشی از جایگاه راه‌انداز (پروموتور) ژن IGF1 و این رکوردها بررسی شد. با استفاده از روش PCR-SSCP یک چندشکلی تک نوکلئوتیدیG 15 → '> a در ناحیة موردنظر ژن IGF1 در 472 قطعه بلدرچین در سه نسل تشخیص داده شد. فراوانی ژنوتیپهای AA، AG و GG به ترتیب 05/0، 62/0 و 33/0 و فراوانی همردیف (آلل)های ژنی A و G به ترتیب 36/0 و 64/0 محاسبه شد. وزن بدن در سن 1 تا 5 هفتگی و زمان کشتار و همچنین میانگین افزایش وزن روزانه از هفتۀ اول تا چهارم پرورش در ژنوتیپ AA، کمتر از ژنوتیپ AG و GG بود و این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. میانگین افزایش وزن روزانة مادهها در ژنوتیپ AG بیشتر از نرها بود (001/0P<). نتایج ارائه‌شده در این نوشتار در مقایسه با گزارش‌های دیگر در مرغ، نشان‌دهندۀ یک چندشکلی جدید در ناحیۀ راه‌انداز ژن IGF1 در بلدرچین بود، اما ارتباط آن با صفات مرتبط با وزن بدن و نرخ رشد ازلحاظ آماری معنیدار نبود.
احسان نصیری فر؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ حسن مرادیان؛ سعید سهرابی
چکیده
برای مکان‌یابی جایگاه‌های صفات کمّی (QTL) مؤثر بر صفات لاشه و اندام‌های داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی، با استفاده از تلاقی متقابل دو سویۀ پرندۀ سفید (تخم‌گذار) و وحشی (گوشتی)، پرندگان نسل F1 ایجاد شدند. 422 پرندۀ نسل F2 حاصل از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 در پایان دورۀ 35 روزۀ پرورش کشتار شدند و رکوردبرداری فنوتیپی صفات مربوط به لاشه ...
بیشتر
برای مکان‌یابی جایگاه‌های صفات کمّی (QTL) مؤثر بر صفات لاشه و اندام‌های داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی، با استفاده از تلاقی متقابل دو سویۀ پرندۀ سفید (تخم‌گذار) و وحشی (گوشتی)، پرندگان نسل F1 ایجاد شدند. 422 پرندۀ نسل F2 حاصل از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 در پایان دورۀ 35 روزۀ پرورش کشتار شدند و رکوردبرداری فنوتیپی صفات مربوط به لاشه انجام گرفت و نمونه‌های خون آنها برای تعیین ژنوتیپ چهار نشانگر ریزماهواره واقع روی کروموزوم دو جمع‌آوری شد. داده‌های مربوط به تعیین ژنوتیپ و رکوردبرداری فنوتیپی با روش نقشهیابی درون فاصلهای مبتنی بر تابعیت و با استفاده از 3 مدل آماری متفاوت مورد تجزیه و تحلیل QTL قرار گرفتند و در مجموع 15 جایگاه معنادار مربوط به این صفات شناسایی شدند. در مدل اول تمامی صفات با اثر غلبه معنادار شدند. در مدل دوم تمامی صفات نزدیک نشانگر GUJ0084 قرار داشتند و اغلب صفات QTLهای معناداری با اثرات غلبه و ایمپرینتینگ داشتند. در مدل سوم نیز بیشتر صفات در جنس ماده و با اثر غلبه معنادار شدند. نتایج این پژوهش نقش توارث غیر مندلی (ایمپرینتینگ ژنومی) و اثرات پلیوتروپی و تکژنی را روی بعضی صفات نشان میدهد.
کریم کریمی؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی
چکیده
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک‌نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه‌برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد ...
بیشتر
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک‌نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه‌برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهدهشده، متوسط فراوانی آللهای نادر و درصد آللهای در حالت عدم تعادل هاردی-وینبرگ در مجموعۀ دادهها برآورد شد. اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به کمک نرمافزار NEESTIMATOR (v2) به ازای هریک از کروموزومها جداگانه برآورد شد. متوسط اندازۀ مؤثر برآوردشده، 28 فرد بود و متوسط فاصلۀ اطمینان 95% برای این برآوردها 3/17 تا 2/40 به دست آمد. نتایج مطالعه نشان داد که گاو بومی سرابی در معرض خطر جدی انقراض قرار دارد و تدوین برنامههایی برای حفاظت از گاوهای خالص باقیمانده ضروری است.
مجید پسندیده؛ محمدرضا محمد آبادی؛ علیرضا ترنگ؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
دوره 42، شماره 3 ، دی 1390، ، صفحه 199-205
چکیده
چندین کاوش کل ژنومی، جایگاه‌های صفات کمی (QTL) مؤثر بر صفات تولیدی شیر را روی کروموزوم 6 گاو در نزدیک موقعیت ژن OPN شناسایی کرده‌اند. OPN نوعی فسفوپروتئین است که در بافت‌ها و سلول‌های مختلف سنتز شده و در مایعات بدن ترشح می‌شود. در این تحقیق، استخراج DNA از نمونه‌های خون جمع‌آوری شده از 398 راس گاو هلشتاین از استان‌های تهران و اصفهان انجام ...
بیشتر
چندین کاوش کل ژنومی، جایگاه‌های صفات کمی (QTL) مؤثر بر صفات تولیدی شیر را روی کروموزوم 6 گاو در نزدیک موقعیت ژن OPN شناسایی کرده‌اند. OPN نوعی فسفوپروتئین است که در بافت‌ها و سلول‌های مختلف سنتز شده و در مایعات بدن ترشح می‌شود. در این تحقیق، استخراج DNA از نمونه‌های خون جمع‌آوری شده از 398 راس گاو هلشتاین از استان‌های تهران و اصفهان انجام شد. برای استخراج DNA از روش نمکی استفاده گردید. سپس چندشکلی تک نوکلئوتیدی C>T (SNP C>T) در موقعیت 8514 از ژن OPN به روش PCR-RFLP تعیین ژنوتیپ شد. فراوانی ژنوتیپهای CC، CT و TT به ترتیب 19، 57 و 24 درصد محاسبه شد. با استفاده از آزمون مربع کای، حالت تعادل برای جمعیت بررسی شد. ژنوتیپهای این جایگاه، از تعادل هاردی-واینبرگ انحراف نشان دادند. در این مطالعه، ارتباط معنیداری بین ژنوتیپهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی C>T از ژن OPN با دو صفت درصد چربی تصحیح شده بر اساس دو بار دوشش در روز و درصد پروتئین شیر تصحیح شده بر اساس 305 روز مشاهده شد. ارتباط معنیدار بین چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی با صفات شیر، فرصت مناسبی برای استفاده از برنامه‌های انتخاب بهکمک مارکر در گاو شیری فراهم میآورد.
