شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ‌های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط ‏فیلوژنتیکی و میزان همخونی

رعنا پدر؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ احمد آیت اللهی مهرجردی؛ حجت اسداله پور نعنایی؛ حامد خراتی کوپایی

دوره 53، شماره 1 ، خرداد 1401، ، صفحه 43-51

http://dx.doi.org/10.22059/ijas.2021.322297.653823

چکیده
  هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. ...  بیشتر

بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم

زینب امیری قنات سامان؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 271-277

http://dx.doi.org/10.22059/ijas.2016.59032

چکیده
  در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونه­گیری شد. توالی­یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی‌یابی نسل جدید انجام شد. داده­ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه­های کوچک ژنگان با برنامة GATK  شناسایی شد­ند. تغییرپذیری (واریانت)­های ...  بیشتر

شناسایی یک چندشکلی جدید در راه‌انداز ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) در بلدرچین ژاپنی به روش PCR-SSCP

هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه

دوره 47، شماره 2 ، شهریور 1395، ، صفحه 303-312

http://dx.doi.org/10.22059/ijas.2016.59035

چکیده
  ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونه­های مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...  بیشتر

شناسایی جایگاه‌های صفات کمّی مؤثر بر صفات لاشه و اندام‌های داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی

احسان نصیری فر؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه؛ حسن مرادیان؛ سعید سهرابی

دوره 46، شماره 3 ، مهر 1394، ، صفحه 223-233

http://dx.doi.org/10.22059/ijas.2015.56417

چکیده
  برای مکان‌یابی جایگاه‌های صفات کمّی (QTL) مؤثر بر صفات لاشه و اندام‌های داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی، با استفاده از تلاقی متقابل دو سویۀ پرندۀ سفید (تخم‌گذار) و وحشی (گوشتی)، پرندگان نسل F1 ایجاد شدند. 422 پرندۀ نسل F2 حاصل از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 در پایان دورۀ 35 روزۀ پرورش کشتار شدند و رکوردبرداری فنوتیپی صفات مربوط به لاشه ...  بیشتر

برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تک‌نوکلئوتیدی

کریم کریمی؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه؛ مسعود اسدی فوزی

دوره 46، شماره 3 ، مهر 1394، ، صفحه 335-343

http://dx.doi.org/10.22059/ijas.2015.56427

چکیده
  این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت‌گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک‌نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه‌برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد ...  بیشتر

ارتباط چندشکلی تک نوکلئوتیدی C>T از ژن OPN با ترکیب و تولید شیر در گاوهای هلشتاین ایران

مجید پسندیده؛ محمدرضا محمد آبادی؛ علیرضا ترنگ؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه

دوره 42، شماره 3 ، دی 1390، ، صفحه 199-205

چکیده
  چندین کاوش کل ژنومی، جایگاه‌های صفات کمی (QTL) مؤثر بر صفات تولیدی شیر را روی کروموزوم 6 گاو در نزدیک موقعیت ژن OPN شناسایی کرده‌اند. OPN نوعی فسفوپروتئین است که در بافت‌ها و سلول‌های مختلف سنتز شده و در مایعات بدن ترشح می‌شود. در این تحقیق، استخراج DNA از نمونه‌های خون جمع‌آوری شده از 398 راس گاو هلشتاین از استان‌های تهران و اصفهان انجام ...  بیشتر