سمیه شریفی؛ عباس پاکدل؛ اسماعیل ابراهیمی
چکیده
تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها میتواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر میشود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ...
بیشتر
تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها میتواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر میشود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ورم پستان، از فراتحلیل به روش Fisherبرای یکی کردن p-valueهای بهدستآمده از تجزیۀ انفرادی داده‌های شش بررسی ریزآرایه که بیان ژن بافت پستان هنگام درگیری با باکتری اشریشیاکلی (E. coli) در گاوهای شیری را بررسی کرده بودند، استفاده شد. شناسایی ژنهایی که در هیچیک از بررسیهای انفرادی معنیدار نشده بودند میتواند تأییدکنندۀ هدف بیان شده باشد که منجر به ارائۀ مجموعۀ کاملتری از مسیرهای زیستی مرتبط با سامانۀ ایمنی، التهاب، تجزیۀ پروتئین (پروتئولیز) و مسیرهای مرتبط با رشد و افزونش و مرگ یاختهای شد."کنترل مثبت بیان پروموتور RNA پلیمراز II"مسیر جدیدی در رابطه با این بیماری است که با وجود در بر گرفتن بیشترین شمار ژن در این بررسی، در بررسیهای گذشتۀ مرتبط با ورم پستان گزارش نشده است.
هما اعرابی؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک؛ علی اسمعیلی زاده کشکوییه
چکیده
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم ...
بیشتر
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم f2)) ایجاد شد. رکوردهای مربوط به وزن بدن در سنین مختلف در نسل دوّم ثبت و ارتباط بین چندشکلی بخشی از جایگاه راه‌انداز (پروموتور) ژن IGF1 و این رکوردها بررسی شد. با استفاده از روش PCR-SSCP یک چندشکلی تک نوکلئوتیدیG 15 → '> a در ناحیة موردنظر ژن IGF1 در 472 قطعه بلدرچین در سه نسل تشخیص داده شد. فراوانی ژنوتیپهای AA، AG و GG به ترتیب 05/0، 62/0 و 33/0 و فراوانی همردیف (آلل)های ژنی A و G به ترتیب 36/0 و 64/0 محاسبه شد. وزن بدن در سن 1 تا 5 هفتگی و زمان کشتار و همچنین میانگین افزایش وزن روزانه از هفتۀ اول تا چهارم پرورش در ژنوتیپ AA، کمتر از ژنوتیپ AG و GG بود و این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. میانگین افزایش وزن روزانة مادهها در ژنوتیپ AG بیشتر از نرها بود (001/0P<). نتایج ارائه‌شده در این نوشتار در مقایسه با گزارش‌های دیگر در مرغ، نشان‌دهندۀ یک چندشکلی جدید در ناحیۀ راه‌انداز ژن IGF1 در بلدرچین بود، اما ارتباط آن با صفات مرتبط با وزن بدن و نرخ رشد ازلحاظ آماری معنیدار نبود.
عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل
چکیده
به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده ...
بیشتر
به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده بودند، استفاده شد. به‌منظور انتخاب بهترین مدل از معیار‌های ضریب تبین، آمارۀ دوربین‌ـ‌واتسون، انحراف معیار مانده‌ها، و معیار اطلاع آکایک استفاده شد. در بین توابع استفاده‌شده در مطالعۀ حاضر، تفاوتی در برازش منحنی تولید شیر و مقدار ترکیبات آن وجود نداشت. لیکن توابع علی و شفر و نارشین تاکمای 1 در برازش منحنی درصد چربی و SNF و همچنین، توابع چندجمله‌ای معکوس و گمپرتز در برازش منحنی درصد پروتئین و لاکتوز، در مقایسه با توابع دیگر نتیجۀ بهتری داشتند (ضریب تبین بالا و انحراف استاندارد مانده‌ها پایین). با توجه به نتایج تحقیق حاضر، طی دورۀ شیردهی، وزن بدن بزهای موجود در این تحقیق، روند کاهشی داشت. در بزهای بررسی‌شده، میانگین تولید روزانه، 1 کیلوگرم در روز، زمان رسیدن به اوج تولید شیر، 22 روز پس از زایش، مقدار تولید در زمان اوج تولید، 22/1 کیلوگرم در روز، کل تولید شیر در یک دورۀ 120روزه، 120 کیلوگرم، و تداوم شیردهی، 59/5 برآورد شد.
محمد صاحب هنر؛ محمد مرادی شهربابک؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ دورین جی. گریک
چکیده
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به ...
بیشتر
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم متوسط حاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیت‌های آزمون بر مبنای تراشه‌ای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرد دو‌مرحله‌ای، ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین به‌طور مستقیم از تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سه‌مرحله‌ای، ابتدا ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین از تراشۀ تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپ تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشن تحت تأثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشۀ SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.
راحله صادقی؛ عباس پاکدل؛ محمد مرادی شهر بابک
چکیده
در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهارهفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده ...
بیشتر
در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهارهفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده است (05/0P≥). اگرچه تفاوت بین لاین‌های انتخاب‌شده برای سن بلوغ جنسی در هر دو جهت معنیدار نبود، در مقایسه با لاین کنترل، تفاوت معنیداری مشاهده شد (05/0P≥). متوسط وزن بلوغ جنسی در لاین HW بیشتر از لاین C و LW بود (05/0P≥). همچنین وزن بلوغ جنسی و متوسط وزن تخم در مراحل گوناگون تولیدی در لاین HW در مقایسه با لاین کنترل بالاتر بود (05/0P≥)، این در‌حالی است که درصد تخم‌گذاری در زمان بلوغ جنسی در لاین LW در مقایسه با لاین کنترل بیشتر بود (05/0P≥). تعداد تخم تولیدی نیز در لاین LW از لاین کنترل وHW بالاتر بود، به‌نحوی که این اختلاف با لاین HW معنیدار (05/0P≥)، ولی با لاین کنترل این تفاوت ازنظر آماری معنیدار نبود. بیشترین درصد تخم‌گذاری در هر سه لاین بین ساعات 3 تا 6 بعداز‌ظهر و اوج تولید تخم نیز در ماه دوم پرورش مشاهده شد. با‌توجه به نتایج این تحقیق می‌توان گفت انتخاب واگرا برای وزن بدن به تغییرات همبستهای برای صفات تولیدمثلی می‌انجامد. ازاین‌رو، توصیه میشود حتماً در برنامه‌های انتخاب، به صفات تولیدمثلی نیز توجه شود.
معصومه باقری؛ سید رضا میرایی آشتیانی؛ محمد مرادی شهر بابک؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی
چکیده
ژنToll-Like Receptor 4(TLR4) به عنوان یک گیرندهی سطح سلولی که در پاسخهای ایمنی ذاتی موثر است، سبب شناسایی لیپو پلی ساکاریدهای باکتریهای گرم منفی میشود. نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با پاسخهای ایمنی در طول بروز ورم پستان میتواند در انتخاب گاوها کمک کند. هدف از مطالعه حاضر تعیین رابطهی ژن TLR4با ورم پستان بالینی بود. 270 فرد بر اساس ...
بیشتر
ژنToll-Like Receptor 4(TLR4) به عنوان یک گیرندهی سطح سلولی که در پاسخهای ایمنی ذاتی موثر است، سبب شناسایی لیپو پلی ساکاریدهای باکتریهای گرم منفی میشود. نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با پاسخهای ایمنی در طول بروز ورم پستان میتواند در انتخاب گاوها کمک کند. هدف از مطالعه حاضر تعیین رابطهی ژن TLR4با ورم پستان بالینی بود. 270 فرد بر اساس بالاترین و پایینترین توزیع عوامل باقیمانده ورم پستان بالینی در دو گروه حساس و مقاوم به ورم پستان بالینی با استفاده از روش نمونه برداری توالی یابی انتخابی، انتخاب شدند. به منظور تعیین ژنوتیپ حیوانات از دو روش آزمون چند شکلی ترکیب تک رشته ای (PCR-SSCP) و آزمون چند شکلی قطعات محدود شده (PCR-RFLP) استفاده شد. پس از توالی یابی چند شکلی نوکلئوتید A-G در اگزون 2 و C-T در اگزون 3 از ژن مذکور شناسایی شد. اثر چند شکلی ژن TLR4 روی ورم پستان بالینی با استفاده از تابعیت لوجستیک تجزیه شد. نتایج نشان داد که ژن TLR4 به طور معنیداری با مقاومت به بیماری ورم پستان بالینی مرتبط است.
عباس صفری علیقیارلو؛ رسول واعظ ترشیزی؛ عباس پاکدل
چکیده
در تحقیق حاضر، تابع مناسب برای توصیف منحنی تولید تخم مرغ خط مادری در یک لاین تجاری گوشتی، با برازش توابع گامای ناقص(وود)، گامای ناقص تصحیح شده، تابع جزء به جزء، تابع جزء به جزء تصحیح شده، تابع رگرسیون چند جمله ای علی و شفر و تابع لجستیک غیرخطی تعیین شد. پارامترهای هر تابع با استفاده از رویه غیر خطی و روش تکرار گوس- نیوتن نرم افزارآماریSAS ...
بیشتر
در تحقیق حاضر، تابع مناسب برای توصیف منحنی تولید تخم مرغ خط مادری در یک لاین تجاری گوشتی، با برازش توابع گامای ناقص(وود)، گامای ناقص تصحیح شده، تابع جزء به جزء، تابع جزء به جزء تصحیح شده، تابع رگرسیون چند جمله ای علی و شفر و تابع لجستیک غیرخطی تعیین شد. پارامترهای هر تابع با استفاده از رویه غیر خطی و روش تکرار گوس- نیوتن نرم افزارآماریSAS برآورد شدند. توابع برازش شده بر اساس ضریب تعیین تصحیح شده (R2adj)، میانگین مربعات خطا (MSE) و ضریب آکایک (AIC) با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج نشان داد که تابع جزء به جزء نسبت به سایر توابع مورد استفاده در تحقیق حاضر، به نحو مطلوب تری منحنی تولید تخم مرغ این لاین تجاری را توصیف می نماید.
سیدمهدی حسینی وردنجانی؛ سیدرضا میرائی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ حسین مرادی شهربابک
چکیده
در این تحقیق برای بررسی امکان تخمین ترکیبات لاشه با استفاده از اولتراسوند از 38 راس بره‌ی نر مغانی استفاده شد. عمق چربی زیر پوستی (USFT)، عمق (ULMD) و مساحت عضله راسته (ULMA) در ناحیه بین دنده 12 و 13 روی حیوان زنده با استفاده از دستگاه اولتراسوند مجهز به پروپ 8 مگا هرتز اندازه‌گیری و سپس بره‌ها کشتار شدند. لاشه‌ها به مدت 24 ساعت در دمای 4 درجه سانتیگراد ...
بیشتر
در این تحقیق برای بررسی امکان تخمین ترکیبات لاشه با استفاده از اولتراسوند از 38 راس بره‌ی نر مغانی استفاده شد. عمق چربی زیر پوستی (USFT)، عمق (ULMD) و مساحت عضله راسته (ULMA) در ناحیه بین دنده 12 و 13 روی حیوان زنده با استفاده از دستگاه اولتراسوند مجهز به پروپ 8 مگا هرتز اندازه‌گیری و سپس بره‌ها کشتار شدند. لاشه‌ها به مدت 24 ساعت در دمای 4 درجه سانتیگراد نگهداری شدند و پس از آن اندازه‌گیری‌های متناظر روی لاشه انجام شد. نیمه راست هر لاشه بطور کامل به گوشت، چربی و استخوان تجزیه گردید. نتایج نشان داد که ضرایب همبستگی بین USFT، ULMD و ULMAبا اندازه‌گیری‌های متناظر روی لاشه به ترتیب 51/0، 71/0 و 92/0 بود. هم چنین ضرایب همبستگی بین ULMAبا میزان گوشت لخم و با میزان استخوان به ترتیب 33/0 و 48/0 بود. ضریب تعیین در معادلات رگرسیون تک متغیره بر اساس وزن بدن برای تخمین وزن لاشه گرم، لاشه سرد، لاشه بدون دنبه و چربی زیر پوستی لاشه به ترتیب 85/0، 87/0، 77/0 و13/0 بود. معادلات رگرسیون چندگانه با استفاده از متغیرهای اندازه‌گیری شده با سونوگرافی علاوه بر وزن بدن این ضرایب را به ترتیب به 86/0، 88/0، 83/0 و 53/0 افزایش داد. ضرایب تعیین برای تخمین مساحت عضله راسته لاشه، تنها با استفاده از ULMA و تخمین عمق عضله راسته لاشه نیز تنها با استفاده از ULMDبه ترتیب 86/0 و 50/0 بود. نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از سونوگرافی روی گوسفند زنده برای تخمین ترکیبات لاشه، با موفقیت می-تواند انجام گیرد و لذا بدون کشتار دام می‌توان صفات مورد نظر را اندازه‌گیری و در برنامه-های اصلاح نژادی مورد استفاده قرار داد.
مجید خالداری؛ عباس پاکدل؛ حسن مهربانی یگانه؛ اردشیر نجاتی جوارمی
چکیده
این مطالعه به منظور بررسی اثر انتخاب کوتاه مدت بر صفات مرتبط با رشد شامل وزن بدن و وزن سینه در سن 4 هفتگی در بلدرچین ژاپنی انجام شد. برای این منظور یک لاین بر اساس ارزشهای اصلاحی برای وزن بدن (لاین 1) و لاین دیگر بر اساس میانگین رکوردهای خانوادگی برای وزن سینه (لاین 2) به طور تصادفی از یک جمعیت پایه انتخاب شدند. در لاین 1 در هر نسل 39 پرنده ...
بیشتر
این مطالعه به منظور بررسی اثر انتخاب کوتاه مدت بر صفات مرتبط با رشد شامل وزن بدن و وزن سینه در سن 4 هفتگی در بلدرچین ژاپنی انجام شد. برای این منظور یک لاین بر اساس ارزشهای اصلاحی برای وزن بدن (لاین 1) و لاین دیگر بر اساس میانگین رکوردهای خانوادگی برای وزن سینه (لاین 2) به طور تصادفی از یک جمعیت پایه انتخاب شدند. در لاین 1 در هر نسل 39 پرنده نر و 78 پرنده ماده به عنوان جایگزین استفاده شد. تعداد جایگزین های انتخابی در لاین 2 به دلیل کوچک شدن اندازه جمعیت کمتر بود. رکوردها طی دو هچ متوالی جمع آوری و پاسخهای انتخاب برای 3 نسل محاسبه شدند. مقدار افزایش وزن بدن در سن 4 هفتگی در لاین 1 در نسل 2 ، 3 و 4 به ترتیب برابر 4/14، 6/12 و 1/8 گرم بود. پاسخهای همبسته برای وزن سینه 4 هفتگی در این لاین در نسل 2 ، 3 و 4 به ترتیب برابر 1/4، 6/3 و 2/3 گرم بود. در لاین 2 انتخاب مستقیم برای وزن سینه منجر به بهبودی معادل 0/4، 5/3 و 7/2 گرم به ترتیب برای نسل 2، 3 و 4 شد. پاسخهای همبسته برای وزن بدن در این لاین به ترتیب برابر 5/14، 0/13 و 4/7 گرم برای نسل 2، 3 و 4 بود. تفاوت معنی داری برای وزن بدن و وزن لاشه بین دو جنس و نسل 2 به بعد وجود داشت (P<0.01) ولی این تفاوت برای مؤلفه های درصدی لاشه معنی دار نبود. پرنده های ماده اوزان بیشتری از پرنده های نر داشتند. انتخاب لاین ها برای وزن بدن و سینه در سن 4 هفتگی ضریب تبدیل غذایی را به ترتیب 16/0 و 19/0 واحد طی دوره انتخاب بهبود داد. همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی بین وزن بدن و سینه در لاین 1 به ترتیب برابر 12/0±90/0 و 06/0±73/0 و در لاین 2 به ترتیب برابر 06/0±85/0 و 02/0±82/0 بود. نتایج حاصل از این آزمایش انتخاب بین خانوادگی را برای افزایش وزن سینه پیشنهاد نمی کند، زیرا پاسخ همبسته حاصل برای وزن سینه، ناشی از انتخاب بر اساس وزن بدن بیشتر از انتخاب مستقیم بین خانوادگی (2/30 در مقابل 0/28 درصد) و همچنین رکوردگیری آن آسان و هزینه های اصلاحی کمتر است، لذا انتخاب بر اساس وزن بدن به دلیل همبستگی ژنتیکی زیاد با وزن سینه (90/0-85/0)، می-تواند به عنوان یک معیار انتخاب برای بهبود صفات لاشه استفاده شود.
الهام رضوان نژاد؛ عباس پاکدل؛ سیدرضا میرائی آشتیانی؛ حسن مهربانی یگانه؛ محمد مهدی یعقوبی
چکیده
وزن بدن از جمله صفات مهم اقتصادی و در عین حال پیچیده در طیور است که انتخاب به کمک نشانگر1(MAS) می تواند در بهبود آن نقش قابل توجهی داشته باشد. هدف از مطالعه حاضر تعیین جایگاههای صفات کمی2(QTL) مرتبط با وزن بدن در سنین مختلف با استفاده از طرح ناتنی می باشد. 220 بلدرچین ژاپنی برای 6 نشانگر ریز ماهواره با قدرت اطلاع دهندگی بالا بر روی کروموزومهای ...
بیشتر
وزن بدن از جمله صفات مهم اقتصادی و در عین حال پیچیده در طیور است که انتخاب به کمک نشانگر1(MAS) می تواند در بهبود آن نقش قابل توجهی داشته باشد. هدف از مطالعه حاضر تعیین جایگاههای صفات کمی2(QTL) مرتبط با وزن بدن در سنین مختلف با استفاده از طرح ناتنی می باشد. 220 بلدرچین ژاپنی برای 6 نشانگر ریز ماهواره با قدرت اطلاع دهندگی بالا بر روی کروموزومهای شماره 1، 2 و 9 تعیین ژنوتیپ شده و به روش نقشه یابی فاصله ای برای تعیین QTL های موثر بر وزن بدن در سنین مختلف شامل وزن تولد، 1، 2، 3 و 4هفتگی استفاده شدند. برای وزن بدن در زمان تولد و نیز وزن بدن در سن 1 هفتگی، QTL های موثری (01/0P
مسعود شیرعلی؛ سیدرضا میرایی آشتیانی؛ عباس پاکدل؛ کریس هیلی؛ ریکاردو پونگ ونوگ
چکیده
ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد و توزیع‌های مختلف واریانس ژن‌های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن‌های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه‌سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزشهای اصلاحی ژنومی برآورد ...
بیشتر
ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد و توزیع‌های مختلف واریانس ژن‌های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن‌های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه‌سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزشهای اصلاحی ژنومی برآورد شده به وسیله BayesC و GBLUP نشان داد که ارزشهای اصلاحی ژنومی برآورد شده و ارزشهای اصلاحی واقعی در جمعیت مرجع در تمامی صفات، همبستگی بسیار بالایی (80/0
محمد رزم کبیر؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی
دوره 42، شماره 2 ، مهر 1390، ، صفحه 171-178
چکیده
در این پژوهش از اطلاعات مربوط به دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران که از سال 1375 تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده شد. اطلاعات مورد استفاده شامل 872125 رکورد روزآزمون مربوط به 95816 حیوان در 59 گله بود. برآورد مؤلفه‌های (کو) واریانس و پارامترهای ژنتیکی با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و روش نمونه‌گیری گیبس انجام ...
بیشتر
در این پژوهش از اطلاعات مربوط به دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران که از سال 1375 تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده شد. اطلاعات مورد استفاده شامل 872125 رکورد روزآزمون مربوط به 95816 حیوان در 59 گله بود. برآورد مؤلفه‌های (کو) واریانس و پارامترهای ژنتیکی با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و روش نمونه‌گیری گیبس انجام شد. برای توصیف منحنی شیردهی حیوانات در سطح ژنتیکی و محیط دائمی از تابع لژاندر با مرتبه دوم به همراه ضریب سوم تابع ویلمینک استفاده شد. به منظور تصحیح اثر ناهمگنی واریانس باقیمانده، دوره شیردهی که از روز 5 تا روز 365 شیردهی بود، به 36 گروه با فواصل 10 روزه دسته‌بندی شد. بر اساس نتایج حاصل از این تحقیق، واریانس باقیمانده در ابتدای دوره شیردهی بیشترین مقدار را داشت و از ماه دوم به بعد تا پایان دوره شیردهی روند کاهشی جزئی در این پارامتر مشاهده شد. واریانس محیط دائمی در ابتدا و انتهای دوره شیردهی بیشترین مقدار را داشت که این الگو، موجب افزایش واریانس کل و کاهش وراثت‌پذیری در مراحل آغازین و پایانی دوره شیردهی شد. واریانس ژنتیکی در ماه اول کمترین مقدار و با حفظ روند افزایشی در دو ماه پایانی بیشترین مقدار را داشت. کمترین مقدار وراثت‌پذیری برابر 077/0 در روز 5 شیردهی و بیشترین مقدار آن برابر 252/0 در روز 305 شیردهی بود. پایین بودن میزان وراثت‌پذیری در ابتدای دوره به دلیل پایین بودن واریانس ژنتیکی و بالا بودن واریانس‌های باقیمانده و محیط دائمی است. مقادیر همبستگی ژنتیکی روزآزمون‌ها در تمامی موارد مثبت و از همبستگی‌های فنوتیپی بیشتر بود. کمترین مقدار همبستگی ژنتیکی بین روزهای 5 و 365 شیردهی و برابر 35/0 بود. همبستگی ژنتیکی میان رکوردهای روزآزمون تولید شیر با افزایش فاصله بین روزآزمون‌ها از یکدیگر کاهش نشان داد. برآوردهای حاصل از این تحقیق میتواند برای پیش‌بینی ارزش اصلاحی گاوهای هلشتاین ایران مورد استفاده قرار گیرد.
حیدر قیاسی؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ عباس پاکدل؛ حسن مهربانی یگانه
دوره 42، شماره 1 ، تیر 1390، ، صفحه 57-64
چکیده
به منظور برآورد اثر سخت‌زایی بر تولید شیر، باروری و ضرایب اقتصادی جزء مادری و مستقیم سخت‌زایی، داده‌های اقتصادی و عملکردی 10 گله گاو شیری هلشتاین و رکوردهای تولید شیر و سخت‌زایی جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی استفاده گردید. در این مطالعه سخت‌زایی به 3 گروه تقسیم بندی شد. گروه 1: زایش بدون کمک، گروه 2: نیاز ...
بیشتر
به منظور برآورد اثر سخت‌زایی بر تولید شیر، باروری و ضرایب اقتصادی جزء مادری و مستقیم سخت‌زایی، داده‌های اقتصادی و عملکردی 10 گله گاو شیری هلشتاین و رکوردهای تولید شیر و سخت‌زایی جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی استفاده گردید. در این مطالعه سخت‌زایی به 3 گروه تقسیم بندی شد. گروه 1: زایش بدون کمک، گروه 2: نیاز به کمک یک گارگر، گروه 3: سخت‌زایی همراه با آسیب جدی به مادر و گوساله. سخت‌زایی گروه 2 تولید شیر را به میزان 46 کیلوگرم کاهش داد در حالی که کاهش تولید شیر در گروه 3 برابر 323 کیلوگرم می‌باشد. گروه 2 سخت‌زایی سبب شد تعداد تلقیح مورد نیاز برای آبستنی به میزان 22/0 افزایش یابد. این میزان افزایش در تعداد تلقیح مورد نیاز برای آبستنی در گروه 3 سخت‌زایی برابر 35/0 بود. گروه 2 سخت‌زایی اثری بر مرده‌زایی نداشت ولی گروه 3 سخت‌زایی مرده‌زایی را به میزان 5 درصد افزایش داد. احتمال حذف غیراختیاری در گروه 3 سخت‌زایی 3 درصد بود ولی گروه 2 سخت‌زایی اثری بر حذف غیراختیاری نداشت. هزینه‌های مربوط به هر گروه سخت‌زایی برآورد گردید که این هزینه برای گروه 2 برابر 577600 ریال و برای گروه 3 برابر 2438300 ریال می‌باشد. ضریب اقتصادی سخت‌زایی برای جزء مادری و مستقیم 370076- ریال به ازای هر گاو در هر سال به ازای یک واحد تغییر در قابلیت ابتلا (توزیع پس زمینه‌ای صفت) برآورد گردید. بیان تنزیل یافته تجمعی گاو نر برای اثر مستقیم و مادری محاسبه گردید که برای جزء مادری برابر 231/0 و برای جزء مستقیم برابر 616/0 برآورد شدند. ضرایب اقتصادی تصحیح شده برای بیان تنزیل یافته تجمعی برای جزء مادری برابر 85487- ریال و برای جزء مستقیم برابر 227967- ریال برآورد گردید.
ابوالقاسم سراج؛ رسول واعظ ترشیزی؛ عباس پاکدل
دوره 41، شماره 4 ، اسفند 1389، ، صفحه 363-371
چکیده
در تحقیق حاضر، اثر عوامل مادری مؤثر بر وزن یک‌روزگی جوجه‌های دو خط پدری و مادری یک لاین تجاری گوشتی آرین و مرغان بومی مازندران، به همراه تأثیر برازش اثر متقابل پدر- نسل بر برآورد پارامترهای ژنتیکی حاصل از مدل‌های با آثار مادری، مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و مدل‌های حیوان مختلف با استفاده از ...
بیشتر
در تحقیق حاضر، اثر عوامل مادری مؤثر بر وزن یک‌روزگی جوجه‌های دو خط پدری و مادری یک لاین تجاری گوشتی آرین و مرغان بومی مازندران، به همراه تأثیر برازش اثر متقابل پدر- نسل بر برآورد پارامترهای ژنتیکی حاصل از مدل‌های با آثار مادری، مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و مدل‌های حیوان مختلف با استفاده از نرم‌افزارASREML تجزیه و تحلیل شدند. در این مطالعه ده مدل حیوانی مختلف برازش و معنیداری آثار مدل‌ها با آزمون نسبت درستنمایی بررسی شد. کلیه مدل‌ها شامل اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم بودند و تفاوت آنها با یکدیگر در برازش آثار ژنتیکی افزایشی مادری، محیطی مادری، کوواریانس اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری، اثر متقابل پدر- نسل و ترکیب‌های مختلف این آثار بود. علی‌رغم تفاوت در برآورد پارامترهای ژنتیکی حاصل از مدل‌های مختلف، الگوی تغییرات در همه سویه‌ها مشابه بود. در این سویه‌ها، برازش اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم بدون منظور کردن سایر آثار تصادفی موجب شد وراثت‌پذیری مستقیم بیش از حد برآورد شود (دامنه‌ای از 442/0 تا 754/0). کاهش در این برآوردها در نتیجه برازش آثار مادری به خصوص اثر ژنتیکی افزایشی مادری، با و بدون منظور کردن اثر متقابل پدر- نسل، نشان داد که بخش قابل ملاحظه ای از واریانس فنوتیپی مشاهده شده بر وزن جوجه یک روزه ناشی از اثر ژنتیکی افزایشی مادری (دامنه‌ای از 9/15 درصد تا 7/62 درصد) است. همچنین افزایش همبستگی اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری (100/0- به 120/0 در خط پدری، 130/0- به 060/0- در خط مادری و 210/0- به 160/0- در مرغان بومی) با برازش اثر متقابل پدر- نسل نشان داد که برآورد منفی این همبستگی میتواند احتمالاً ناشی از نقص برازش عوامل در مدل تجزیه و تحلیل داده‌ها باشد.
مریم صفدری شاهرودی؛ عباس پاکدل؛ سید رضا میرایی آشتیانی
دوره 41، شماره 4 ، اسفند 1389، ، صفحه 381-390
چکیده
پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی مربوط به صفات تولیدی، ساختار پستان و تعداد سلول‌های بدنی (somatic cell count) برای گاوهای هلشتاین ایران برآورد گردید. رکوردهای ماهیانه تعداد سلول‌های بدنی (SCC) در ابتدا تبدیل به امتیاز سلول‌های بدنی(SCS) شد و پس از آن سنجه میانگین دوره شیردهی این صفت (LSCS) با تصحیح برای حجم شیر محاسبه گردید. با استفاده از این برآوردها ...
بیشتر
پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی مربوط به صفات تولیدی، ساختار پستان و تعداد سلول‌های بدنی (somatic cell count) برای گاوهای هلشتاین ایران برآورد گردید. رکوردهای ماهیانه تعداد سلول‌های بدنی (SCC) در ابتدا تبدیل به امتیاز سلول‌های بدنی(SCS) شد و پس از آن سنجه میانگین دوره شیردهی این صفت (LSCS) با تصحیح برای حجم شیر محاسبه گردید. با استفاده از این برآوردها یک شاخص سلامت پستان برای گاوهای هلشتاین ایران پیشنهاد شد که شامل صفات LSCS، استقرار سر پستانک‌های جلو و عمق پستان است. این شاخص نشان می‌دهد که انتخاب برای LSCS پایین‌تر، پستان‌هایی با عمق کمتر و سرپستانک‌های نزدیک‌تر به هم منجر به افزایش مقاومت به ورم پستان خواهد شد. در پایان از روش شاخص انتخاب محدود شده (Restricted Selection Index) برای مقایسه استراتژی‌های مختلف انتخاب و به دست آوردن وزن‌های مناسب برای صفت ورم پستان در هدف اصلاحی استفاده شد. با تعریف اهداف اصلاحی مختلف، امکان پیشرفت ژنتیکی همزمان برای صفات تولید شیر و مقاومت به ورم پستان مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که انتخاب یک جانبه در جهت افزایش تولید شیر، منجر به افزایش شیوع بیماری ورم پستان خواهد شد. با وارد نمودن صفت ورم پستان در هدف اصلاحی می‌توان ضمن حفظ روند افزایش سالیانه تولید شیر، روند افزایش شیوع ورم پستان را نیز متوقف نمود.
عباس پاکدل؛ مرضیه حیدری تبار؛ اردشیر نجاتی جوارمی
دوره 41، شماره 2 ، شهریور 1389
چکیده
هدف از انجام این تحقیق، بررسی قابلیت مدل‌های غیرخطی مختلط برای توصیف منحنی امتیاز سلول‌های بدنی موجود در شیر گاوهای هلشتاین ایران در دوره‌های مختلف شیردهی و مقایسه برازش 4 مدل غیرخطی و دو مدل خطی برای این داده‌ها می‌باشد. بدین منظور از 445077 رکورد امتیاز سلول‌های بدنی روزانه حاصل از 69124 راس گاو هلشتیان در دوره‌های اول تا چهارم شیردهی ...
بیشتر
هدف از انجام این تحقیق، بررسی قابلیت مدل‌های غیرخطی مختلط برای توصیف منحنی امتیاز سلول‌های بدنی موجود در شیر گاوهای هلشتاین ایران در دوره‌های مختلف شیردهی و مقایسه برازش 4 مدل غیرخطی و دو مدل خطی برای این داده‌ها می‌باشد. بدین منظور از 445077 رکورد امتیاز سلول‌های بدنی روزانه حاصل از 69124 راس گاو هلشتیان در دوره‌های اول تا چهارم شیردهی که بین سال‌های 1382 تا 1386 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده شد. برای برازش مدل مناسب جهت بررسی تغییرات امتیاز سلول‌های بدنی در دوره‌های مختلف شیردهی از شش تابع ریاضی وود، دو جمله‌ای معکوس، روک، مورانت، علی و شفر و ولمینک استفاده شد. توابع بر اساس ضریب تعیین تصحیح شده برای تعداد پارامترها و میانگین مربعات خطا با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در دوره‌های شیردهی اول و دوم، تابع علی و شفر و در دوره‌های شیردهی سوم و چهارم تابع مورانت بهترین تابع توصیف‌کننده الگوی تغییرات امتیاز سلول‌های بدنی شیر در طول دوره شیردهی می‌باشند. بر اساس نتایج این تحقیق به نظر می‌رسد که الگوی تغییرات امتیاز سلول‌های بدنی در طی دوره‌های مختلف شیردهی متفاوت بوده و نمی‌توان از یک تابع مشخص برای تمام دوره‌ها استفاده نمود.
محمدرضا بختیاری زاده؛ محمد مرادی شهربابک؛ عباس پاکدل؛ احمد مقیمی
دوره 40، شماره 4 ، اسفند 1388
چکیده
هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای ژنتیکی 13 صفت تیپ، تولید شیر و روزهای باز در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. 16502 رکورد (صفات تیپ)، 16557 رکورد (تولید شیر) و 11631 رکورد (روزهای باز) مربوط به زایش اول بودند که به ترتیب از 1530، 1566 و 2000 گروه گله- سال- فصل زایش که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. نرم‌افزار SAS و رویه ...
بیشتر
هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای ژنتیکی 13 صفت تیپ، تولید شیر و روزهای باز در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. 16502 رکورد (صفات تیپ)، 16557 رکورد (تولید شیر) و 11631 رکورد (روزهای باز) مربوط به زایش اول بودند که به ترتیب از 1530، 1566 و 2000 گروه گله- سال- فصل زایش که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. نرم‌افزار SAS و رویه GLM برای برازش مدل‌ها استفاده شد. عوامل گله- سال – فصل زایش، سن در زمان زایش، سن در زمان ارزیابی تیپ، اثر ارزیاب تیپ و تعداد روزهای شیردهی به عنوان عوامل ثابت در مدل‌ها قرار داده شد. پارامترهای ژنتیکی توسط روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و با استفاده از نرم‌افزار ASREML محاسبه گردیدند. وراثت‌پذیری برآورد شده صفات تیپ از 03/0 (زاویه سم) تا 29/0 (قد و قامت) متغیر بود. همبستگی ژنتیکی بین صفات تیپ و تولید شیر از 34/0 (عرض پستان) تا 31/0- (عمق پستان) و برای صفات تیپ و روزهای باز از 62/0 (عرض پستان) تا 37/0- (عمق پستان) برآورد گردید. اکثر همبستگی‌های ژنتیکی بین صفات تیپ با تولید و روزهای باز نشان می‌دهد که گاوهای پرتولید روزهای باز بیشتر و در نتیجه باروری کمتری داشتند.
